genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  60  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17801161--17801185	7	3.6	7	100	0	50	0	28	0	72	0.86
17802210--17802238	8	3.6	8	100	0	58	27	13	13	44	1.82
17806739--17806898	79	2.0	79	97	0	302	25	15	20	38	1.91
17809666--17809937	147	1.9	147	81	3	341	29	29	13	27	1.94
17810330--17810375	19	2.3	20	88	7	76	23	10	17	47	1.79
17810368--17810435	33	2.1	33	83	8	86	22	4	19	54	1.61
17813580--17813755	46	3.8	46	74	12	171	30	27	19	22	1.98
17813587--17813758	93	1.8	93	91	0	281	29	27	20	22	1.98
17815549--17815712	40	4.1	40	81	6	179	25	21	28	24	1.99
17818393--17818472	39	2.0	40	85	7	110	33	20	12	33	1.90
17820831--17820969	40	3.5	40	86	4	158	23	29	23	23	1.99
17820831--17821022	79	2.4	81	82	6	223	25	28	22	23	1.99
17840037--17840072	18	2.1	18	89	5	56	25	8	16	50	1.73
17848307--17848457	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
17848344--17848473	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
17853879--17854052	46	3.8	46	76	13	194	29	29	20	20	1.98
17853886--17854057	93	1.8	93	92	0	290	29	30	20	20	1.97
17859584--17859757	46	3.8	46	80	11	196	20	21	29	27	1.98
17859588--17859762	45	3.8	46	80	13	225	20	21	29	28	1.98
17863964--17864006	19	2.3	19	92	4	70	44	23	4	27	1.73
17865815--17865934	43	2.9	41	75	13	109	25	20	26	28	1.99
17866367--17866396	13	2.3	13	94	0	51	23	3	13	60	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17872064--17872331	46	5.8	45	72	19	176	29	27	20	22	1.98
17872073--17872336	93	2.8	93	90	0	393	29	27	20	22	1.98
17872119--17872284	47	3.6	47	79	14	207	30	28	18	22	1.97
17875357--17875415	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
17876078--17876149	27	2.7	27	88	0	108	29	6	23	40	1.81
17876133--17876203	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
17879432--17879490	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
17880111--17880171	26	2.3	27	85	2	79	27	18	14	39	1.90
17880128--17880277	81	1.9	81	84	5	205	30	10	19	40	1.84
17880158--17880277	27	4.4	27	85	2	161	31	7	18	42	1.78
17880151--17880304	81	1.9	81	79	2	175	32	8	20	38	1.83
17881772--17881840	30	2.3	30	85	7	97	59	17	14	8	1.60
17881772--17881840	15	4.7	15	80	8	79	59	17	14	8	1.60
17884803--17884921	47	2.5	47	86	0	166	30	28	17	23	1.97
17892774--17892811	20	1.9	19	89	5	58	15	7	2	73	1.17
17900955--17900984	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
17902589--17902705	44	2.7	44	79	10	116	29	25	17	26	1.98
17906043--17906205	40	4.1	40	84	6	190	26	26	22	24	2.00
17907622--17907784	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
17915543--17915705	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
17924199--17924271	36	2.0	36	100	0	146	38	5	21	34	1.77
17924921--17925026	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17925160--17925231	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
17926921--17927136	42	4.9	43	86	10	319	12	24	31	31	1.92
17926921--17927132	43	4.8	45	85	11	287	12	24	31	31	1.93
17926998--17927084	27	3.3	27	68	20	85	12	26	28	32	1.93
17926956--17927132	94	1.9	92	95	2	318	12	24	30	31	1.93
17930803--17930908	48	2.2	48	89	0	158	34	4	26	33	1.77
17931042--17931113	37	1.9	37	88	0	108	23	19	33	23	1.97
17933878--17934139	54	4.9	54	85	5	323	23	24	16	35	1.95
17934119--17934326	47	4.5	47	74	10	169	23	23	17	35	1.96
17934331--17934415	44	1.9	44	83	4	109	25	24	10	38	1.88
17945963--17946051	22	4.0	22	83	0	97	34	25	25	13	1.93
17969886--17969967	27	3.0	27	76	3	85	34	21	26	17	1.95
17969973--17970035	27	2.3	27	83	0	81	36	22	23	17	1.95
17969986--17970061	27	2.9	27	88	2	100	34	18	26	21	1.96
17971383--17971498	44	2.6	44	86	2	151	35	13	23	27	1.93
17971383--17971517	46	3.0	45	82	4	155	34	14	24	26	1.93
17978752--17978866	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
17978752--17978885	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
