genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  278  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80068462--80068489	12	2.3	12	100	0	56	7	28	50	14	1.69
80073309--80073373	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
80074855--80074907	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
80078915--80079018	53	2.0	52	86	1	145	19	15	12	52	1.73
80079921--80080400	205	2.3	205	88	2	696	30	18	20	30	1.96
80080412--80081259	44	19.3	44	76	9	656	31	19	24	25	1.98
80080412--80081261	132	6.4	132	96	0	1522	31	19	24	25	1.98
80081263--80081360	44	2.2	44	90	3	153	30	13	28	27	1.94
80081628--80081695	13	5.2	13	68	10	57	36	48	0	14	1.44
80081637--80081670	9	3.8	9	100	0	68	35	52	0	11	1.38
80082105--80082184	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
80082109--80082188	18	4.4	18	74	16	67	31	3	1	63	1.20
80082104--80082184	12	6.8	12	75	12	78	29	3	1	65	1.17
80082259--80082309	3	16.0	3	84	11	50	31	0	5	62	1.19
80082393--80082446	20	2.7	20	82	5	65	35	0	5	59	1.21
80084809--80084858	14	3.4	14	77	5	55	18	2	10	70	1.25
80084809--80084865	29	2.0	29	89	6	89	15	1	10	71	1.21
80084819--80084866	22	2.2	21	85	3	60	12	2	10	75	1.14
80097533--80097575	22	2.0	21	86	4	59	60	0	2	37	1.10
80106023--80106058	13	2.8	13	91	0	63	33	52	8	5	1.55
80111523--80111564	21	2.0	21	90	0	66	45	23	9	21	1.81
80112936--80112973	14	2.7	14	83	0	58	42	5	7	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80115872--80115932	23	2.7	23	71	14	56	52	0	3	44	1.17
80119408--80119467	30	2.0	29	83	6	75	55	1	3	40	1.27
80119423--80119485	15	4.2	15	74	11	58	55	0	1	42	1.09
80120321--80120350	15	2.0	15	93	0	51	83	0	16	0	0.65
80120318--80120350	7	4.7	7	89	10	50	84	0	15	0	0.61
80124404--80124434	16	1.9	16	100	0	62	58	0	0	41	0.98
80124399--80124446	16	2.9	16	76	17	53	58	0	0	41	0.98
80124784--80125043	133	2.0	132	87	3	380	35	11	11	42	1.77
80126386--80126441	28	2.2	24	84	12	67	39	0	0	60	0.97
80129189--80129230	18	2.3	18	80	8	50	69	4	11	14	1.34
80135621--80135670	26	1.9	26	91	0	82	48	8	10	34	1.66
80136638--80136690	28	1.9	28	92	3	90	47	11	20	20	1.81
80140410--80140513	54	1.9	54	86	0	145	51	8	7	31	1.61
80151007--80151032	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
80151506--80151547	5	8.6	5	94	5	77	80	0	0	19	0.70
80155969--80156000	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
80155970--80156000	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
80158145--80158224	39	2.1	39	100	0	160	25	22	18	33	1.97
80161083--80161109	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
80161213--80161269	28	2.0	28	83	6	71	42	1	7	49	1.40
80162873--80162911	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
80169842--80169873	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80175486--80175555	31	2.3	30	85	4	88	38	1	12	47	1.51
80175515--80175596	31	2.7	30	77	5	85	35	6	10	47	1.64
80177259--80177296	18	2.1	18	85	9	51	55	18	2	23	1.55
80179689--80179726	2	19.5	2	89	5	60	52	0	0	47	1.00
80180031--80180074	18	2.4	19	80	3	54	79	9	2	9	1.02
80181089--80181174	43	2.0	42	90	2	136	32	16	12	38	1.86
80188257--80188300	21	2.2	20	83	4	52	6	15	4	72	1.22
80196253--80196574	162	2.0	160	85	3	430	33	21	22	22	1.97
80213238--80213264	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
80219198--80219394	99	2.0	102	84	7	260	29	7	6	57	1.50
80227047--80227089	18	2.3	18	84	4	59	58	2	2	37	1.24
80228459--80228497	19	2.2	18	86	9	53	56	5	0	38	1.22
80229751--80229819	31	2.3	30	80	14	72	47	4	4	43	1.42
80235446--80235480	11	3.2	11	88	12	54	71	2	0	25	1.00
80239649--80239686	13	2.9	14	84	7	53	55	0	0	44	0.99
80243821--80244063	46	5.0	46	80	13	247	21	23	14	40	1.90
