genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5722960--5723002	20	2.2	20	91	0	68	48	9	13	27	1.73
5723651--5723686	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
5727103--5727127	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
5727163--5727257	24	4.0	24	78	6	95	63	1	4	31	1.21
5727163--5727231	14	5.6	13	70	23	51	63	1	2	31	1.18
5727168--5727273	35	3.1	34	74	9	90	63	0	4	32	1.15
5727157--5727246	25	3.7	24	81	8	85	62	2	2	33	1.20
5727909--5727934	8	3.2	8	100	0	52	11	61	26	0	1.30
5729130--5729169	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
5737023--5737056	17	2.0	17	88	0	50	20	17	5	55	1.62
5739712--5739746	14	2.5	14	95	0	61	34	8	11	45	1.71
5744045--5744161	58	2.0	58	100	0	234	45	1	17	35	1.58
5747559--5747593	16	2.2	16	94	0	61	91	0	8	0	0.42
5747558--5747593	9	4.3	9	83	16	51	91	0	8	0	0.41
5747585--5747637	24	2.2	24	83	6	63	58	20	3	16	1.54
5752068--5752170	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
5760109--5760211	29	3.6	29	78	2	109	21	15	33	30	1.94
5764613--5764642	8	3.8	8	90	0	51	3	23	20	53	1.60
5775993--5776037	23	1.9	24	90	4	74	20	0	51	28	1.48
5781778--5781815	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
5782039--5782210	46	3.7	46	76	11	181	30	26	20	22	1.98
5789327--5789364	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5789620--5789755	46	2.9	49	79	13	167	30	27	19	22	1.98
5789619--5789752	47	2.9	47	81	10	168	30	27	19	22	1.98
5789630--5789771	46	3.1	45	74	18	132	28	28	19	23	1.98
5798651--5798686	19	1.9	18	88	5	54	75	2	19	2	1.06
5799030--5799071	21	1.9	23	90	9	70	45	2	9	42	1.49
5799346--5799371	5	5.2	5	100	0	52	42	0	19	38	1.51
5800273--5800306	17	1.9	18	88	5	52	26	0	29	44	1.55
5803709--5803740	16	2.1	16	88	11	50	37	6	6	50	1.53
5808225--5808305	41	2.0	41	97	0	153	34	12	6	46	1.66
5808228--5808295	20	3.3	20	68	11	66	35	14	5	44	1.70
5809927--5810018	40	2.3	40	88	7	134	26	30	17	26	1.97
5816139--5816257	23	5.1	23	87	2	175	27	21	22	28	1.99
5816139--5816257	47	2.6	46	87	2	184	27	21	22	28	1.99
5816316--5816372	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
5816304--5816374	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
5816309--5816363	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
5816411--5816458	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
5824415--5824534	23	5.2	23	89	2	186	26	22	22	28	1.99
5824415--5824534	47	2.6	46	90	2	195	26	22	22	28	1.99
5824593--5824649	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
5824581--5824651	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
5824586--5824640	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5824688--5824735	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
5831533--5831680	43	3.5	42	80	6	172	35	23	12	28	1.92
5834054--5834201	48	3.1	48	90	1	199	36	16	17	29	1.92
5835350--5835406	25	2.3	25	90	0	87	21	47	15	15	1.82
5837961--5838051	45	2.0	45	100	0	182	30	17	10	40	1.84
5841830--5842159	161	2.0	162	94	1	574	43	19	10	26	1.83
5843271--5843314	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
5845134--5845202	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
5854015--5854164	48	3.1	48	84	0	183	27	20	24	28	1.99
5856343--5856519	40	4.4	40	74	12	139	31	24	16	27	1.96
5858798--5858829	17	1.9	16	93	6	55	25	40	18	15	1.90
5862232--5862283	24	2.0	27	85	14	74	34	5	13	46	1.67
5870097--5870158	33	1.9	31	81	15	72	77	8	0	14	0.98
5871533--5871571	13	3.0	13	84	0	51	69	5	0	25	1.09
5871541--5871576	16	2.2	16	90	0	54	72	2	2	22	1.11
5871693--5871752	24	2.5	23	87	12	86	66	3	0	30	1.07
