genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64961168--64961209	17	2.5	17	88	7	59	33	7	4	54	1.49
64961273--64961354	19	4.1	20	70	23	64	34	3	6	56	1.42
64972774--64972803	14	2.1	14	93	0	51	23	6	3	66	1.30
64972718--64973215	86	5.9	87	80	9	571	28	15	19	36	1.92
64972727--64973280	175	3.3	170	80	10	589	28	15	19	36	1.93
64973043--64973325	79	3.7	75	80	7	313	30	15	19	35	1.93
64973043--64973370	78	4.3	76	79	9	305	28	16	18	36	1.92
64973043--64973327	153	1.9	151	82	7	344	30	15	18	35	1.93
64973510--64973555	24	1.9	24	95	0	83	71	2	0	26	0.97
64973552--64973636	30	2.8	31	82	7	104	29	24	4	41	1.75
64981462--64981563	39	2.6	39	76	19	97	58	4	4	31	1.40
64993504--64993542	2	19.5	2	89	0	60	48	2	2	46	1.29
64993631--64993756	9	13.3	9	68	20	55	50	5	4	38	1.47
64993706--64993761	11	5.0	12	72	14	57	51	7	0	41	1.29
64994280--64994316	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
64994278--64994327	11	4.5	11	82	9	57	44	0	56	0	0.99
64994590--64994630	14	2.8	14	85	7	55	14	4	14	65	1.42
64994589--64994664	33	2.4	31	83	10	100	11	6	17	64	1.47
64995066--64995171	35	3.0	35	95	0	194	22	12	49	16	1.78
64995625--64995651	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
64996195--64996268	32	2.3	32	95	0	139	24	40	22	12	1.88
65003346--65003372	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65006605--65006645	15	2.7	15	82	17	57	85	4	9	0	0.73
65006640--65006675	16	2.3	16	95	4	65	61	33	0	5	1.19
65006975--65007008	11	3.1	11	82	0	50	2	5	2	88	0.70
65009254--65009289	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
65014725--65014988	71	3.7	69	82	6	323	25	14	22	37	1.92
65014867--65016327	140	11.0	124	69	17	537	25	14	22	37	1.92
65014988--65015153	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
65015282--65016361	71	16.0	68	69	15	584	25	14	22	37	1.93
65015262--65016202	140	6.9	140	70	17	715	25	14	22	37	1.92
65015665--65015830	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
65014725--65016327	677	2.4	677	95	2	2832	25	14	22	37	1.92
65016225--65016584	72	5.0	71	69	12	232	25	18	21	35	1.96
65016592--65016736	74	1.9	76	87	5	215	31	18	22	28	1.97
65016432--65017111	165	4.2	166	82	10	734	30	18	19	31	1.96
65016765--65017024	72	3.5	73	84	2	333	30	18	19	31	1.95
65017792--65017831	10	3.9	11	84	15	50	87	5	7	0	0.66
65017827--65017863	17	2.3	17	90	9	60	59	35	0	5	1.20
65024691--65024721	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
65025281--65025331	15	3.8	14	80	12	54	37	0	62	0	0.95
65025284--65025325	7	6.0	7	81	8	50	33	0	66	0	0.92
65025856--65025960	23	4.6	23	87	2	131	10	3	52	33	1.54
65025879--65025976	23	4.2	23	93	1	115	12	4	48	34	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65025956--65026015	15	3.9	15	93	2	102	20	6	33	40	1.78
65038516--65038546	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
65038582--65038630	21	2.3	20	83	16	64	65	2	0	32	1.04
65038582--65038642	21	2.8	21	76	16	54	62	3	1	32	1.21
65039126--65039150	13	1.9	13	100	0	50	32	0	68	0	0.90
65039683--65039786	23	4.6	23	85	4	122	10	3	51	33	1.54
65039707--65039802	23	4.1	23	93	1	111	12	4	48	34	1.60
65039782--65039841	15	3.9	15	93	2	102	20	6	33	40	1.78
65041482--65041542	21	2.9	21	82	2	77	26	37	13	22	1.91
65045519--65045675	26	6.2	26	90	6	243	36	24	5	33	1.79
65045528--65045673	48	3.0	49	92	5	233	36	25	5	32	1.79
65045519--65045675	74	2.1	76	92	3	264	36	24	5	33	1.79
65051334--65051521	26	7.2	26	86	4	256	37	22	5	34	1.77
65051334--65051521	52	3.6	52	92	2	308	37	22	5	34	1.77
65051334--65051521	78	2.4	77	90	3	286	37	22	5	34	1.77
65057180--65057242	19	3.5	18	71	20	60	30	11	3	55	1.50
65065235--65065281	22	2.1	22	88	0	67	36	6	23	34	1.80
