Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  247  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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38
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20
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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208
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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0
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19
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12
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29
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0
46
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72073991--72074125
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28
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47
1.69
72111224--72111306
42
2.0
42
100
0
166
30
19
4
45
1.71
72111241--72111308
21
3.2
21
68
15
68
29
19
4
47
1.69
72128971--72129000
8
3.8
8
100
0
60
26
0
0
73
0.84
72130653--72130688
18
2.0
18
100
0
72
16
27
16
38
1.90
72133117--72133167
17
2.9
17
75
13
50
33
0
1
64
1.05
72135992--72136060
3
23.0
3
100
0
138
33
0
0
66
0.92
72136419--72136517
22
4.5
21
77
16
76
30
5
5
59
1.40
72136520--72136587
25
2.7
26
74
2
66
32
11
5
50
1.63
72136782--72136810
3
9.7
3
100
0
58
34
0
0
65
0.93
72136823--72136847
10
2.5
10
100
0
50
40
0
8
52
1.31
72136796--72136841
23
2.0
23
84
16
60
32
0
8
58
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72136831--72136927
25
3.9
26
74
11
80
35
6
5
53
1.48
72136937--72137003
29
2.2
30
80
15
77
31
1
8
58
1.38
72136987--72137034
23
2.1
23
84
7
62
33
2
4
60
1.27
72140106--72140145
21
1.9
21
94
0
71
47
0
2
50
1.14
72140106--72140153
21
2.5
20
86
10
64
47
0
2
50
1.12
72142779--72142808
15
2.0
15
93
0
51
43
13
0
43
1.43
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2
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2
100
0
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51
0
0
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1.00
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2
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2
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0
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0
0
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1.00
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7
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7
100
0
54
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14
1.62
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32
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48
10
7
32
1.66
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22
2.2
22
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7
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52
2
8
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1.44
72174743--72174795
28
1.9
27
81
11
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52
1
9
35
1.45
72177664--72177709
19
2.5
19
82
3
58
69
0
4
26
1.07
72177716--72177823
28
3.8
29
75
8
114
62
6
4
26
1.40
72177697--72177822
55
2.3
55
83
4
164
62
5
4
26
1.37
72177697--72177822
30
4.5
28
74
14
118
62
5
4
26
1.37
72177687--72178000
26
11.9
25
72
13
186
59
3
5
31
1.36
72182225--72182260
19
1.9
18
94
5
63
55
5
8
30
1.52
72182612--72182639
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
72182677--72182707
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
72182612--72182744
66
2.0
66
98
0
257
48
3
7
40
1.47
72184538--72184583
14
3.1
16
78
15
53
15
4
15
65
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72184727--72184985
119
2.2
118
88
2
367
28
16
18
37
1.92
72184727--72184906
59
3.0
58
67
17
145
29
16
17
37
1.91
72187289--72187316
1
28.0
1
100
0
56
100
0
0
0
0.00
72194480--72194566
37
2.3
36
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5
147
26
33
19
20
1.97
72194615--72194709
50
1.9
49
89
2
145
29
26
8
35
1.86
72194678--72194738
27
2.3
27
94
0
104
36
24
1
37
1.66
72194635--72194785
76
2.0
75
92
1
248
31
25
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1.83
72194705--72195005
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49
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520
29
28
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1.88
72200555--72200596
16
2.6
17
74
11
52
16
4
9
69
1.33
72200809--72200909
28
3.5
29
82
4
114
42
3
19
33
1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          289   290   291   292