genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77112099--77112124	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
77112610--77112668	31	1.9	31	85	0	82	45	6	5	42	1.52
77112647--77112684	18	2.1	18	95	0	67	55	13	0	31	1.38
77113143--77113187	22	2.1	22	88	12	67	62	2	0	35	1.08
77113665--77113705	16	2.5	17	88	7	59	51	9	2	36	1.48
77114619--77114670	27	2.0	27	84	3	70	30	3	3	61	1.32
77116576--77116618	20	2.0	20	82	8	50	60	4	4	30	1.37
77117615--77117659	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
77120473--77120508	18	2.1	18	89	5	56	33	5	0	61	1.19
77126767--77126814	15	3.2	15	71	11	53	64	4	4	27	1.30
77126901--77126941	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
77127283--77127345	29	2.1	29	91	5	99	52	0	0	47	1.00
77127322--77127359	20	1.9	19	89	5	58	55	2	0	42	1.14
77127291--77127391	50	1.9	53	82	11	129	54	0	0	44	1.06
77127280--77127358	29	2.7	29	81	14	83	55	1	0	43	1.07
77128794--77128849	20	3.0	18	69	19	51	5	8	8	76	1.14
77130065--77130119	16	3.4	16	89	0	74	34	3	29	32	1.75
77130101--77130194	44	2.1	46	88	4	138	30	6	28	34	1.82
77130265--77130315	25	2.0	25	82	17	61	39	0	7	52	1.30
77130291--77130409	58	2.1	57	83	3	148	51	2	0	45	1.20
77132875--77132955	40	2.0	40	95	0	144	37	13	13	35	1.84
77135123--77135151	6	4.8	6	100	0	58	34	51	0	13	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77142569--77142617	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
77142588--77142646	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
77146310--77146349	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
77147740--77147777	2	19.0	2	94	0	67	47	2	0	50	1.15
77148643--77148673	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
77149765--77149926	38	4.3	38	83	0	171	33	14	17	33	1.90
77154962--77155015	27	1.9	29	81	7	67	59	0	0	40	0.98
77158017--77158069	5	10.0	5	84	11	70	41	0	0	58	0.98
77158015--77158070	12	4.5	12	81	16	69	42	0	0	57	0.99
77159385--77159423	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
77159663--77159797	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
77159920--77159960	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
77161295--77161344	2	25.5	2	87	4	75	50	2	0	48	1.12
77161347--77161397	22	2.3	22	86	6	68	60	3	1	33	1.26
77162069--77162101	12	2.8	12	90	4	50	81	0	18	0	0.68
77180084--77180146	28	2.1	31	82	8	78	49	4	3	42	1.39
77180695--77180831	70	2.0	70	91	2	222	36	13	13	36	1.84
77184111--77184156	23	2.0	23	100	0	92	8	47	21	21	1.77
77184509--77184551	21	2.0	21	100	0	86	34	18	13	32	1.90
77185872--77185906	16	2.2	17	90	10	56	20	11	2	65	1.37
77200566--77200627	26	2.5	24	84	10	79	51	0	3	45	1.17
77200566--77200630	25	2.6	25	85	7	78	52	0	3	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77207022--77207065	6	7.5	6	89	5	63	63	0	31	4	1.14
77213708--77213734	13	2.1	13	100	0	54	37	22	7	33	1.82
77215280--77215381	43	2.3	45	84	5	127	30	22	12	34	1.92
77215280--77215386	46	2.4	43	85	4	133	29	23	13	33	1.92
77222202--77222309	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
77243983--77244007	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
77246182--77246238	30	1.9	30	85	7	80	43	5	3	47	1.43
77250506--77250543	19	2.1	19	90	5	60	36	0	5	57	1.21
77250509--77250554	19	2.4	19	82	13	58	36	0	6	56	1.25
77256675--77256707	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
77257046--77257089	22	2.0	22	90	0	70	34	11	0	54	1.36
77258399--77258437	3	13.0	3	100	0	78	33	33	0	33	1.58
77264789--77264868	31	2.7	29	76	5	79	37	7	8	46	1.63
77264954--77265018	31	2.1	31	94	2	114	29	33	9	27	1.88
77265320--77265348	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
77265360--77265405	23	2.0	24	83	12	60	39	0	4	56	1.19
77276141--77276183	22	2.0	22	85	0	59	23	9	6	60	1.51
