genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  93  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28644193--28644235	23	1.9	22	86	13	61	79	4	16	0	0.90
28644193--28644245	13	3.9	14	76	18	58	77	5	16	0	0.96
28644714--28644815	51	2.0	51	82	3	125	43	10	19	26	1.84
28645151--28645200	15	3.4	15	76	13	59	36	2	10	52	1.47
28645335--28645383	17	2.8	18	73	17	57	44	0	12	42	1.41
28645575--28645640	23	3.0	22	80	4	80	13	18	24	43	1.86
28649513--28649607	27	3.5	26	86	8	127	15	22	22	40	1.91
28653393--28653465	38	1.9	38	88	0	110	30	15	28	26	1.96
28657375--28657487	27	4.2	26	84	8	127	16	22	23	38	1.93
28657375--28657487	55	2.1	54	85	5	147	16	22	23	38	1.93
28659162--28659297	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
28659941--28660232	143	2.1	141	98	1	557	38	29	10	21	1.86
28662918--28662984	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
28663033--28663171	23	6.0	23	93	4	226	26	21	22	29	1.99
28663361--28663422	31	2.1	29	87	6	88	38	16	20	24	1.92
28671006--28671072	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
28671122--28671240	23	5.1	23	92	2	202	26	20	22	30	1.98
28671455--28671517	31	2.1	31	87	3	92	38	14	22	25	1.92
28675480--28675508	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
28676018--28676060	21	2.0	21	86	8	61	51	0	0	48	1.00
28676169--28676193	13	1.9	13	100	0	50	80	8	12	0	0.92
28676168--28676222	23	2.4	23	84	6	67	74	3	16	5	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28676689--28676799	51	2.2	51	82	6	127	40	14	18	27	1.89
28677123--28677172	15	3.4	15	71	13	50	38	2	12	48	1.52
28677547--28677629	21	3.8	23	78	9	84	15	21	24	38	1.92
28677546--28677628	44	1.9	42	82	4	103	16	20	24	38	1.93
28681543--28681752	39	5.4	39	89	0	303	24	30	20	24	1.99
28689423--28689644	77	2.8	78	88	2	320	22	30	22	24	1.99
28689423--28689643	39	5.6	39	90	1	318	23	30	22	24	1.99
28689423--28689643	116	1.9	118	87	1	329	23	30	22	24	1.99
28692451--28692656	40	5.2	40	85	2	265	24	20	28	26	1.99
28692456--28692656	80	2.5	80	89	3	300	24	20	27	27	1.99
28696294--28696391	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
28699507--28699638	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
28699507--28699638	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
28704786--28704879	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
28704751--28704879	58	2.2	58	86	2	170	26	31	15	26	1.96
28712682--28712865	29	6.3	29	85	3	228	26	30	16	27	1.97
28714985--28715144	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
28720680--28720827	40	3.7	39	85	5	163	23	27	22	25	2.00
28728731--28728879	40	3.7	40	85	0	190	23	27	23	25	2.00
28731186--28731310	46	2.7	46	83	10	150	28	18	30	23	1.97
28733969--28734016	8	6.0	8	75	0	51	12	22	20	43	1.86
28733973--28734023	16	3.2	16	91	0	84	9	21	17	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28733957--28734008	24	2.2	24	82	0	59	11	19	17	51	1.75
28736447--28736613	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
28744445--28744611	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	25	2.00
28746458--28746544	29	3.1	29	88	3	133	29	24	13	32	1.94
28746596--28747673	539	2.0	539	97	0	2030	30	27	14	27	1.95
28749817--28749939	46	2.7	46	94	0	210	32	28	17	21	1.96
28749817--28749953	46	3.0	46	90	2	170	32	28	16	21	1.96
28752410--28752448	21	1.9	21	89	5	62	12	41	28	17	1.87
28755848--28755925	26	2.9	26	70	10	66	32	12	15	39	1.85
28758162--28758277	45	2.6	44	83	9	137	25	18	30	25	1.98
28765248--28765378	47	2.8	47	83	0	163	25	15	25	32	1.95
28767393--28767423	7	4.4	7	91	0	53	58	0	25	16	1.38
28768950--28769028	31	2.5	30	90	8	122	25	24	18	31	1.98
28769062--28769144	43	1.9	43	82	0	103	34	18	16	30	1.93
28769277--28769438	26	6.3	26	92	2	251	28	23	20	27	1.99
