Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  226  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65938037--65938419
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7.1
54
92
1
624
38
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15
27
1.91
65938487--65938520
14
2.4
14
90
9
52
58
5
17
17
1.57
65938362--65938594
91
2.6
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11
319
36
19
18
26
1.94
65938428--65938921
170
3.0
161
80
11
506
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21
15
25
1.93
65938499--65938670
73
2.3
74
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4
247
37
21
16
24
1.93
65938648--65938683
14
2.5
14
90
4
54
63
8
11
16
1.49
65938580--65938905
88
3.8
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83
5
411
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21
15
25
1.93
65938362--65938905
252
2.1
253
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7
676
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21
16
26
1.94
65938580--65938905
84
3.8
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83
5
411
36
21
15
25
1.93
65951111--65951173
30
2.2
29
84
13
87
47
4
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41
1.50
65951558--65951684
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6
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140
63
3
1
31
1.21
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15
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12
53
56
12
0
30
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11
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6.3
132
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1251
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22
27
1.96
65953471--65954300
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3.2
263
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2.0
205
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0
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2.0
180
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2.0
384
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1
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18
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27
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2.4
206
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0
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22
28
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5.2
19
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17
35
1.82
65955572--65955669
36
2.6
37
85
9
135
37
9
17
35
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
21
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4
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14
2
42
1.58
65960140--65960261
40
3.1
39
78
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131
34
23
17
24
1.96
65961078--65961151
11
6.8
10
73
15
58
4
20
4
71
1.19
65967932--65968041
26
4.2
26
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177
34
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2.1
137
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0
538
24
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25
31
1.98
65971330--65971378
19
2.8
17
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14
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32
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6
57
1.42
65971336--65971378
18
2.5
19
85
14
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2
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60
1.30
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21
2.5
21
80
0
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28
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1.37
65971934--65971982
20
2.3
22
86
6
66
34
0
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61
1.15
65971934--65971982
22
2.1
22
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62
34
0
4
61
1.15
65985345--65985388
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0
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2
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0
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0
0
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1.00
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44
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40
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18
2.2
18
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51
50
0
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41
0
0
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2
2
25
1.13
65997147--65997186
9
4.6
8
87
12
53
70
2
2
25
1.13
65997147--65997186
13
3.1
12
86
13
53
70
2
2
25
1.13
65998047--65998085
5
7.8
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97
0
60
41
12
5
41
1.65
66002115--66002158
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2.6
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2
2
70
1.10
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2.8
18
80
11
61
36
5
0
57
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66002335--66002382
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19
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0
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31
8
0
60
1.26
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16
4.3
16
70
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31
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2
56
1.43
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2.2
19
