genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  219  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64329670--64329760	27	3.4	26	87	4	128	27	23	7	41	1.81
64329645--64329780	53	2.6	52	73	11	132	30	23	9	36	1.87
64329792--64329890	27	3.7	27	79	4	119	38	23	10	28	1.87
64329893--64329978	27	3.1	27	77	14	95	38	13	9	38	1.78
64330907--64331025	25	4.8	25	93	2	186	24	25	23	26	2.00
64330907--64331050	50	2.9	50	85	6	141	26	24	22	26	2.00
64330907--64331050	75	1.9	75	80	8	168	26	24	22	26	2.00
64331173--64331266	42	2.2	42	98	0	179	30	14	20	34	1.93
64331288--64331371	31	2.7	31	92	1	143	26	17	27	28	1.98
64337810--64337848	16	2.4	16	86	0	51	35	20	12	30	1.90
64338744--64338769	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
64338793--64339208	41	10.1	41	89	3	588	35	19	23	21	1.96
64338793--64339208	165	2.5	165	87	4	610	35	19	23	21	1.96
64339282--64339325	21	2.0	22	91	4	72	18	0	38	43	1.50
64339314--64339353	7	5.9	7	94	5	73	15	0	55	30	1.41
64339313--64339353	13	3.1	13	96	3	73	17	0	53	29	1.44
64339575--64339618	21	2.1	21	91	0	70	29	2	34	34	1.70
64342875--64343243	183	2.0	183	97	0	693	27	15	14	42	1.86
64343444--64343472	15	1.9	15	100	0	58	20	6	24	48	1.74
64343734--64344286	275	2.0	274	98	0	1061	35	12	11	39	1.80
64344214--64344376	71	2.3	70	93	4	274	28	6	4	60	1.40
64344504--64344533	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64344638--64344931	9	31.6	9	72	13	114	47	12	1	39	1.48
64344672--64344911	17	13.4	17	69	13	108	47	11	1	40	1.47
64344611--64344818	96	2.1	96	80	5	231	48	12	1	38	1.49
64344688--64344931	114	2.2	113	98	1	472	46	12	0	40	1.47
64344789--64344870	43	1.9	43	92	0	137	46	13	0	40	1.43
64350536--64350566	15	2.0	16	93	6	55	32	16	51	0	1.44
64350845--64350910	30	2.2	31	83	2	80	18	4	18	59	1.55
64350989--64351119	43	3.0	43	94	2	217	22	33	18	25	1.97
64355612--64356100	258	1.9	258	95	0	888	40	18	14	26	1.89
64357964--64357993	15	2.0	15	100	0	60	53	6	13	26	1.64
64358948--64358984	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
64365577--64365601	11	2.3	11	100	0	50	20	0	0	80	0.72
64365592--64365633	17	2.5	17	96	0	75	23	4	7	64	1.38
64369243--64369278	18	2.1	17	89	5	54	69	0	0	30	0.89
64370156--64370296	41	3.3	43	77	11	137	24	17	28	29	1.97
64370155--64370318	84	1.9	86	81	9	203	22	17	29	30	1.97
64371181--64371294	36	3.1	36	91	2	183	26	29	20	23	1.99
64371432--64371570	48	2.9	48	97	0	260	30	29	6	33	1.83
64373178--64373265	44	2.0	44	100	0	176	47	13	15	22	1.81
64374767--64374800	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
64381976--64382054	19	4.2	19	90	9	126	39	10	15	35	1.81
64381966--64382053	36	2.4	35	82	17	117	39	10	14	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64387143--64387187	13	3.4	13	84	6	63	82	0	17	0	0.68
64387143--64387188	21	2.2	21	88	7	67	82	0	17	0	0.67
64387143--64387188	7	6.7	7	80	14	51	82	0	17	0	0.67
64388191--64388822	44	14.4	44	71	14	394	29	15	26	28	1.96
64388174--64388822	176	3.7	176	90	1	962	29	15	26	28	1.96
64388795--64388947	46	3.4	44	67	15	116	30	15	26	28	1.96
64389017--64389213	45	4.4	45	81	2	200	33	15	25	25	1.95
64389555--64389623	19	3.7	19	92	7	124	37	11	14	36	1.83
64389545--64389622	36	2.2	35	84	15	106	37	11	14	37	1.82
64396074--64396102	7	4.1	7	100	0	58	55	0	0	44	0.99
64399724--64399765	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
64402281--64402396	50	2.3	52	86	5	157	34	16	12	37	1.86
64402268--64402401	50	2.7	49	79	10	137	35	15	11	38	1.83
64408066--64408121	13	4.2	13	74	17	53	46	10	1	41	1.49
64409866--64409918	20	2.7	20	79	2	63	28	1	3	66	1.20
64418944--64419097	42	3.7	42	84	6	195	31	14	22	30	1.94
64422016--64422085	27	2.6	27	86	2	97	22	20	21	35	1.96
