Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  214  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62991508--62991571
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0
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0
0
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79
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0
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0
0
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1.00
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100
0
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0
0
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1.00
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100
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0
0
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2.0
23
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3.5
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26
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4.0
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2
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28
27
19
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1.98
63015747--63015945
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2.0
100
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0
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2
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5
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3.5
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2
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1.40
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2
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2.0
45
100
0
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0
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2.0
154
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0
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4.1
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2.1
44
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8
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33
25
20
20
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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11
2
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1.29
63044448--63044507
14
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13
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12
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10
1
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1.17
63046705--63047057
4
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4
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2
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28
1.79
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1.9
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0
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20
5.0
20
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63
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2.5
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22
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1.9
18
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1.9
21
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37
20
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35
1.81
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5
57
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4.2
39
81
10
180
27
11
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56
1.54
63065573--63065728
78
1.9
82
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212
26
10
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57
1.52
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4.2
25
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4
137
36
5
22
34
1.78
63068028--63068080
26
2.0
26
85
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72
37
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1.92
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2.1
25
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1.30
63083405--63083467
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2.1
30
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2.3
18
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8
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47
0
4
47
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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19
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19
2.2
19
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0
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1.72
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20
2.2
21
92
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85
47
19
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32
1.50
63121050--63121102
11
5.1
11
86
11
76
49
16
0
33
1.47
63121054--63121102
5
9.2
6
81
18
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48
16
0
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1.46
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14
2.1
15
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5
55
61
0
6
32
1.21
63121088--63121138
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1.09
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12
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1.89
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118
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6
2
0.67
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20
2.1
20
86
9
57
52
0
15
32
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
63165147--63165186
13
2.9
14
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11
55
27
0
12
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1.33
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25
2.0
25
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66
46
0
0
54
1.00
63166480--63166554
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82
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91
52
0
1
46
1.09
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2.0
47
93
0
161
36
8
24
30
1.85
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17
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17
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65
0
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31
1.06
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11
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11
80
0
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19
14
9
56
1.66
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32
2.1
30
86
11
87
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3
13
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1.48
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1.9
31
82
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55
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3
32
1.46
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1.9
33
83
6
83
50
1
7
39
1.41
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15
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0
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5
0
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18
58
3
3
23
69
1.20
63179983--63180044
30
2.1
30
90
6
99
41
29
9
19
1.83
63180026--63180842
72
10.5
78
77
12
354
33
19
17
29
1.95
63180188--63180873
72
8.9
76
80
11
643
32
19
17
30
1.95
63179816--63180642
249
3.4
243
84
7
998
35
19
17
27
1.94
63180851--63180947
49
1.9
50
85
8
135
34
20
17
27
1.95
63180901--63181125
72
3.0
72
84
10
292
33
18
16
30
1.94
63180699--63181096
202
2.0
201
97
0
751
33
18
17
31
1.94
63181089--63181194
54
1.9
54
85
9
144
37
18
15
28
1.91
63181185--63181350
72
2.3
71
88
4
244
41
21
15
22
1.89
63181350--63181612
70
3.7
71
83
5
347
38
22
14
25
1.91
63181350--63181612
141
1.9
140
89
2
411
38
22
14
25
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
63186808--63186843
12
3.0
12
95
0
63
41
5
25
27
1.77
63188496--63188597
37
2.6
38
75
20
95
57
4
4
32
1.41
63188641--63188678
20
1.9
20
84
10
51
60
5
5
28
1.40
63188768--63188830
33
1.9
33
83
6
83
50
1
7
39
1.41
63189041--63189076
10
3.5
10
85
7
54
86
5
8
0
0.72
63189378--63189412
15
2.3
15
95
0
61
5
0
31
62
1.18
63189408--63189440
15
2.3
14
94
5
57
0
9
0
90
0.44
63190693--63190756
22
2.9
21
77
11
65
42
0
1
56
1.09
63190817--63190848
15
2.1
15
94
0
55
46
3
0
50
1.17
63194351--63194407
2
28.5
2
100
0
114
50
0
0
49
1.00
63197683--63197713
16
1.9
16
93
0
53
70
3
0
25
1.02
63197697--63197799
27
3.8
28
82
8
99
63
0
6
29
1.27
63197697--63198027
26
12.3
27
71
15
181
60
3
5
30
1.35
63197758--63197820
23
2.5
24
83
14
83
66
0
1
31
1.01
63197857--63197969
59
1.9
59
83
3
147
61
3
6
28
1.36
63199275--63199308
14
2.3
15
90
5
52
11
2
14
70
1.27
63199540--63199635
50
1.9
51
85
10
135
28
15
16
39
1.89
63199502--63199721
44
4.8
45
72
10
124
30
19
15
35
1.92
63199749--63200142
96
4.2
92
70
13
220
28
19
20
31
1.97
63199831--63200052
89
2.5
90
76
3
225
27
21
22
29
1.99
63199797--63200191
45
8.7
45
71
12
171
27
20
20
31
1.97
63204033--63204080
4
10.0
5
85
14
50
0
20
0
79
0.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
63204033--63204081
16
3.0
16
78
21
57
0
20
0
79
0.73
63210755--63210821
22
2.8
24
70
21
59
58
7
2
31
1.41
63210724--63211555
26
33.7
25
66
19
147
59
4
4
31
1.36
63210797--63210885
42
2.1
44
85
12
123
61
4
5
28
1.38
63210856--63211185
29
11.9
28
66
21
108
59
3
4
31
1.36
63210865--63210938
27
2.7
26
85
8
85
64
2
5
27
1.28
63210900--63210986
25
3.5
24
76
14
63
64
3
1
31
1.17
63210724--63211566
199
4.3
197
90
4
1274
59
4
4
31
1.36
63211096--63211163
25
2.8
24
77
14
75
67
1
1
29
1.08
63211066--63211163
27
3.7
26
79
12
103
65
1
4
29
1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292