genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7917803--7917842	2	21.0	2	90	10	66	47	0	0	52	1.00
7922534--7922578	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
7924481--7924591	38	2.8	40	75	8	111	23	20	26	29	1.99
7924481--7924615	39	3.4	39	71	11	98	23	20	28	28	1.99
7930026--7930062	18	2.1	17	90	5	56	18	24	13	43	1.86
7930655--7930726	36	2.0	36	97	0	135	26	30	23	19	1.98
7932531--7932713	17	10.6	17	75	5	98	32	14	26	25	1.95
7932556--7932702	34	4.3	34	80	6	136	31	17	27	24	1.97
7932563--7932740	51	3.5	50	79	3	169	32	16	26	24	1.96
7932531--7932713	34	5.3	34	78	4	134	32	14	26	25	1.95
7932572--7932737	17	9.8	17	78	3	102	31	16	27	24	1.96
7932747--7932856	34	3.2	34	75	10	116	30	19	23	27	1.98
7932744--7932887	68	2.1	68	80	2	164	27	18	26	27	1.98
7939157--7939196	8	4.9	8	87	6	62	12	10	5	72	1.26
7939156--7939195	17	2.4	17	91	0	62	10	10	5	75	1.19
7939204--7939248	4	10.5	4	81	13	54	24	2	0	73	0.95
7939204--7939254	14	3.8	13	85	10	68	25	1	0	72	0.95
7939208--7939261	27	2.2	26	83	12	69	27	3	0	68	1.06
7939243--7939333	46	2.0	46	82	6	112	42	2	2	52	1.25
7939262--7939334	21	3.3	20	75	19	65	45	1	2	50	1.24
7939340--7939383	7	6.3	7	81	0	52	45	0	0	54	0.99
7939332--7939377	21	2.2	21	92	0	74	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7939340--7939383	14	3.1	14	83	0	61	45	0	0	54	0.99
7939355--7939413	28	2.2	26	88	8	84	44	0	0	55	0.99
7939363--7939416	18	3.1	18	76	5	58	51	0	0	48	1.00
7939811--7940046	70	3.4	69	71	18	213	52	2	2	43	1.25
7939951--7939983	13	2.4	14	90	5	50	60	0	3	36	1.12
7939921--7939949	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7939811--7940080	36	7.8	33	74	14	176	53	1	1	42	1.22
7940024--7940059	13	2.8	14	88	12	51	63	0	0	36	0.94
7940031--7940102	23	3.1	24	78	11	62	56	4	0	38	1.18
7939811--7940080	34	7.9	31	71	18	141	53	1	1	42	1.22
7940038--7940111	22	3.3	23	75	14	64	51	4	0	44	1.20
7940323--7940364	7	6.3	7	78	10	52	28	0	0	71	0.86
7940329--7940383	13	4.4	13	70	6	51	34	0	0	65	0.93
7940322--7940392	26	2.6	26	84	6	79	32	0	0	67	0.91
7940315--7940355	20	2.1	20	86	4	57	34	0	0	65	0.93
7940604--7940677	27	2.7	26	85	8	94	54	0	0	45	1.00
7940641--7940743	22	4.8	20	82	12	98	53	0	0	46	1.00
7940694--7940740	13	3.6	13	80	11	60	53	0	0	46	1.00
7940614--7940744	68	1.9	69	81	9	160	53	0	0	46	1.00
7950338--7950373	13	2.9	12	84	8	54	19	5	19	55	1.62
7961002--7961054	17	3.4	17	66	28	53	28	35	24	11	1.90
7961003--7961070	30	2.3	30	100	0	136	27	35	25	11	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7961013--7961066	17	3.4	17	72	27	64	27	33	25	12	1.93
7961103--7961226	54	2.3	54	77	5	133	26	22	29	20	1.99
7965482--7965817	46	7.9	41	80	15	357	35	15	25	23	1.94
7965521--7965859	46	7.7	46	83	10	424	36	15	24	22	1.93
7965475--7965859	84	4.5	84	92	3	574	36	15	24	23	1.93
7966120--7966166	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
7971945--7971973	13	2.2	13	100	0	58	20	13	17	48	1.81
7975990--7976020	16	1.9	16	100	0	62	61	0	6	32	1.21
7978824--7978853	14	2.2	14	94	5	53	16	6	0	76	0.99
7978945--7978979	18	1.9	18	100	0	70	31	11	17	40	1.85
7983033--7983063	16	1.9	16	93	0	53	29	16	12	41	1.85
7986382--7986434	26	2.0	26	82	13	65	26	11	22	39	1.88
7987915--7988102	26	7.2	26	86	3	254	36	23	5	34	1.79
7987915--7988102	52	3.6	52	92	2	308	36	23	5	34	1.79
7987915--7988102	78	2.4	78	90	0	286	36	23	5	34	1.79
7990247--7990277	16	1.9	16	93	0	53	29	16	12	41	1.85
7997690--7997773	30	2.9	29	77	10	82	40	13	14	32	1.84