64422021--64422107	27	3.2	27	83	0	93	20	20	20	37	1.94
64424047--64424086	8	5.0	8	82	11	55	60	0	0	40	0.97
64424978--64425124	44	3.2	43	68	16	116	21	17	23	36	1.94
64424992--64425141	44	3.3	44	66	15	115	18	17	24	40	1.91
64424981--64425174	93	2.1	93	89	3	293	21	17	22	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64428676--64428706	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
64428910--64428943	11	3.0	12	87	12	54	67	0	0	32	0.91
64432110--64432332	47	4.8	46	73	14	138	28	17	30	24	1.97
64432065--64432326	140	1.9	140	83	3	339	29	17	29	24	1.97
64435262--64435305	21	2.1	21	87	8	63	65	0	0	34	0.93
64437387--64437440	21	2.6	21	76	5	56	29	27	25	16	1.97
64438818--64439103	3	94.7	3	74	15	182	33	5	1	59	1.30
64438822--64438914	14	6.6	14	73	16	59	36	4	1	58	1.25
64439107--64439139	17	1.9	17	88	11	50	15	3	3	78	0.99
64441168--64441219	15	3.3	15	82	12	52	48	13	13	25	1.79
64442224--64442333	26	4.2	26	95	0	175	34	5	23	36	1.78
64449796--64449915	60	2.0	62	88	6	183	15	18	14	52	1.75
64451960--64452135	46	3.8	46	73	10	169	19	20	30	28	1.97
64451956--64452128	93	1.9	93	92	0	292	20	20	31	27	1.98
64458000--64458070	35	2.1	34	91	2	115	36	9	22	30	1.87
64467384--64467442	10	6.0	10	88	7	77	67	0	8	23	1.17
64468096--64468275	94	1.9	96	90	2	292	30	26	16	27	1.97
64469062--64469128	10	7.7	9	73	21	54	77	0	1	20	0.85
64469065--64469122	21	2.7	20	85	15	64	77	0	1	20	0.86
64469069--64469129	5	12.4	5	83	13	74	78	0	1	19	0.83
64469058--64469129	26	2.8	26	76	16	53	77	0	1	20	0.84
64471281--64471358	38	2.1	38	97	0	147	21	24	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64471927--64471960	12	2.8	12	95	0	59	64	0	5	29	1.17
64472872--64472931	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
64481241--64481273	17	1.9	17	100	0	66	57	12	12	18	1.64
64486078--64486262	79	2.3	80	82	9	218	23	27	24	24	2.00
64486071--64486262	40	4.8	39	75	11	156	22	28	23	25	2.00
64489661--64489689	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
64490597--64491779	591	2.0	591	99	0	2339	37	16	16	28	1.91
64493145--64493201	25	2.3	25	84	6	71	29	19	24	26	1.98
64493184--64493296	23	4.7	23	78	11	86	31	18	24	24	1.97
64493206--64493296	24	3.8	24	80	15	91	31	18	25	24	1.97
64495843--64495918	34	2.2	34	83	4	100	32	21	22	23	1.98
64496341--64496375	18	1.9	18	88	11	54	20	42	25	11	1.85
64504263--64504348	43	2.0	43	82	13	106	24	18	29	27	1.98
64511325--64511373	6	8.0	6	86	4	71	79	2	2	16	0.92
64521142--64521181	18	2.2	18	100	0	80	25	17	5	52	1.64
64533312--64533394	41	2.0	41	92	0	139	31	16	28	22	1.96
64534120--64534164	23	1.9	23	82	13	56	31	0	28	40	1.57
64535677--64535992	49	6.7	45	78	11	271	21	29	20	28	1.98
64535726--64535991	95	2.8	94	80	10	294	22	28	20	28	1.98
64542904--64542928	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
64544898--64545121	44	5.1	44	83	3	263	33	20	18	27	1.96
64548066--64548113	20	2.4	20	89	0	78	14	35	33	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64548595--64548631	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
64548728--64548883	48	3.1	48	76	16	179	41	22	1	34	1.65
64550099--64550146	19	2.6	18	83	9	53	2	27	2	68	1.11
64550329--64550387	3	20.0	3	89	10	95	66	0	1	32	1.02
64550383--64550410	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
64551538--64551580	19	2.3	19	83	0	59	11	9	2	76	1.10
64551602--64551644	13	3.2	13	86	3	50	18	0	4	76	0.95
64551598--64551631	9	3.8	9	85	14	52	17	0	2	79	0.86
64551648--64551714	22	3.0	23	79	14	68	41	0	4	53	1.21
64551664--64551817	36	4.5	32	85	11	139	41	0	1	55	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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