17982662--17982946	49	5.9	49	93	3	479	34	9	27	29	1.88
17982716--17982791	22	3.3	22	64	10	62	32	10	27	28	1.90
17982660--17982946	96	3.0	96	95	0	511	33	9	27	29	1.88
17982938--17983041	48	2.2	48	98	0	199	33	5	27	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17983081--17983208	37	3.4	37	97	1	238	23	18	32	25	1.97
17985112--17985412	40	7.6	40	86	5	308	25	20	27	26	1.99
17989189--17989569	49	7.9	49	94	3	648	34	9	27	29	1.88
17989188--17989569	96	4.0	96	95	2	678	34	9	27	29	1.88
17989561--17989664	48	2.2	48	98	0	199	33	5	27	32	1.81
17989704--17989831	37	3.4	37	97	1	238	23	18	32	25	1.97
17995706--17995890	40	4.6	40	81	5	189	25	24	27	22	2.00
17998327--17998402	37	2.1	36	83	11	93	38	1	3	56	1.26
18007728--18007766	21	1.9	20	89	5	60	30	0	20	48	1.50
18022102--18022233	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
18029953--18030084	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
18041675--18041736	26	2.4	27	75	5	65	40	17	20	20	1.92
18045498--18045673	40	4.5	40	87	5	218	22	24	28	24	2.00
18052663--18052836	46	3.8	45	81	6	215	28	29	21	21	1.98
18052671--18052841	92	1.8	93	94	1	308	27	29	21	21	1.98
18055206--18055293	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
18055206--18055284	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
18055217--18055293	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
18058230--18058401	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
18058222--18058397	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
18066492--18066521	14	2.1	14	93	0	51	46	13	10	30	1.75
18068482--18069255	285	2.7	284	89	1	1146	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18072193--18072288	29	3.3	29	89	1	149	29	31	14	25	1.95
18073300--18073326	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
18075786--18075948	41	4.1	40	74	14	156	28	26	22	22	1.99
18083757--18083826	27	2.5	28	90	2	115	31	27	11	30	1.91
18086243--18086405	41	4.1	40	76	14	165	27	27	21	23	1.99
18094349--18094534	40	4.6	42	81	9	124	23	25	23	27	2.00
18094367--18094532	40	4.1	40	84	0	197	23	27	22	26	2.00
18099544--18099582	18	2.1	19	95	4	71	10	5	46	38	1.60
18101318--18101451	40	3.3	40	88	7	184	20	24	26	28	1.99
18101318--18101497	40	4.5	40	84	4	159	22	24	24	28	1.99
18101401--18101503	41	2.5	40	82	1	125	23	25	24	27	2.00
18105704--18105888	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
18105703--18105909	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
18105702--18105909	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
18113684--18113868	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
18113683--18113889	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
18113682--18113889	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
18124161--18124336	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
18124157--18124328	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
18131074--18131247	45	3.8	46	78	13	189	20	21	29	28	1.98
18131079--18131252	46	3.8	46	79	13	214	20	21	29	28	1.98
18134898--18135066	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18142827--18142957	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
18142844--18142994	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
18145439--18145518	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
18145430--18145517	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
18147897--18148072	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
18147893--18148064	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
18151852--18151958	27	4.0	27	88	1	144	16	24	20	38	1.93
18159703--18159808	27	4.0	27	81	7	119	17	23	21	36	1.95
18162118--18162146	14	2.1	14	93	6	51	65	17	10	6	1.44
18165854--18165882	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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