7997712--7997773	30	2.1	30	87	0	88	40	9	12	37	1.77
8000339--8000384	18	2.5	18	82	3	56	47	13	13	26	1.78
8003234--8003273	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
8003275--8003307	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
8010656--8010743	43	2.0	43	84	4	115	20	30	30	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8010927--8010968	12	3.5	12	83	6	50	26	21	45	7	1.77
8016750--8016778	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8020278--8020317	21	1.9	21	89	0	62	25	0	72	2	0.97
8020286--8020327	15	2.8	15	85	0	57	23	2	69	4	1.20
8020277--8020324	21	2.3	21	81	0	60	22	2	68	6	1.23
8023781--8023857	37	2.1	37	92	0	127	19	19	10	50	1.76
8025429--8025459	14	2.2	14	94	0	53	9	0	29	61	1.28
8026893--8026936	17	2.6	17	81	0	52	11	13	6	68	1.39
8027699--8027780	41	2.0	41	92	4	139	50	12	7	30	1.67
8029938--8030318	198	1.9	198	96	0	708	38	22	8	30	1.85
8034254--8034278	13	1.9	13	100	0	50	64	0	8	28	1.22
8039789--8039825	10	3.7	10	86	13	58	29	0	0	70	0.88
8043049--8043267	3	72.3	3	65	16	60	58	4	7	29	1.43
8043053--8043110	24	2.4	24	82	0	71	56	1	6	34	1.36
8043246--8043303	20	2.6	22	73	15	57	60	0	3	36	1.14
8043408--8044041	3	206.7	3	67	17	151	60	5	3	30	1.36
8045870--8045900	15	2.1	15	93	0	53	51	0	0	48	1.00
8045879--8045955	3	25.7	3	78	10	68	35	2	2	59	1.25
8047229--8047284	17	3.4	17	83	9	62	48	0	19	32	1.49
8049987--8050033	19	2.6	18	75	21	53	40	46	2	10	1.50
8051103--8051137	14	2.4	15	95	4	63	28	2	5	62	1.32
8052091--8052155	24	2.7	25	73	20	66	33	7	4	53	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8056640--8056747	26	4.2	26	91	0	180	36	24	6	33	1.81
8057692--8057841	58	2.6	58	72	12	146	42	15	16	25	1.87
8063544--8063604	13	4.5	13	76	12	52	55	0	4	39	1.21
8063565--8063604	13	3.1	13	85	0	53	62	0	2	35	1.09
8063955--8063995	16	2.6	16	84	0	55	65	0	7	26	1.18
8063992--8064041	21	2.4	21	80	3	57	42	4	6	48	1.46
8066274--8066316	18	2.4	18	88	7	61	58	2	9	30	1.42
8068709--8068741	5	6.8	5	93	3	50	87	0	12	0	0.53
8076045--8076126	43	1.9	43	82	5	103	36	9	7	46	1.65
8085125--8085239	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
8085125--8085258	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
8092495--8092628	44	3.0	45	81	4	144	35	14	23	26	1.94
8095197--8095304	26	4.2	26	78	4	92	30	17	22	29	1.97
8095211--8095318	26	4.2	26	85	0	126	27	21	23	27	1.99
8096247--8096279	16	2.1	16	100	0	66	21	24	0	54	1.45
8100631--8100707	39	2.0	39	94	0	136	19	23	10	46	1.80
8104922--8104946	12	2.1	12	100	0	50	32	28	16	24	1.96
8121364--8121403	18	2.2	18	95	0	71	45	15	12	27	1.82
8125620--8125667	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
8128570--8128645	20	3.8	20	73	13	66	39	17	10	32	1.83
8128821--8128873	23	2.3	23	81	9	65	35	18	26	18	1.95
8129109--8129179	35	2.0	36	94	2	126	35	21	5	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8135002--8135099	20	4.9	19	78	12	72	37	16	11	34	1.84
8135049--8135109	20	3.0	20	85	0	86	40	18	8	32	1.80
8135276--8135332	23	2.5	23	80	2	62	38	17	17	26	1.92
8148553--8148731	39	4.6	39	92	0	277	38	22	25	13	1.91
8164474--8164563	37	2.4	37	83	3	101	31	12	18	37	1.88
8173484--8173572	44	2.0	44	82	4	108	20	17	24	37	1.94
8177881--8177940	30	2.0	30	96	0	111	56	11	3	28	1.51
8184441--8184504	32	2.0	32	100	0	128	25	18	21	34	1.96
8188131--8188200	36	1.9	36	97	0	131	32	10	18	38	1.84
8194908--8194962	24	2.3	24	90	0	83	36	25	9	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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