genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  281  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81012055--81012231	47	3.8	46	79	13	200	21	20	28	28	1.98
81015379--81015545	35	4.6	35	83	7	192	32	24	11	31	1.91
81015374--81015545	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.91
81017355--81017521	46	3.6	45	83	6	185	25	19	32	22	1.98
81017404--81017564	46	3.6	44	85	8	184	23	20	31	24	1.98
81020337--81020373	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
81020928--81021104	47	3.8	46	79	13	200	21	20	28	28	1.98
81024201--81024433	126	1.8	126	91	1	387	27	18	18	35	1.94
81024990--81025047	20	3.0	20	90	7	93	44	17	0	37	1.49
81025141--81025190	23	2.2	23	85	0	64	50	24	0	26	1.50
81025148--81025191	23	1.9	23	90	0	70	50	20	0	29	1.49
81025504--81025534	6	5.2	6	96	0	53	0	19	35	45	1.51
81036780--81036810	11	2.8	11	95	0	53	70	0	0	29	0.87
81037710--81037747	17	2.4	16	83	12	51	47	2	5	44	1.39
81038862--81038890	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
81039110--81039154	21	2.2	21	84	11	58	66	6	0	26	1.16
81040335--81040371	18	2.1	18	89	0	56	56	0	8	35	1.29
81059688--81059719	10	3.0	11	90	9	57	46	0	15	37	1.46
81059963--81060039	38	2.0	38	92	0	127	27	15	20	36	1.93
81063829--81063865	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
81064425--81064595	46	3.7	46	77	14	181	20	19	29	30	1.97
81068146--81068311	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81068146--81068316	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
81077051--81077108	29	2.0	29	100	0	116	31	13	17	37	1.89
81078267--81078294	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
81078836--81078881	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
81083536--81083575	15	2.7	15	88	7	55	77	0	5	17	0.94
81084239--81084263	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
81084847--81084886	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
81085011--81085039	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
81086726--81086765	19	2.1	19	90	0	62	52	2	15	30	1.55
81088264--81088296	16	2.1	16	94	0	57	39	12	9	39	1.74
81093981--81094009	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
81098176--81098244	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
81100610--81100703	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
81108951--81108978	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
81108975--81109053	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
81108976--81109057	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
81109012--81109057	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
81119246--81119305	29	2.1	27	82	11	68	43	0	10	46	1.37
81119293--81119333	16	2.6	15	85	11	55	34	0	0	65	0.93
81123901--81123942	20	2.1	20	82	8	50	50	0	4	45	1.23
81129535--81129614	33	2.4	33	93	2	133	21	40	23	15	1.91
81130101--81130227	62	2.0	64	86	3	177	33	3	18	43	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81130114--81130249	64	2.2	62	83	2	164	36	2	16	44	1.62
81130141--81130263	64	1.9	64	81	3	149	38	3	13	45	1.59
81136451--81136487	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
81136548--81136596	20	2.5	20	81	15	59	40	2	0	57	1.10
81136553--81136595	20	2.2	20	87	8	61	46	2	0	51	1.13
81136596--81136633	19	2.1	19	95	5	69	42	0	5	52	1.24
81142205--81142239	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
81143944--81144010	31	2.2	30	84	7	82	61	0	1	37	1.05
81144482--81144579	17	5.5	17	74	7	88	38	11	7	42	1.68
81144482--81144588	35	3.0	35	84	4	133	39	12	6	42	1.68
81145280--81145313	9	3.8	9	100	0	68	0	23	8	67	1.18
81150867--81150907	6	6.8	6	97	0	73	0	19	12	68	1.21
81157451--81157524	29	2.5	29	82	4	85	50	16	14	18	1.79
81157609--81157663	27	2.0	27	100	0	110	32	0	7	60	1.24