5871690--5871746	26	2.3	24	93	6	96	64	3	0	31	1.10
5878501--5878576	38	2.0	39	86	2	109	39	21	13	26	1.89
5879973--5880144	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
5879965--5880140	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
5882523--5882611	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
5882523--5882602	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5882534--5882611	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
5885563--5885734	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
5885555--5885730	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
5889273--5889304	14	2.3	14	94	0	55	40	9	6	43	1.62
5890736--5890780	19	2.3	20	80	3	56	22	44	0	33	1.53
5891543--5891670	19	6.9	19	91	7	219	36	10	14	37	1.82
5891551--5891670	37	3.3	37	92	4	199	36	11	14	37	1.82
5891543--5891670	54	2.3	55	95	2	231	36	10	14	37	1.82
5898752--5898850	52	1.9	52	100	0	198	38	13	22	26	1.90
5900769--5901426	44	14.9	44	77	10	576	30	15	26	27	1.96
5900769--5901426	176	3.7	176	81	8	655	30	15	26	27	1.96
5900769--5901294	220	2.4	219	90	3	797	29	16	26	27	1.97
5901479--5901834	134	2.6	134	86	1	462	32	17	21	27	1.96
5901490--5901698	46	4.6	47	71	13	125	33	18	22	25	1.97
5901821--5902020	45	4.5	46	84	6	250	32	15	28	24	1.95
5901840--5902006	89	1.9	89	89	2	264	29	14	29	26	1.95
5902370--5902436	19	3.9	19	69	28	69	37	10	16	35	1.83
5904097--5904137	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
5904442--5904493	17	3.1	17	77	8	52	30	3	1	63	1.23
5907233--5907285	3	17.7	3	100	0	106	0	32	0	67	0.91
5908011--5908043	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
5910135--5910170	19	2.0	17	89	10	54	0	11	0	88	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5910134--5910168	11	3.0	11	91	8	52	0	14	0	85	0.59
5910135--5910170	15	2.5	15	90	4	56	0	11	0	88	0.50
5910658--5910690	15	2.1	17	88	11	52	60	0	0	39	0.97
5918534--5918573	6	6.3	6	91	8	62	35	0	0	65	0.93
5918534--5918573	13	3.2	13	96	3	73	35	0	0	65	0.93
5919247--5919374	29	4.4	30	73	16	92	46	2	0	50	1.19
5924372--5924408	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
5925934--5925992	30	2.0	30	89	0	91	23	1	10	64	1.34
5927779--5927826	14	3.4	14	75	13	53	64	2	2	31	1.16
5928086--5928201	56	2.1	54	90	9	182	43	14	6	35	1.73
5932377--5932605	114	2.0	114	87	1	334	30	28	13	28	1.94
5933194--5933240	3	17.0	3	76	24	50	38	0	0	61	0.96
5933191--5933242	8	6.8	8	83	16	74	38	0	0	61	0.96
5933182--5933237	5	10.6	5	75	24	53	39	0	0	60	0.97
5933192--5933246	17	3.3	17	92	7	87	40	0	0	60	0.97
5937178--5937256	28	2.8	28	86	0	104	35	11	24	29	1.90
5942871--5942941	31	2.3	31	80	0	88	38	11	9	40	1.74
5943538--5943613	32	2.3	32	97	2	143	60	0	9	30	1.28
5946860--5946903	18	2.4	18	96	3	79	31	6	22	38	1.81
5951024--5951052	12	2.4	12	100	0	58	24	10	17	48	1.78
5954071--5954109	18	2.2	18	95	0	69	35	20	15	28	1.93
5959345--5959373	13	2.2	13	100	0	58	37	0	6	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5962194--5962229	2	18.0	2	88	0	54	47	0	5	47	1.25
5964963--5965005	21	2.0	23	86	9	63	55	2	6	34	1.39
5965038--5965097	11	5.2	11	75	16	50	60	3	3	33	1.30
5965031--5965107	25	3.0	25	75	11	75	58	3	2	35	1.30
5965277--5965325	26	1.9	25	84	12	64	55	2	6	36	1.37
5966991--5967167	68	2.6	65	82	5	185	37	16	16	28	1.91
5967536--5967712	70	2.5	70	95	0	309	29	21	16	32	1.96
5967738--5967872	72	1.9	72	90	0	216	29	22	16	31	1.96
5967580--5967967	161	2.4	161	91	2	604	32	21	17	28	1.96
5976792--5977079	71	3.9	72	82	10	375	31	20	17	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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