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48
0
0
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1.00
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2.0
26
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43
9
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1.36
66007537--66007561
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12
100
0
50
0
8
0
92
0.40
66008169--66008358
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18
19
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1.96
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28
2.5
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88
9
121
19
22
12
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1.83
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22
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19
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5.0
20
80
11
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34
8
20
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1.82
66010775--66010875
40
2.5
40
81
9
125
34
7
18
38
1.80
66016101--66016208
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4.2
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15
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2
5
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1.29
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25
3.2
26
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5
103
30
8
2
58
1.42
66017542--66017675
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2
198
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27
17
26
1.97
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127
1.9
127
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1
305
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17
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1.92
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1
15
50
1.52
66030579--66030610
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2.1
16
94
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0
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0
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51
0
0
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1.00
66032781--66032837
22
2.6
22
81
13
66
61
0
3
35
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66032887--66032923
19
1.9
19
94
0
65
51
2
13
32
1.55
66032955--66033000
23
2.0
23
87
4
67
54
8
4
32
1.51
66033152--66033236
3
28.3
3
79
9
93
63
3
2
30
1.24
66034887--66035208
88
3.7
87
82
7
388
37
19
16
26
1.93
66035118--66035422
73
4.2
73
85
4
407
33
20
16
29
1.95
66035118--66035422
147
2.1
146
85
3
423
33
20
16
29
1.95
66041380--66041596
46
4.7
46
81
6
201
26
20
31
21
1.98
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2.6
44
84
2
140
35
13
22
28
1.92
66055306--66055439
46
3.0
45
81
4
135
35
13
23
27
1.93
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20
2.3
20
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28
28
17
26
1.98
66059941--66059984
19
2.2
20
84
4
54
34
25
18
22
1.96
66066380--66066494
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
66066380--66066513
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
66070069--66070137
33
2.1
33
94
0
120
59
7
18
14
1.58
66070355--66070394
17
2.4
17
82
0
53
60
2
0
37
1.11
66071258--66071287
10
3.0
10
90
0
51
10
0
6
83
0.81
66073007--66073085
33
2.4
34
81
10
101
20
44
10
25
1.82
66076709--66076771
27
2.3
27
83
0
72
28
25
25
20
1.99
66081187--66081377
18
10.6
18
76
10
167
37
16
12
34
1.86
66081187--66081383
54
3.7
53
77
7
191
37
16
12
34
1.86
66081188--66081389
72
2.8
71
80
5
219
37
16
12
34
1.86
66081506--66081609
47
2.2
47
92
0
172
40
23
20
16
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66081600--66081633
6
5.7
6
92
0
59
52
17
11
17
1.73
66081500--66081618
47
2.4
52
79
15
158
41
21
19
17
1.91
66081659--66081683
12
2.1
12
100
0
50
40
20
24
16
1.91
66082261--66082305
19
2.4
18
86
13
65
0
33
0
66
0.92
66085003--66085162
32
5.0
32
89
0
248
33
11
10
44
1.76
66085003--66085164
64
2.5
64
93
0
279
33
11
10
44
1.75
66086776--66086804
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
66087185--66087239
21
2.6
21
88
0
83
29
34
9
27
1.87
66088808--66088849
20
2.1
20
86
0
57
45
9
0
45
1.36
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18
1.9
18
88
0
52
48
0
0
51
1.00
66089084--66089143
22
2.8
22
78
9
70
48
1
0
50
1.11
66089103--66089133
13
2.4
13
94
0
53
48
0
0
51
1.00
66094656--66094720
31
2.1
31
91
0
103
40
9
16
33
1.81
66097154--66097211
29
2.0
29
86
0
80
5
24
17
53
1.64
66099114--66099167
26
2.1
26
92
0
90
35
7
14
42
1.74
66103790--66103896
53
2.0
53
85
3
144
23
11
28
37
1.89
66103843--66103962
47
2.6
45
86
5
152
24
13
26
35
1.92
66106624--66106995
130
2.9
129
81
3
417
29
18
17
34
1.94
66110567--66110618
21
2.5
21
93
3
88
25
19
11
44
1.84
66118876--66119216
171
2.0
171
90
0
529
31
14
28
25
1.95
66118859--66119227
44
8.5
44
87
4
516
30
14
28
26
1.95
66119428--66119542
46
2.5
45
77
4
115
34
23
18
23
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66123344--66123384
2
20.5
2
100
0
82
51
0
0
48
1.00
66125284--66125312
6
4.8
6
100
0
58
0
13
0
86
0.58
66125590--66125628
2
19.5
2
100
0
78
51
0
0
48
1.00
66126110--66126152
14
3.3
14
81
15
56
34
0
9
55
1.32
66126270--66126300
9
3.3
9
91
8
53
77
0
3
19
0.90
66155829--66155857
13
2.1
14
93
6
51
51
0
3
44
1.18
66156084--66156137
23
2.4
23
78
9
58
50
1
1
46
1.23
66156339--66156405
28
2.7
23
73
20
62
19
4
31
44
1.70
66156312--66156395
28
3.0
28
91
1
132
19
3
30
46
1.66
66156693--66156721
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292