genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  85  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26077406--26077516	26	4.3	26	90	4	174	27	23	20	28	1.99
26077566--26077652	20	4.3	20	86	2	122	28	18	11	41	1.85
26077688--26077735	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
26078477--26078582	27	3.9	27	80	2	79	31	8	18	41	1.81
26078456--26078614	81	2.0	81	80	7	180	30	8	20	40	1.83
26078511--26078667	54	2.9	54	81	3	183	27	10	22	40	1.86
26078511--26078637	27	4.7	27	84	1	166	26	7	23	41	1.82
26078511--26078662	27	5.6	27	75	6	121	26	9	23	41	1.84
26078485--26078662	81	2.2	81	79	7	184	26	8	21	42	1.83
26078666--26078850	27	6.9	27	87	3	275	37	5	25	30	1.80
26078709--26078882	80	2.2	80	85	2	222	37	6	23	32	1.80
26081761--26081840	35	2.3	35	97	0	151	36	18	8	36	1.82
26090064--26090109	18	2.6	18	83	13	67	34	21	10	32	1.88
26090182--26090263	40	2.0	40	97	0	155	45	19	13	21	1.85
26092547--26092598	26	2.0	26	92	0	86	9	21	32	36	1.86
26095143--26095167	10	2.5	10	100	0	50	32	0	0	68	0.90
26099191--26099340	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
26099215--26099398	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
26100480--26100504	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26115329--26115378	25	2.0	25	96	0	91	16	22	10	52	1.73
26116695--26116746	27	1.9	27	84	0	68	28	21	21	28	1.98
26121085--26121125	20	2.0	20	95	0	73	41	19	2	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26121232--26121335	23	4.4	22	75	12	82	34	15	24	25	1.94
26129884--26130051	40	4.2	40	83	4	187	25	27	21	25	1.99
26129870--26130051	80	2.3	80	82	2	215	25	26	21	26	1.99
26137938--26138118	40	4.6	39	77	7	150	25	26	21	26	2.00
26137968--26138118	40	3.8	40	85	6	173	23	26	22	27	2.00
26140357--26140430	24	3.1	24	78	1	69	37	13	22	25	1.91
26142380--26142498	58	2.1	57	82	3	141	31	26	13	28	1.94
26142419--26142498	29	2.8	29	94	1	144	31	26	13	28	1.94
26142706--26142757	16	3.2	16	91	5	79	11	21	17	50	1.77
26149150--26149182	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
26160510--26160677	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
26160526--26160675	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
26170227--26170408	39	4.6	39	79	9	140	26	25	21	25	1.99
26170269--26170408	39	3.6	38	83	8	142	26	25	21	27	1.99
26178244--26178336	40	2.3	40	88	3	134	26	27	21	23	1.99
26178244--26178383	40	3.6	39	79	9	133	27	27	20	25	1.99
26181591--26181834	40	6.1	40	90	3	352	23	23	27	25	2.00
26183958--26184126	40	4.2	40	91	0	266	30	28	17	23	1.97
26188039--26188262	39	5.7	40	81	2	150	22	24	25	27	2.00
26188068--26188230	39	4.2	39	81	0	173	21	23	26	27	1.99
26188068--26188262	78	2.5	79	80	1	221	21	23	26	28	1.99
26194388--26194490	42	2.4	42	80	8	118	33	26	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26197211--26197249	18	2.2	18	100	0	78	33	25	12	28	1.93
26197736--26197835	51	2.0	51	82	7	123	36	24	16	24	1.94
26197797--26197880	43	2.0	43	85	0	114	29	29	16	23	1.96
26208766--26208790	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
26213261--26213458	71	2.8	70	91	3	285	33	17	28	20	1.95
26213295--26213458	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
26229463--26229613	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
26229500--26229629	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
26233375--26233525	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
26233412--26233541	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
26235141--26235242	52	2.0	52	94	0	177	21	18	29	30	1.97
26239410--26239488	39	2.1	39	90	2	124	32	32	15	18	1.92
26239773--26240077	27	11.3	27	88	1	441	24	17	20	37	1.93
26239783--26240139	27	13.2	27	87	4	418	26	16	19	38	1.92
26242028--26242088	21	2.9	21	78	9	63	16	39	26	18	1.91