80243821--80243989	91	1.9	91	87	2	250	19	22	15	42	1.88
80243977--80244001	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
80243931--80244047	58	2.0	58	94	0	207	23	25	14	36	1.93
80247527--80247560	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
80248908--80248980	31	2.4	30	82	6	85	34	4	2	58	1.31
80249600--80249835	130	1.8	129	91	2	395	25	12	23	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80254657--80254714	27	2.1	27	96	0	107	12	20	10	56	1.64
80256180--80256210	14	2.2	14	94	0	53	61	6	6	25	1.45
80256502--80256567	33	2.0	34	88	8	100	54	4	10	30	1.54
80257008--80257063	29	2.0	29	86	10	80	53	3	17	25	1.60
80259874--80259962	43	2.0	44	89	2	135	48	3	8	39	1.51
80259930--80259963	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
80262556--80262602	21	2.2	21	88	0	67	65	8	0	25	1.20
80264171--80265068	54	16.4	55	91	3	1420	37	18	14	29	1.90
80264171--80265068	110	8.2	109	95	1	1428	37	18	14	29	1.90
80265155--80265677	149	3.6	147	76	7	329	33	21	16	28	1.95
80265034--80265678	70	8.9	71	75	6	472	32	22	16	28	1.95
80265034--80265678	74	8.9	72	75	8	522	32	22	16	28	1.95
80265034--80265655	219	2.9	219	91	1	950	31	22	16	29	1.96
80278324--80278447	3	42.7	3	67	18	57	60	1	7	30	1.33
80278324--80278399	14	5.3	14	76	10	64	60	1	3	34	1.23
80278324--80278387	26	2.3	28	81	7	78	62	1	3	32	1.20
80279685--80279747	22	2.9	22	95	0	108	9	6	52	31	1.59
80281925--80281975	24	2.1	24	92	0	84	49	3	0	47	1.20
80281984--80282024	20	2.0	21	85	4	57	68	2	0	29	1.03
80286879--80286912	17	2.1	17	88	5	52	41	0	8	50	1.34
80298698--80298748	20	2.6	20	90	9	79	11	19	45	23	1.83
80312932--80313033	48	2.1	49	92	3	172	34	12	11	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80316932--80316972	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
80323998--80324139	66	2.2	66	84	5	180	28	14	26	30	1.95
80324022--80324168	66	2.2	65	82	7	163	29	13	28	27	1.94
80324508--80324554	21	2.2	21	100	0	94	36	17	21	25	1.94
80326311--80326372	31	2.0	31	81	9	74	61	0	17	20	1.35
80331833--80332186	48	7.5	46	69	13	184	27	20	27	25	1.99
80331833--80332000	46	3.6	46	79	7	187	28	19	27	24	1.98
80331834--80332052	94	2.3	94	81	3	260	26	20	27	25	1.99
80332064--80332188	49	2.6	48	79	5	144	28	22	26	22	1.99
80336060--80336141	32	2.6	32	80	7	87	23	21	23	31	1.98
80338351--80338418	31	2.2	31	81	5	84	39	10	14	35	1.80
80340541--80340590	24	2.1	24	85	7	66	32	0	2	66	1.03
80343233--80343450	40	5.4	39	84	6	215	24	26	22	26	2.00
80343233--80343453	80	2.8	80	85	0	280	24	26	22	26	2.00
80350851--80351033	46	3.9	46	74	11	167	27	19	30	22	1.98
80352745--80352994	55	4.7	54	81	7	232	22	24	17	36	1.95
80356020--80356069	25	2.0	25	100	0	100	40	8	16	36	1.77
80357267--80357315	15	3.3	15	80	5	64	40	0	8	51	1.32
80361612--80361710	40	2.5	40	80	5	110	35	28	13	23	1.92
80373299--80373567	48	5.6	48	90	0	387	27	31	16	24	1.96
80376715--80376760	24	1.9	23	83	16	58	34	10	15	39	1.82
80382372--80382520	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80382413--80382520	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80384378--80384415	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
80386801--80386834	10	3.3	10	88	8	50	73	0	0	26	0.83
80394041--80394167	40	3.2	40	91	3	195	25	29	21	24	1.99
80394041--80394189	79	1.9	80	81	6	187	24	27	22	25	2.00
80394039--80394207	79	2.1	80	78	8	175	26	28	20	24	1.99
80395975--80396214	40	6.1	40	84	8	291	25	27	22	24	1.99
80403950--80404073	39	3.2	40	76	13	125	27	27	20	24	1.99
80403978--80404072	37	2.5	38	83	6	113	28	26	20	25	1.99
80410755--80410934	71	2.5	71	83	3	227	26	16	23	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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