genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  94  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28885168--28885282	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
28885193--28885282	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
28885388--28885451	28	2.3	27	94	2	110	29	7	28	34	1.85
28889281--28889363	34	2.5	33	82	5	94	25	22	25	26	2.00
28897371--28897501	47	2.8	47	86	4	176	21	15	28	35	1.94
28899049--28899109	29	2.1	29	100	0	122	37	18	3	40	1.67
28899185--28899225	20	2.0	20	85	4	55	48	14	7	29	1.71
28902158--28902294	23	6.0	23	82	3	168	24	19	25	30	1.98
28902158--28902294	46	3.0	46	86	4	186	24	19	25	30	1.98
28902158--28902294	69	2.0	69	85	2	186	24	19	25	30	1.98
28904574--28904648	27	2.8	28	87	4	109	37	21	14	26	1.92
28904633--28904699	26	2.5	27	85	4	100	44	16	4	34	1.68
28906208--28906291	24	3.5	24	96	0	159	21	16	25	36	1.94
28906208--28906316	48	2.3	48	90	3	166	24	16	23	34	1.95
28907615--28907920	27	11.4	27	78	7	234	41	19	8	30	1.81
28908158--28908280	41	3.0	41	89	0	183	20	20	31	27	1.97
28910493--28910536	16	2.8	16	92	0	70	59	20	15	4	1.54
28910747--28910871	29	4.3	29	87	1	180	28	13	28	29	1.94
28912128--28912219	27	3.4	26	82	8	105	28	22	7	41	1.81
28912103--28912229	54	2.4	53	77	13	125	30	22	9	37	1.86
28912223--28912376	27	5.7	27	81	6	116	40	21	9	28	1.83
28912218--28912401	54	3.4	52	80	7	190	40	20	9	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28912251--28912400	81	1.9	81	86	8	216	42	21	8	28	1.81
28912251--28912484	27	8.6	28	78	8	173	40	20	8	30	1.83
28913391--28913460	25	2.8	24	89	4	95	24	24	24	27	2.00
28913391--28913473	25	3.4	24	85	8	87	27	21	24	26	1.99
28913608--28913741	42	3.2	42	96	0	241	32	14	20	32	1.92
28913765--28913871	31	3.5	31	89	2	153	30	18	24	26	1.98
28917118--28917168	18	2.8	18	81	16	61	62	0	31	5	1.19
28917121--28917174	20	2.8	18	78	13	63	64	0	29	5	1.16
28918274--28918317	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
28919298--28919331	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
28922356--28922407	16	3.2	16	86	7	70	55	19	17	7	1.65
28922621--28922676	28	2.0	29	89	3	87	21	14	35	28	1.92
28931335--28931509	45	3.8	46	80	13	216	28	30	21	20	1.98
28931343--28931513	93	1.8	92	94	1	306	27	30	21	19	1.98
28933886--28933969	29	2.9	29	81	13	93	55	15	17	10	1.67
28933882--28933960	15	5.4	15	77	10	83	58	12	18	10	1.62
28933893--28933969	15	5.2	15	76	9	70	55	14	18	11	1.68
28940184--28940228	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
28951445--28951513	27	2.5	27	92	2	111	30	28	14	26	1.95
28951445--28951517	28	2.7	27	93	2	119	31	27	13	27	1.94
28959196--28959265	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
28962419--28962514	26	3.8	26	90	2	135	26	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28962429--28962527	25	3.9	26	83	11	93	26	24	22	27	2.00
28964760--28964784	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
28964838--28964883	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
28966996--28967043	25	1.9	25	91	0	78	33	22	14	29	1.94
28967125--28967166	20	2.1	20	90	0	66	38	11	16	33	1.86
28967213--28967308	26	3.8	26	91	2	135	26	25	22	26	2.00
28967223--28967321	25	3.9	26	84	11	93	26	24	22	27	2.00
28968110--28968192	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
28968412--28968481	25	2.8	25	86	0	95	25	24	24	25	2.00
28969391--28969498	27	3.9	27	79	13	105	32	10	16	40	1.82
28969454--28969577	27	4.6	27	75	9	94	29	7	20	42	1.79
28969388--28969577	54	3.5	54	76	10	145	32	10	17	40	1.83
28969475--28969643	27	6.3	27	70	13	73	31	11	20	36	1.89
28969599--28969683	26	3.2	26	82	12	102	42	11	17	28	1.84
28969609--28969699	27	3.4	27	86	4	123	42	10	19	26	1.84
28970942--28971019	31	2.5	31	93	0	138	32	23	26	17	1.97
28972013--28972073	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
28972564--28972746	64	2.8	65	88	6	255	32	15	27	25	1.95
28975875--28975937	31	2.1	31	93	3	110	23	22	14	39	1.91