65066362--65066414	26	2.0	26	100	0	106	49	11	24	15	1.77
65068502--65068528	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
65073318--65073359	9	4.7	9	87	0	66	33	11	42	11	1.78
65073519--65073605	11	7.8	11	76	6	68	4	8	28	58	1.47
65073536--65073605	33	2.1	34	86	2	97	5	7	28	58	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65073516--65073605	22	4.0	22	80	1	108	5	7	28	57	1.49
65075399--65075618	46	4.8	46	82	11	290	29	29	20	20	1.98
65077999--65078087	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
65077999--65078078	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
65078010--65078087	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
65081028--65081248	46	4.8	46	83	10	299	28	29	20	20	1.98
65089888--65089922	16	2.2	17	90	10	56	62	0	14	22	1.31
65093287--65093327	13	3.1	14	82	10	59	48	14	17	19	1.81
65097606--65097639	17	1.9	18	88	5	52	14	5	0	79	0.91
65098313--65098361	25	2.0	24	84	4	62	44	8	8	38	1.64
65103592--65103622	16	1.9	16	93	0	53	19	6	9	64	1.45
65103726--65103765	18	2.2	18	86	0	53	25	5	2	67	1.23
65105595--65105646	15	3.6	15	74	7	54	53	1	7	36	1.41
65105707--65105766	24	2.5	24	74	15	61	60	6	3	30	1.39
65106240--65106295	28	2.0	28	86	3	78	3	0	25	71	1.02
65111735--65111764	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
65114101--65114165	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
65117317--65117427	54	2.1	54	98	0	213	25	18	13	42	1.87
65127414--65127466	20	2.6	22	82	11	69	67	1	1	28	1.11
65143126--65143151	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
65149733--65149806	16	4.7	15	75	12	53	62	2	8	27	1.37
65149754--65149809	22	2.5	22	72	13	60	60	1	10	26	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65150032--65150090	19	2.8	20	73	21	59	54	0	45	0	0.99
65157440--65157684	76	3.2	76	78	1	256	33	23	19	23	1.97
65157631--65157720	38	2.4	38	83	3	94	36	23	16	23	1.94
65161345--65161472	63	2.0	63	96	0	238	31	24	20	24	1.98
65162794--65162865	35	2.1	35	94	0	126	22	23	11	43	1.85
65163110--65163190	28	2.9	28	78	14	87	33	20	19	25	1.97
65163252--65163321	29	2.4	28	84	11	88	28	25	20	25	1.99
65168617--65168672	26	2.1	27	83	3	69	57	0	1	41	1.09
65170375--65170425	18	3.1	16	76	13	50	3	5	7	82	0.94
65171308--65172750	72	18.6	72	74	15	749	34	18	16	30	1.94
65171308--65172750	214	6.2	211	73	17	807	34	18	16	30	1.94
65171308--65172750	142	9.3	143	72	17	803	34	18	16	30	1.94
65171820--65172054	87	2.6	89	80	8	262	37	18	17	27	1.93
65172218--65172746	79	6.8	76	73	15	379	32	19	16	31	1.94
65177730--65177765	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
65180327--65180365	19	2.0	21	85	10	55	5	5	10	79	1.04
65180720--65180776	26	2.1	27	87	3	80	54	0	5	40	1.23
65183139--65183175	18	2.1	18	100	0	74	40	10	10	37	1.75
65186697--65186757	32	1.9	32	100	0	122	31	9	13	45	1.75
65190831--65190915	26	3.3	27	76	12	81	40	2	0	57	1.11
65190833--65190915	24	3.1	27	73	16	75	40	2	0	56	1.12
65192917--65192955	18	2.2	18	90	9	62	51	5	0	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65195017--65195167	53	2.8	54	88	6	209	30	27	15	25	1.96
65201236--65201269	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
65202514--65202563	22	2.3	22	86	6	66	60	2	2	36	1.20
65203241--65203288	6	8.0	6	95	0	87	0	47	0	52	1.00
65203892--65203930	11	3.6	11	86	6	53	25	7	0	66	1.18
65206900--65206933	17	2.0	17	100	0	68	29	5	29	35	1.81
65207187--65207232	20	2.4	19	75	7	56	32	2	10	54	1.47
65208245--65208722	239	2.0	239	83	3	595	30	23	13	32	1.93
65212437--65212511	37	2.0	37	97	0	141	29	2	17	50	1.59
65224035--65224066	16	2.0	16	93	0	55	46	0	3	50	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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