genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  231  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67246891--67247019	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
67252517--67252552	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
67255412--67255455	20	2.3	19	80	4	52	43	0	2	54	1.12
67255730--67255787	29	2.0	29	83	6	73	34	13	6	44	1.71
67256334--67256380	19	2.3	21	82	17	64	63	10	0	25	1.26
67256999--67257094	50	1.9	50	82	0	120	45	10	0	43	1.38
67257104--67257147	21	2.0	23	86	8	65	56	2	0	40	1.11
67257088--67257152	31	2.2	31	83	10	82	52	1	0	46	1.10
67257242--67257299	26	2.3	25	80	14	66	31	32	6	29	1.84
67257706--67257755	20	2.5	20	96	0	82	38	0	4	58	1.17
67269481--67269538	30	1.9	30	89	0	89	29	5	8	56	1.51
67281321--67281345	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
67282907--67283034	46	2.8	46	91	1	195	41	11	24	22	1.87
67282959--67283086	61	2.1	61	95	1	229	41	10	24	23	1.86
67283010--67283050	15	2.7	15	88	3	55	41	12	26	19	1.87
67283021--67283379	46	7.8	46	85	2	427	42	13	23	20	1.88
67283061--67283132	21	3.2	21	66	27	58	37	12	25	25	1.91
67282918--67283142	107	2.1	107	93	0	378	40	12	24	22	1.89
67289206--67289257	19	2.7	20	85	5	63	28	17	5	48	1.70
67289575--67289736	83	2.0	82	87	1	234	27	33	17	20	1.95
67292841--67292926	39	2.2	39	95	2	156	38	20	15	25	1.92
67298796--67299010	45	4.8	44	68	16	138	30	19	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67298665--67299076	133	3.1	133	87	1	583	30	21	24	24	1.99
67299254--67299370	44	2.7	44	82	9	132	27	22	21	29	1.99
67302629--67302751	50	2.4	51	83	5	160	36	16	21	26	1.94
67302733--67302912	31	5.8	31	92	1	272	27	20	26	25	1.99
67302937--67303059	47	2.7	46	82	2	138	26	17	26	29	1.97
67303032--67303145	42	2.7	42	84	4	149	31	15	24	28	1.96
67304445--67304473	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
67306391--67306444	3	18.0	3	96	0	99	66	1	0	31	1.02
67307383--67307538	26	6.2	24	73	17	115	61	5	5	27	1.40
67307383--67307544	24	6.5	24	75	18	111	61	5	4	28	1.40
67307434--67307546	50	2.3	51	77	13	119	60	6	5	28	1.43
67307553--67308051	26	19.2	26	66	16	148	59	4	4	30	1.39
67318007--67318067	11	5.4	11	86	7	77	34	0	1	63	1.04
67320936--67321091	62	2.5	62	92	0	249	30	24	23	21	1.99
67321280--67321468	46	4.1	46	90	0	272	41	13	24	20	1.89
67323223--67323482	48	5.7	42	85	5	180	30	27	13	28	1.94
67323294--67323645	48	7.2	48	79	10	333	32	27	13	26	1.94
67323294--67323645	145	2.4	143	81	8	381	32	27	13	26	1.94
67327247--67327273	14	1.9	14	100	0	54	51	25	0	22	1.48
67327552--67327603	26	2.0	26	81	11	61	63	3	7	25	1.38
67328614--67328677	28	2.3	28	86	0	83	39	6	7	46	1.58
67329767--67329817	12	4.3	12	78	11	61	70	0	7	21	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67329906--67330052	3	49.3	3	72	4	109	58	5	6	29	1.45
67332421--67332460	21	1.9	21	84	0	53	57	0	7	35	1.27
67333158--67333187	14	2.2	14	94	5	53	40	6	13	40	1.71
67333770--67333824	22	2.7	21	83	8	60	50	1	0	47	1.11
67333779--67333852	22	3.7	21	68	26	61	52	2	1	43	1.23
67335296--67335363	34	2.0	34	88	5	102	27	0	27	44	1.55
67335506--67335558	22	2.4	22	77	0	61	45	0	13	41	1.43
67335543--67335575	15	2.2	15	94	0	57	36	0	15	48	1.45
67335511--67335733	67	3.3	67	73	13	249	41	0	12	45	1.45
67335562--67335765	34	6.0	34	67	18	104	39	0	14	45	1.48
67335464--67335763	135	2.2	135	98	0	575	40	1	14	44	1.52
67335641--67335693	22	2.4	22	77	0	61	45	0	13	41	1.43
67335678--67335710	15	2.2	15	94	0	57	36	0	15	48	1.45
67335746--67335793	22	2.2	22	84	0	60	41	2	14	41	1.57
67335770--67335958	57	3.4	57	73	8	183	34	1	17	46	1.58
67335620--67336195	109	5.5	105	78	12	458	36	2	18	42	1.64
