Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  270  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77648662--77648714
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0
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15
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0
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1.95
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33
2.0
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0
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8
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1.23
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1
1
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2.0
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48
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16
127
63
2
4
30
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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2.8
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28
2
0
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1.01
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165
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2
0
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212
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11
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
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Entropy
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0
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2.9
26
80
9
80
71
0
28
0
0.87
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1.50
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1.24
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201
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13
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2.0
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0
23
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77779419--77779451
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0
0
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0
0
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0
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21
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0
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4
43
1.61
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40
2.6
39
84
4
134
39
12
3
43
1.61
77807656--77807713
20
2.9
20
75
10
73
39
10
3
46
1.55
77807648--77807734
40
2.2
40
81
10
106
37
10
5
45
1.62
77807738--77807816
20
4.0
20
67
9
54
37
12
7
41
1.72
77807891--77808060
20
8.6
20
67
10
89
40
15
7
36
1.75
77807890--77807992
38
2.7
38
82
7
118
39
16
6
36
1.75
77807940--77808123
80
2.3
79
78
7
194
39
16
4
39
1.71
77808183--77808310
40
3.2
39
76
6
105
51
10
4
33
1.56
77814593--77814645
20
2.7
20
87
0
70
13
28
35
22
1.92
77815440--77815590
52
2.8
52
83
5
169
30
26
16
26
1.97
77822435--77822489
26
2.2
26
83
3
67
34
9
12
43
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77822448--77822499
26
2.0
26
100
0
104
34
3
15
46
1.64
77826126--77826155
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
77831751--77831832
40
2.0
40
92
0
137
35
14
28
21
1.93
77834025--77834098
30
2.4
30
85
12
98
48
0
1
50
1.09
77839468--77839654
43
4.3
43
77
2
196
28
26
19
24
1.99
77839452--77839654
86
2.4
86
86
5
270
27
25
20
27
1.99
77844996--77845130
7
19.1
7
73
8
78
37
40
0
21
1.53
77845173--77845257
21
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21
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1
28
1.61
77845157--77845246
46
2.0
46
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25
2
30
1.67
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7
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7
78
0
54
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25
0
24
1.50
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41
2.4
41
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3
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16
20
24
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1.93
77845502--77845535
17
2.0
17
94
0
59
5
8
29
55
1.54
77845589--77845614
11
2.4
11
100
0
52
42
30
15
11
1.82
77847160--77847273
42
2.7
41
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2
165
28
26
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1.95
77847244--77847367
47
2.7
46
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2
158
28
27
16
28
1.97
77847390--77847538
31
4.8
31
95
0
253
24
28
20
26
1.99
77847514--77847639
50
2.5
51
90
3
193
26
23
15
34
1.95
77849097--77849126
10
3.0
10
100
0
60
60
0
30
10
1.30
77852741--77852798
30
1.9
30
89
0
89
24
22
20
32
1.98
77852877--77852971
43
2.2
45
86
7
133
29
24
13
32
1.93
77853072--77853640
177
3.2
177
84
4
663
27
23
17
30
1.97
77853318--77853414
44
2.2
45
82
14
121
28
23
16
30
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77853885--77854072
64
2.9
64
91
0
295
38
12
18
30
1.88
77854124--77854153
6
5.2
6
92
8
53
0
13
0
86
0.57
77854124--77854153
11
2.6
12
94
5
53
0
13
0
86
0.57
77855227--77855278
20
2.6
20
100
0
104
26
9
19
44
1.81
77859521--77859550
14
2.1
14
93
0
51
16
0
36
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1.47
77860690--77860741
21
2.4
20
78
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50
75
3
3
17
1.11
77860841--77860865
6
4.2
6
100
0
50
0
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2.2
22
88
3
69
21
12
8
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1.62
77869470--77869664
97
2.0
99
89
4
306
21
23
9
45
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292