28769488--28769574	20	4.3	20	89	2	131	32	17	10	40	1.83
28770259--28770322	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
28770361--28770630	27	10.0	27	70	9	129	31	10	19	38	1.85
28770329--28770541	54	3.9	54	75	7	162	30	11	17	39	1.85
28770593--28770793	27	7.4	27	75	5	145	37	7	21	33	1.82
28770593--28770811	54	4.0	53	74	7	188	36	7	21	34	1.82
28775511--28775567	15	3.9	15	80	11	64	47	14	1	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28776455--28776509	23	2.4	24	84	6	69	3	16	5	74	1.15
28776484--28776508	13	1.9	13	100	0	50	0	12	8	80	0.92
28776617--28776659	21	2.0	21	86	8	61	48	0	0	51	1.00
28777175--28777203	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
28781448--28781634	40	4.7	40	86	1	232	26	28	20	24	1.99
28781433--28781629	80	2.5	79	86	3	277	28	27	19	24	1.99
28786767--28786955	29	6.5	29	85	3	238	26	16	30	25	1.97
28794757--28794843	29	3.0	29	100	0	174	31	13	27	27	1.94
28797212--28797378	40	4.2	40	82	1	194	25	22	27	25	2.00
28805242--28805382	40	3.5	40	84	3	176	26	24	27	21	1.99
28805242--28805410	80	2.1	80	83	4	207	26	22	27	24	2.00
28808339--28808403	32	2.0	32	100	0	130	21	33	9	35	1.85
28809310--28809338	12	2.4	12	100	0	58	58	24	10	6	1.55
28819727--28819770	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
28819906--28819960	15	3.7	15	75	20	53	60	1	5	32	1.30
28820073--28820151	25	3.2	25	79	13	85	60	1	3	34	1.23
28820085--28820156	18	4.2	17	78	13	60	62	1	1	34	1.13
28820128--28820179	26	2.0	26	85	7	70	61	3	0	34	1.14
28820144--28820201	26	2.2	27	82	11	68	60	1	1	36	1.17
28821804--28822388	206	2.8	206	91	0	902	29	22	17	30	1.97
28823264--28823311	7	6.9	7	81	9	53	0	6	8	85	0.74
28823264--28823311	21	2.3	21	85	7	71	0	6	8	85	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28831124--28831254	27	4.9	27	82	3	156	29	19	7	43	1.79
28831097--28831210	54	2.1	54	81	0	129	30	20	8	40	1.83
28831124--28831280	54	2.9	54	83	1	190	31	20	7	40	1.80
28831079--28831295	81	2.7	80	76	5	211	34	20	7	37	1.81
28831232--28831506	54	5.1	54	79	6	263	41	22	7	29	1.80
28831246--28831519	81	3.4	81	84	5	304	41	21	7	29	1.80
28831246--28831485	27	8.9	27	78	8	231	41	21	7	29	1.80
28831240--28831519	27	10.4	27	76	10	207	41	21	7	29	1.80
28831517--28831568	27	1.9	27	88	7	79	42	11	11	34	1.77
28831622--28831708	27	3.2	27	86	3	113	35	18	25	20	1.95
28831613--28831713	27	3.7	27	82	10	100	34	20	22	21	1.97
28832515--28832664	26	5.8	26	88	0	230	27	23	22	27	1.99
28832515--28832664	52	2.9	52	93	1	266	27	23	22	27	1.99
28832809--28832900	42	2.2	42	90	0	139	29	15	21	33	1.94
28832924--28833002	31	2.5	31	91	0	131	29	18	26	25	1.98
28837431--28837562	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
28845161--28845292	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
28849210--28849289	5	16.4	5	69	19	53	61	2	1	35	1.18
28849212--28849280	25	2.7	26	77	11	79	62	2	1	33	1.19
28849234--28849298	20	3.2	20	78	18	71	60	4	0	35	1.18
28854241--28854401	45	3.7	45	87	3	204	32	27	17	22	1.96
28854952--28854982	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28859146--28859216	20	3.5	20	92	0	115	35	12	21	30	1.91
28859263--28859405	23	6.1	23	92	3	241	28	21	20	29	1.98
28859262--28859425	23	7.0	23	89	4	222	28	21	21	28	1.99
28859263--28859405	47	3.1	46	93	3	241	28	21	20	29	1.98
28865171--28865278	44	2.4	43	84	6	135	32	29	12	25	1.92
28876821--28876859	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
28877298--28877412	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
28877323--28877412	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
28877518--28877581	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
28884693--28884731	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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