81157622--81157684	27	2.3	27	83	2	72	39	1	3	55	1.25
81158298--81158327	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
81160002--81160051	3	16.7	3	95	0	91	64	0	2	34	1.05
81165309--81165360	18	2.9	18	82	0	59	26	21	30	21	1.98
81173098--81173138	21	1.9	21	85	5	55	41	2	0	56	1.13
81173673--81173713	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
81180435--81180481	21	2.2	21	84	0	58	31	19	34	14	1.92
81188643--81188702	18	3.2	19	71	7	59	43	0	6	50	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81194207--81194247	17	2.4	17	95	0	73	56	34	0	9	1.32
81196385--81196420	5	7.2	5	90	0	54	58	22	0	19	1.40
81196387--81196427	15	2.8	15	88	3	57	60	19	0	19	1.36
81197939--81197971	18	1.9	18	88	11	52	27	9	0	63	1.24
81211254--81211364	55	2.0	55	98	0	213	22	24	14	38	1.91
81220130--81220197	32	2.1	32	100	0	136	36	5	8	48	1.59
81220130--81220217	32	2.8	32	87	6	90	37	6	7	47	1.59
81223678--81223811	28	4.8	27	75	12	103	25	29	16	29	1.97
81223686--81223811	56	2.2	56	88	2	182	26	30	15	27	1.96
81224106--81224253	63	2.3	63	80	12	165	24	26	17	31	1.97
81225743--81225917	68	2.6	67	79	12	173	21	28	17	33	1.96
81237972--81238045	37	2.0	37	100	0	148	35	16	10	37	1.83
81242114--81242154	17	2.3	18	84	16	50	48	0	0	51	1.00
81243728--81243780	23	2.3	23	96	0	97	32	15	0	52	1.42
81245876--81245911	18	1.9	19	88	5	56	69	11	11	8	1.37
81251459--81251504	22	2.1	22	84	11	60	56	6	2	34	1.37
81256239--81256274	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
81256241--81256274	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
81256270--81256302	15	2.3	15	90	10	52	66	27	0	6	1.15
81256281--81256347	28	2.4	28	73	9	73	74	14	4	5	1.17
81258878--81258913	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
81266450--81266615	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81266450--81266620	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
81273909--81273998	34	2.6	34	96	1	162	28	8	27	34	1.87
81273909--81274069	35	4.5	35	82	10	182	31	11	24	32	1.90
81273909--81274077	74	2.4	75	84	7	210	31	11	23	33	1.90
81278806--81278851	24	1.9	24	100	0	92	43	6	10	39	1.66
81279634--81279680	24	2.0	24	91	0	76	31	0	19	48	1.49
81283397--81283507	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
81284876--81284939	31	2.1	31	100	0	128	31	15	15	37	1.89
81286563--81286604	22	1.9	22	90	0	66	38	7	16	38	1.76
81286848--81286894	3	15.3	3	95	4	85	68	0	0	31	0.90
81295006--81295040	17	2.1	17	100	0	70	54	11	28	5	1.59
81302099--81302141	22	2.0	22	86	9	61	37	0	0	62	0.95
81312821--81312954	69	1.9	69	84	3	180	20	1	53	24	1.54
81312871--81313800	48	19.2	48	76	6	578	21	2	49	26	1.63
81313303--81313383	21	3.6	21	76	23	92	13	2	54	29	1.52
81313796--81313941	36	4.2	36	75	11	144	21	7	42	28	1.80
81314634--81314669	18	2.0	18	94	0	63	19	5	0	75	1.00
81315198--81315259	27	2.4	27	81	7	76	17	6	50	25	1.70
81315156--81315904	96	7.8	96	78	4	566	22	3	49	24	1.66
81315252--81315338	27	3.5	26	74	18	85	19	2	49	28	1.60
81315111--81315904	144	5.5	144	82	2	731	23	3	49	24	1.66
81315543--81315670	27	5.2	26	69	21	87	26	1	50	21	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81315562--81315646	21	3.8	21	74	17	71	25	1	55	17	1.49
81315679--81315766	27	3.5	26	65	17	60	23	5	50	20	1.70
81315111--81315904	48	16.6	48	78	5	502	23	3	49	24	1.66
81315927--81316062	48	2.8	48	79	2	139	26	6	44	22	1.77
81317897--81317926	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
81318562--81318609	15	3.5	15	72	21	59	27	0	4	68	1.07
81318557--81318609	26	2.0	26	92	0	88	26	0	3	69	1.05
81320816--81320893	39	2.0	38	82	7	95	66	3	15	14	1.38
81322211--81322239	14	2.0	15	93	6	51	65	6	0	27	1.18
81322247--81322320	28	3.0	24	78	11	71	51	5	4	39	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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