28976130--28976272	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
28976130--28976271	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
28976129--28976272	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28976322--28976381	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
28976322--28976376	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
28976424--28976471	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28984916--28985087	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
28984908--28985083	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
28987465--28987552	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
28987465--28987543	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
28987476--28987552	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
28990493--28990666	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
28990501--28990671	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
28992310--28992417	38	2.8	38	97	1	198	24	22	13	39	1.90
28992333--28992434	31	3.1	31	88	9	132	24	21	14	39	1.91
28992640--28992792	24	6.4	24	93	2	245	26	22	22	28	1.99
28992843--28992902	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
28992843--28992897	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
28992945--28992992	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28996056--28996117	30	2.1	30	84	0	79	40	4	24	30	1.76
28999778--28999867	33	2.7	33	84	0	117	27	17	22	32	1.97
29000084--29000114	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
29002633--29002785	39	3.9	39	90	0	234	24	20	31	24	1.98
29002634--29002816	39	4.6	39	87	0	231	24	21	30	23	1.99
29009638--29009789	39	3.9	39	89	0	223	24	21	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29009648--29009826	39	4.6	40	85	3	130	23	21	31	23	1.98
29012288--29012327	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
29020906--29021128	40	5.6	40	83	7	283	26	27	22	23	2.00
29020906--29021128	82	2.8	80	85	6	283	26	27	22	23	2.00
29021716--29021747	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
29023026--29023147	50	2.5	49	90	1	181	29	28	17	24	1.97
29024157--29024300	27	5.3	27	90	0	189	27	25	8	39	1.84
29024290--29024501	26	8.2	25	76	12	155	40	20	8	29	1.83
29024299--29024476	51	3.4	52	85	7	193	40	19	9	30	1.84
29024329--29024501	26	6.6	27	82	9	207	42	20	6	29	1.78
29024328--29024476	53	2.9	52	87	8	214	41	20	7	30	1.80
29024329--29024579	53	4.7	53	77	8	199	41	18	8	31	1.80
29024513--29024564	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
29024605--29024678	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
29024618--29024682	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
29025492--29025561	25	2.8	25	84	4	88	28	22	21	27	1.99
29025491--29025588	25	4.0	23	77	10	79	29	21	21	27	1.98
29026709--29026890	81	2.3	79	89	3	267	29	23	8	39	1.83
29026709--29026891	27	6.9	27	88	3	230	28	22	8	39	1.83
29026883--29026980	26	3.7	26	83	5	126	42	19	6	31	1.75
29026869--29027006	26	5.2	25	77	11	100	40	21	7	31	1.80
29026609--29027064	27	17.0	27	74	12	143	35	20	8	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29027122--29027213	27	3.4	27	90	3	132	33	20	25	20	1.97
29028365--29028412	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29028459--29028514	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
29028448--29028514	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
29028563--29028700	24	5.9	23	89	3	206	26	23	21	28	1.99
29028563--29028700	47	3.0	46	89	5	206	26	23	21	28	1.99
29028563--29028713	23	6.4	24	90	4	227	27	21	22	27	1.99
29028919--29028982	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
29029744--29029822	31	2.5	31	97	0	149	29	18	26	25	1.98
29029855--29029926	33	2.2	33	82	2	81	22	20	26	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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