genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  201  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60038466--60038522	30	1.9	30	85	7	80	21	31	28	19	1.97
60042614--60042785	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
60042607--60042782	46	3.8	46	78	12	198	30	29	19	20	1.97
60042658--60042801	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
60046227--60046270	22	2.0	22	83	16	56	59	0	0	40	0.98
60049339--60049455	55	2.1	55	90	1	189	43	11	2	41	1.55
60049468--60049505	17	2.4	16	82	8	51	31	0	7	60	1.25
60064659--60064957	153	1.9	153	82	7	365	23	25	16	34	1.95
60067331--60067363	12	2.8	12	90	4	50	60	0	0	39	0.97
60067525--60067558	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
60071099--60071164	31	2.1	31	85	0	87	48	16	6	28	1.70
60071599--60071632	5	6.6	5	89	3	50	76	0	0	23	0.79
60077476--60077584	36	3.0	37	91	2	175	42	4	22	30	1.74
60079770--60079809	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
60080561--60080594	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
60082551--60082588	17	2.2	17	86	9	51	31	10	2	55	1.48
60084135--60084184	21	2.4	21	89	0	73	14	22	28	36	1.92
60089434--60089663	115	2.0	113	88	5	338	38	10	15	35	1.81
60090440--60090483	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
60090559--60090589	8	3.9	8	100	0	62	25	0	0	74	0.82
60090981--60091031	20	2.7	19	76	8	50	25	15	3	54	1.58
60092828--60092872	15	2.9	15	86	3	63	84	2	8	4	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60092820--60092875	24	2.3	23	85	11	76	82	1	7	8	0.92
60093500--60093558	25	2.3	26	85	5	77	37	5	1	55	1.32
60093824--60093862	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
60098590--60099006	159	2.6	159	90	2	633	27	16	21	34	1.95
60098894--60099268	73	4.9	73	77	11	326	27	16	23	32	1.96
60098735--60099268	234	2.3	229	82	6	617	26	16	22	33	1.96
60098967--60099629	159	4.0	162	81	11	681	27	15	20	35	1.94
60099021--60099195	86	2.0	87	86	3	246	26	16	21	36	1.94
60099267--60099431	74	2.2	73	86	4	233	29	13	18	37	1.90
60099432--60099598	81	2.1	79	86	2	226	29	17	19	33	1.95
60099619--60099789	89	1.9	90	86	1	245	30	17	18	33	1.94
60102379--60102431	22	2.5	21	79	17	56	33	5	9	50	1.58
60104082--60104183	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
60106074--60106157	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
60111774--60111857	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
60113336--60113387	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
60114534--60114595	30	2.1	30	85	11	83	43	29	9	17	1.81
60114729--60114932	78	2.6	77	83	6	257	31	19	18	30	1.96
60114729--60115197	75	5.8	80	76	12	329	32	18	17	30	1.95
60114575--60115298	252	3.0	240	80	9	688	33	18	17	29	1.94
60114854--60115027	95	1.8	95	85	2	242	31	18	20	28	1.97
60114575--60115197	252	2.6	242	82	7	719	34	18	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60114949--60115301	77	4.7	75	88	3	453	32	18	17	31	1.94
60114949--60115301	149	2.4	148	86	3	458	32	18	17	31	1.94
60115255--60115350	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
60115423--60115528	54	1.9	55	86	5	153	39	19	14	26	1.90
60115386--60116120	140	5.5	128	90	6	972	37	20	16	25	1.93
60115550--60115655	54	1.9	55	86	5	153	38	17	15	28	1.90
60115677--60115782	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
60115957--60116062	54	1.9	54	80	12	119	39	17	14	28	1.89
60116053--60116218	72	2.3	71	88	4	244	41	20	15	22	1.89
60116093--60116340	122	2.0	125	88	3	369	39	22	14	24	1.91
60116218--60116393	72	2.5	70	84	4	203	33	23	14	28	1.94
60124680--60124715	12	3.0	12	87	0	54	44	5	22	27	1.75
60126347--60126448	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
60138495--60138822	87	3.8	87	89	1	482	26	19	18	35	1.95
