Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  4  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1051311--1051411
9
10.9
9
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1
0
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1.17
1051311--1051464
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10
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1
2
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1.24
1051433--1051474
19
2.2
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4
59
54
2
7
35
1.41
1052995--1053112
62
2.0
62
86
5
170
49
3
4
43
1.39
1055607--1055723
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1.9
61
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166
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1
41
1.31
1055739--1055772
18
1.9
17
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50
50
0
2
47
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1061546--1061911
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3.9
94
77
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347
27
19
30
23
1.98
1065695--1065729
16
2.1
17
89
5
54
57
5
0
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1.23
1066759--1066797
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2.2
18
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23
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1069429--1069487
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2.1
28
100
0
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25
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34
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2.0
15
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20
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2.3
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2.1
14
100
0
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2.1
22
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4
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19
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51
50
0
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2.0
168
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1
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14
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2.0
27
100
0
110
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3
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19
2.2
20
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4
54
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2
11
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24
2.0
24
100
0
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20
22
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1.9
210
89
2
608
29
16
20
34
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1104024--1104292
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1.9
138
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1
396
31
17
19
32
1.95
1103812--1104510
348
2.0
348
87
2
1012
30
17
19
33
1.94
1104160--1105042
210
4.2
210
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0
1336
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17
17
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1105410--1105674
144
1.8
144
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1
343
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23
19
30
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1109036--1109106
17
3.9
17
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1
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2.9
26
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2
0
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1.10
1108979--1109122
9
15.6
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13
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2
2
61
1.22
1113963--1114101
69
2.0
69
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26
12
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1124076--1124122
20
2.4
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10
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10
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5
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4
0
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1124081--1124125
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2.0
23
86
0
63
84
8
6
0
0.78
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9
12.3
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14
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4
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5
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3.5
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16
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0
10
4
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1124078--1124175
8
11.9
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72
14
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10
3
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1132341--1132383
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1.9
23
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70
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4
0
0.71
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2.0
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14
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84
10
6
0
0.79
1132365--1132454
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2.4
37
78
12
94
78
4
10
6
1.06
1132404--1132436
5
6.8
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93
6
59
84
0
15
0
0.61
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19
3.6
18
78
13
66
77
1
13
7
1.03
1136548--1136599
24
2.2
24
89
0
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53
3
3
38
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0
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0
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12
4.9
12
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0
91
59
0
40
0
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1141358--1141420
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2.6
24
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0
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0
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2.3
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0
41
0
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124
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2.0
77
97
0
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16
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2.0
21
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18
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13
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0
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29
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27
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1.85
1161543--1161604
26
2.4
26
88
0
106
29
8
27
35
1.85
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1.9
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16
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0
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18
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8
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55
2
2
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1.24
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2.2
29
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2.5
12
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0
51
33
36
16
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1.88
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2.3
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0
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32
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18
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1.81
1193309--1193417
31
3.6
30
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12
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0
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66
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0
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2
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0
0
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1.11
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3.0
11
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12
50
45
0
0
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0.99
1221534--1221709
46
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45
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10
194
20
20
30
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1221531--1221701
93
1.8
93
92
0
288
20
21
30
28
1.98
1224662--1224725
15
4.4
15
84
11
89
10
15
12
60
1.58
1227094--1227268
46
3.9
44
79
12
201
21
20
29
28
1.98
1229069--1229111
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2.5
17
77
7
52
55
0
0
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3
6
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0
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0
0
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0
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28
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10
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19
53
29
6
0
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1.19
1246580--1246669
10
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10
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12
73
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2
55
1.29
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2.1
20
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12
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2
0
48
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2.2
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0
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0
0
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1.9
20
84
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51
43
5
2
48
1.38
1262032--1262297
136
2.0
136
92
1
444
37
12
18
32
1.87
1263334--1263384
25
2.0
26
85
7
70
47
1
3
47
1.32
1280213--1280243
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
1280298--1280446
40
3.7
40
86
1
201
18
19
25
36
1.95
1283649--1283705
26
2.1
28
93
6
100
47
7
14
31
1.70
1284779--1284812
16
2.1
15
89
10
50
70
5
2
20
1.21
1284721--1284821
50
2.0
51
83
9
127
54
10
6
27
1.61
1285232--1285280
22
2.2
22
85
7
64
51
2
2
44
1.24
1285315--1285441
5
24.0
5
70
15
60
66
0
1
31
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1285308--1285477
12
14.0
12
71
19
104
66
1
1
31
1.07
1285366--1285474
18
5.7
19
71
23
79
65
0
0
33
1.05
1285312--1285478
78
2.2
75
82
10
214
65
1
1
31
1.08
1285465--1285503
21
2.0
21
85
10
55
46
2
2
48
1.29
1285510--1285566
29
2.0
29
92
0
96
66
0
0
33
0.92
1285727--1285786
30
2.0
30
83
6
77
55
6
13
25
1.62
1294106--1294168
23
2.7
25
73
26
66
49
3
1
46
1.27
1294206--1294247
21
2.0
21
90
9
68
26
2
23
47
1.64
1297727--1297905
33
5.4
33
73
12
107
26
24
17
31
1.97
1297778--1297938
35
4.8
33
74
6
126
27
25
16
30
1.97
1297744--1297939
101
1.9
101
93
0
338
27
25
17
30
1.97
1300811--1301037
33
6.8
32
68
11
127
25
24
16
32
1.96
1300910--1301070
35
4.8
33
69
6
99
27
23
16
32
1.96
1300811--1301074
101
2.6
100
84
5
329
26
24
16
32
1.96
1302629--1302669
21
1.9
21
85
5
55
26
9
12
51
1.70
1307757--1308099
46
7.4
46
92
1
499
20
24
14
40
1.89
1310747--1310789
21
2.0
21
90
0
68
41
4
23
30
1.74
1314174--1314285
24
4.7
24
86
0
143
35
29
14
20
1.92
1316581--1316649
20
3.3
20
70
9
66
20
13
27
39
1.89
1316898--1316995
49
2.0
49
100
0
196
42
8
22
26
1.81
1323112--1323171
30
2.0
30
93
0
102
38
6
25
30
1.81
1333080--1333139
30
2.1
28
90
6
93
28
10
10
51
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1341732--1341760
6
4.8
6
100
0
58
0
34
34
31
1.58
1341808--1341873
30
2.2
30
84
10
82
18
40
22
18
1.91
1343623--1343701
37
2.1
37
90
4
124
44
11
12
31
1.78
1347487--1347642
27
5.8
27
83
10
194
35
22
23
18
1.96
1347502--1347642
54
2.6
54
94
2
248
34
24
24
17
1.95
1349130--1349215
45
1.9
45
90
2
138
31
18
6
43
1.77
1349267--1349374
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
1350933--1351002
34
2.1
34
97
0
131
51
27
1
20
1.56
1350933--1350988
15
3.5
15
70
25
51
50
25
1
23
1.59
1351876--1351929
27
2.0
26
96
3
99
14
14
12
57
1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292