26250166--26250244	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
26250116--26250467	49	7.3	49	92	3	554	29	30	8	30	1.87
26254106--26254225	40	3.0	40	90	3	179	22	20	26	30	1.99
26265086--26265128	19	2.3	19	84	12	61	18	4	11	65	1.42
26265927--26265964	19	2.0	19	100	0	76	52	26	5	15	1.64
26268201--26268372	48	3.6	49	81	4	172	27	17	26	28	1.98
26268338--26268546	42	4.8	42	75	10	161	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26271852--26272166	49	6.4	49	95	0	549	34	7	26	31	1.84
26274461--26274532	35	2.1	35	92	5	119	26	23	12	37	1.90
26279688--26279759	35	2.1	35	92	5	119	26	23	12	37	1.90
26287178--26287368	40	4.8	40	92	1	294	21	20	28	28	1.99
26295117--26295321	40	5.2	40	92	2	317	22	21	28	27	1.99
26295105--26295321	79	2.7	79	90	3	321	23	21	28	27	1.99
26300052--26300237	40	4.7	40	88	5	243	26	26	21	24	1.99
26306627--26306847	40	5.6	40	89	1	320	26	29	20	23	1.99
26313155--26313254	42	2.3	43	81	6	114	29	23	19	29	1.98
26318708--26318786	32	2.5	32	89	0	104	27	27	10	34	1.89
26319104--26319137	17	2.0	17	94	0	59	38	17	5	38	1.74
26331372--26331410	21	1.9	20	85	15	53	35	7	17	38	1.79
26336468--26336510	19	2.2	20	87	4	61	25	41	6	25	1.80
26336581--26336635	24	2.3	24	90	3	85	14	21	14	49	1.79
26338336--26338475	69	2.0	69	97	0	262	30	25	15	29	1.96
26343136--26343192	21	2.8	21	72	2	62	59	3	5	31	1.36
26344025--26344143	29	4.2	29	79	6	136	26	29	14	30	1.95
26344027--26344139	58	2.0	57	89	1	172	24	30	15	30	1.95
26344355--26344405	24	2.1	24	82	7	59	11	25	13	49	1.76
26346529--26346643	29	4.0	28	78	6	115	26	16	28	27	1.97
26346542--26346652	58	1.9	58	83	5	145	26	17	29	27	1.97
26351878--26351961	42	2.0	42	95	0	150	34	34	3	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26353197--26353236	21	2.0	20	90	5	62	30	0	22	47	1.52
26355371--26355588	40	5.5	40	90	2	307	25	23	27	23	2.00
26363389--26363565	40	4.5	40	85	4	218	24	24	26	24	2.00
26363389--26363565	79	2.2	79	84	5	216	24	24	26	24	2.00
26368574--26368612	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
26368630--26368679	18	2.8	18	84	0	64	16	28	0	56	1.41
26368605--26368684	24	3.3	24	80	0	97	13	26	0	60	1.34
26368691--26368779	42	2.1	42	91	4	144	14	22	5	57	1.58
26371207--26371241	10	3.5	10	88	0	52	40	22	22	14	1.90
26371204--26371251	20	2.4	20	71	0	51	33	18	27	20	1.96
26371233--26371281	20	2.5	20	77	16	57	30	14	36	18	1.90
26376570--26376732	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
26376570--26376763	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
26384446--26384602	37	4.2	38	82	10	189	22	19	33	24	1.97
26384463--26384637	37	4.6	39	80	8	110	22	21	33	22	1.97
26391854--26391991	40	3.5	40	92	2	233	21	22	29	26	1.99
26391854--26392015	40	4.1	40	88	7	188	21	22	29	27	1.99
26396106--26396330	124	1.8	124	84	1	308	30	10	24	35	1.89
26396325--26396454	40	3.2	40	83	4	156	23	25	28	23	1.99
26398020--26398074	21	2.5	22	79	8	58	21	38	27	12	1.90
26398799--26398911	56	2.0	56	92	0	190	41	15	7	34	1.77
26398804--26398895	29	3.2	29	62	11	73	43	14	8	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26398822--26398911	29	3.2	28	64	12	67	42	17	6	33	1.76
26410128--26410154	7	3.9	7	100	0	54	40	14	0	44	1.46
26418532--26418556	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
26428065--26428229	43	3.9	41	73	12	136	32	23	17	26	1.97
26432891--26432948	29	2.0	29	96	0	107	34	18	15	31	1.93
26450880--26450980	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
26458841--26458941	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
26460607--26460755	43	3.5	42	78	9	133	30	26	18	24	1.98
26466662--26467023	50	7.1	50	77	5	332	25	17	26	29	1.98
26466665--26466939	151	1.8	152	90	1	444	25	17	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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