60139879--60139919	16	2.6	16	96	0	73	17	48	19	14	1.81
60140644--60140720	31	2.5	31	95	0	136	24	14	6	54	1.63
60140766--60140810	21	2.1	21	88	8	65	24	2	2	71	1.09
60141185--60141227	21	2.0	21	86	0	59	37	9	6	46	1.63
60141903--60141986	26	3.2	25	91	6	132	33	4	26	35	1.77
60143449--60143500	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
60147658--60147740	26	3.2	25	94	3	139	33	4	25	36	1.77
60149216--60149267	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60150378--60150415	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
60150835--60150880	22	2.2	22	88	7	69	32	4	8	54	1.51
60152452--60152520	29	2.4	29	78	7	77	39	5	13	42	1.68
60154638--60154696	2	29.5	2	89	0	91	47	3	1	47	1.29
60155414--60155445	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
60157725--60157767	12	3.5	12	79	17	52	48	0	0	51	1.00
60157898--60157941	23	2.0	22	81	4	52	38	0	2	59	1.10
60159168--60159200	11	3.1	11	91	4	50	9	0	0	90	0.44
60159168--60159202	18	1.9	18	100	0	70	11	0	0	88	0.51
60164600--60164705	35	3.0	35	94	0	185	16	49	11	22	1.78
60165105--60165179	32	2.4	31	81	16	91	64	18	5	12	1.46
60165107--60165179	33	2.2	33	83	11	89	64	19	4	12	1.43
60165143--60165178	14	2.5	15	95	4	65	63	13	5	16	1.47
60165437--60165486	11	4.5	11	82	9	57	0	56	0	44	0.99
60166001--60166055	2	29.0	2	78	10	53	40	0	7	52	1.29
60166217--60166255	2	19.5	2	89	0	60	46	2	2	48	1.29
60178294--60178882	70	8.2	70	91	5	944	33	16	19	30	1.94
60178488--60178860	77	5.0	77	92	4	585	32	15	19	32	1.93
60178294--60178882	147	4.1	140	91	4	944	33	16	19	30	1.94
60178294--60178882	217	2.7	217	96	2	1066	33	16	19	30	1.94
60178314--60178983	147	4.7	142	83	11	659	31	16	20	31	1.95
60178933--60179087	54	3.0	52	81	11	194	29	16	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60179793--60179897	35	3.0	35	94	1	185	16	49	11	22	1.77
60180297--60180370	32	2.4	30	82	12	96	62	18	6	12	1.51
60180335--60180367	13	2.4	14	95	5	59	60	15	6	18	1.54
60180629--60180678	11	4.5	11	82	9	57	0	56	0	44	0.99
60181196--60181249	24	2.3	23	90	6	90	38	0	7	53	1.29
60181193--60181249	2	30.0	2	79	10	57	40	0	7	52	1.28
60187504--60187559	19	2.6	21	70	18	53	46	1	5	46	1.36
60203347--60203373	13	2.1	13	100	0	54	22	33	22	22	1.97
60206960--60206997	8	4.8	8	83	9	51	39	0	2	57	1.12
60206935--60206973	20	2.0	19	85	5	51	20	7	0	71	1.10
60210043--60210073	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
60210680--60210752	27	2.7	27	84	0	92	31	31	16	20	1.95
60212225--60212280	29	2.0	29	82	10	71	46	3	1	48	1.30
60212497--60212558	29	2.1	29	85	5	81	20	24	4	50	1.68
60213494--60213533	17	2.4	17	83	8	55	67	2	0	30	1.04
60213946--60213984	18	2.1	18	86	13	53	61	7	0	30	1.24
60215128--60215173	4	11.2	4	86	4	56	0	19	2	78	0.86
60215863--60216091	104	2.2	104	80	2	280	38	10	22	27	1.88
60218780--60218816	10	3.9	10	86	10	51	75	0	2	21	0.92
60218780--60218816	18	2.0	20	89	10	60	75	0	2	21	0.92
60224325--60224384	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
60224440--60224514	2	38.5	2	74	15	59	54	1	4	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60224369--60224589	23	9.6	24	74	12	124	54	4	5	35	1.43
60225073--60225126	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
60225068--60225166	30	3.3	30	91	0	171	18	6	49	26	1.70
60225817--60226113	87	3.4	86	81	7	314	36	18	15	29	1.92
60226043--60226670	77	8.3	76	80	11	639	34	19	16	29	1.94
60226052--60226670	151	4.1	150	81	10	670	33	20	16	29	1.94
60226054--60226668	229	2.7	222	83	8	681	33	20	16	29	1.95
60225989--60226754	151	4.9	154	77	12	549	34	19	16	29	1.93
60226511--60226648	71	1.9	71	91	0	222	31	18	15	33	1.93
60226385--60226734	155	2.2	155	82	7	379	34	18	16	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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