77281411--77281439	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
77281921--77281965	12	3.7	12	93	3	72	80	0	20	0	0.72
77281922--77281980	12	4.2	15	87	10	65	74	1	23	0	0.91
77284144--77284283	39	3.6	39	87	0	199	12	26	23	37	1.91
77285470--77285565	49	2.0	49	95	0	174	27	15	14	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77287009--77287033	9	2.8	9	100	0	50	36	8	0	56	1.29
77287039--77287066	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
77287074--77287115	14	3.1	13	86	13	50	66	7	21	4	1.35
77287613--77287652	15	2.9	14	85	7	55	65	2	7	25	1.32
77287994--77288104	23	5.0	23	83	7	115	18	21	23	36	1.95
77288007--77288090	21	3.8	21	84	9	96	15	23	26	34	1.95
77288007--77288090	44	1.9	43	83	9	107	15	23	26	34	1.95
77289317--77289357	21	2.0	21	90	9	66	29	26	17	26	1.97
77293173--77293198	11	2.4	11	100	0	52	57	15	26	0	1.38
77293238--77293319	40	2.0	40	95	0	146	23	9	30	36	1.87
77294492--77294516	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
77294783--77294816	15	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
77299623--77299703	24	3.2	24	74	16	90	27	11	8	53	1.65
77302815--77302850	18	2.0	18	88	0	54	47	0	2	50	1.15
77304803--77304844	18	2.3	18	84	8	50	28	7	2	61	1.35
77305562--77305745	61	3.0	60	71	13	153	41	13	5	39	1.68
77307980--77308017	18	2.1	18	85	9	51	55	2	18	23	1.55
77317481--77317519	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
77319006--77319109	50	2.1	50	100	0	208	31	19	11	37	1.87
77320755--77320799	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
77321713--77321747	14	2.4	15	90	4	54	62	2	2	31	1.24
77324396--77324439	23	1.9	23	86	9	63	27	4	22	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77326803--77326879	40	1.9	40	84	5	102	33	36	14	15	1.88
77329464--77329615	75	2.0	75	94	0	268	36	23	17	23	1.95
77329941--77330701	380	2.0	380	94	0	1333	32	22	13	30	1.93
77334769--77334793	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
77342348--77342552	101	2.0	101	98	0	392	38	18	6	36	1.78
77343768--77343826	30	2.0	30	96	0	109	30	42	3	23	1.71
77344146--77344206	21	2.9	21	85	4	79	13	14	4	67	1.39
77344376--77344505	22	5.5	23	65	22	65	34	4	2	58	1.31
77344441--77344510	25	2.8	26	76	6	72	35	5	1	57	1.32
77344533--77344591	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
77344549--77344597	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
77344751--77344798	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
77344751--77344802	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
77347536--77347594	30	2.0	30	90	6	93	20	40	0	38	1.53
77348252--77348277	10	2.6	10	100	0	52	30	19	11	38	1.87
77350513--77350543	7	4.4	7	91	0	53	41	45	0	12	1.42
77351136--77351234	30	3.3	30	94	0	180	26	50	6	17	1.69
77351716--77351925	23	8.5	25	67	14	78	33	6	3	56	1.42
77351721--77351847	48	2.6	48	74	8	114	36	5	3	55	1.39
77351863--77351902	21	1.9	21	84	0	53	32	2	5	60	1.32
77351992--77352047	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
77369990--77370032	8	5.4	8	85	0	50	51	6	2	39	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77370118--77370215	39	2.6	37	77	4	99	54	4	6	35	1.45
77370700--77370748	25	2.0	25	91	0	80	2	2	34	61	1.19
77375216--77375251	3	12.0	3	93	0	63	36	33	30	0	1.58
77378481--77378545	31	2.1	31	91	0	103	46	12	6	35	1.66
77378999--77379042	19	2.2	20	88	4	63	34	0	9	56	1.31
77379010--77379051	19	2.2	19	83	8	50	33	0	11	54	1.37
77379000--77379144	51	3.0	47	71	12	109	31	3	6	57	1.42
77380637--77380695	29	2.0	30	86	3	84	49	15	8	27	1.73
77391512--77391568	28	2.0	28	86	0	78	31	26	7	35	1.83
77396930--77396992	28	2.2	28	88	0	90	31	28	6	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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