67335850--67335903	22	2.5	22	87	0	81	38	0	14	46	1.45
67335889--67336090	98	2.1	98	85	6	266	33	4	20	41	1.73
67336058--67336108	22	2.3	21	86	6	66	41	1	19	37	1.63
67336152--67336237	30	3.0	28	80	14	72	37	3	13	45	1.61
67336252--67336622	126	2.9	126	88	0	526	41	16	15	25	1.88
67337569--67337880	46	7.0	46	85	7	385	22	22	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67337569--67337880	92	3.5	91	88	4	424	22	22	15	39	1.91
67337793--67337868	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
67340016--67340067	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
67347218--67347256	20	2.0	20	84	0	51	46	0	2	51	1.14
67348135--67348183	19	2.4	21	80	12	59	51	6	4	38	1.46
67348943--67348988	24	1.9	24	91	8	76	58	0	0	41	0.98
67349027--67349084	26	2.3	25	80	14	66	31	32	6	29	1.84
67352903--67353413	86	6.0	86	94	2	825	19	23	20	35	1.96
67352903--67353413	171	3.0	172	93	2	825	19	23	20	35	1.96
67368120--67368168	25	2.0	24	88	4	71	40	4	0	55	1.19
67368989--67369029	6	6.8	6	100	0	82	31	0	0	68	0.90
67370754--67370805	19	2.7	19	78	3	59	9	11	1	76	1.09
67370762--67370848	19	4.9	17	70	18	54	14	5	3	75	1.12
67370814--67370861	14	3.4	14	77	11	53	16	2	4	77	1.03
67370890--67371000	21	5.0	21	74	14	89	39	0	1	58	1.09
67370890--67370955	21	3.0	22	88	8	98	39	0	1	59	1.07
67370974--67371004	14	2.1	15	94	5	55	45	0	0	54	0.99
67371227--67371269	20	2.2	19	83	4	50	55	0	4	39	1.20
67371279--67371314	17	2.2	17	95	5	65	58	0	5	36	1.22
67371325--67371381	20	2.8	20	78	10	71	59	0	3	36	1.14
67371739--67371815	40	1.9	40	89	0	118	40	6	1	51	1.36
67372023--67372058	18	2.1	17	89	5	54	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67372113--67372151	17	2.2	17	90	9	60	53	5	2	38	1.37
67372160--67372198	21	1.9	20	89	5	60	66	2	0	30	1.05
67372190--67372233	21	2.0	24	86	13	67	56	0	0	43	0.99
67372262--67372315	14	4.0	13	81	11	56	79	3	0	16	0.87
67372274--67372315	13	3.3	12	81	18	50	83	2	0	14	0.75
67372276--67372315	18	2.2	18	86	8	55	82	2	0	15	0.77
67372289--67372363	29	2.6	29	78	2	87	77	2	4	16	1.03
67375083--67375143	21	2.9	21	80	4	70	44	26	4	24	1.74
67375263--67375320	26	2.2	26	84	9	73	39	34	3	22	1.71
67384427--67384454	13	2.2	13	100	0	56	7	14	0	78	0.95
67388963--67389003	20	2.0	21	85	4	57	14	2	36	46	1.58
67390439--67390473	16	2.2	16	95	5	63	62	0	0	37	0.95
67391829--67391877	21	2.3	22	82	6	57	38	2	2	57	1.22
67391855--67391907	24	2.1	24	86	10	70	50	0	0	49	1.00
67391895--67391957	19	3.3	19	80	8	74	38	0	6	55	1.25
67391892--67391958	20	3.4	20	79	8	75	38	0	5	55	1.25
67396042--67397064	207	5.0	206	86	3	1312	31	16	14	37	1.88
67402639--67402667	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
67402987--67403017	11	2.7	12	90	10	55	12	0	12	74	1.08
67405550--67405610	18	3.3	18	72	4	68	40	1	1	55	1.19
67405536--67405648	37	3.0	37	93	2	181	42	3	3	50	1.36
67407153--67407320	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67407148--67407320	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
67414151--67414322	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
67414156--67414322	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
67417416--67417468	23	2.3	23	83	0	61	13	22	9	54	1.67
67424089--67424555	131	3.6	129	74	6	300	27	21	18	32	1.96
67424090--67424508	131	3.2	132	76	9	313	27	21	18	32	1.97
67436092--67436450	44	8.2	44	91	0	511	28	14	29	27	1.95
67439015--67439433	131	3.2	132	76	8	309	26	21	19	32	1.97
67441345--67441406	26	2.4	26	83	2	72	32	17	11	38	1.85
67441562--67441595	12	2.8	12	86	0	50	14	23	0	61	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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