genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  71  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21600124--21600544	27	15.6	27	82	5	260	38	21	7	33	1.82
21600298--21600655	54	6.6	54	76	7	269	40	20	7	31	1.81
21600312--21600547	81	2.9	80	90	3	348	42	21	6	29	1.77
21600312--21600547	27	8.8	27	81	5	273	42	21	6	29	1.77
21600582--21600633	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
21600687--21600774	27	3.3	27	88	3	115	36	20	25	18	1.95
21601578--21601749	25	6.8	26	85	4	219	29	22	20	27	1.98
21601578--21601749	51	3.4	52	91	5	264	29	22	20	27	1.98
21601894--21601985	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
21602009--21602087	31	2.5	31	93	0	140	30	18	24	26	1.98
21604577--21604615	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
21605478--21605541	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
21605734--21605852	24	5.0	24	89	9	172	29	21	20	28	1.98
21605755--21605851	47	2.1	47	94	3	169	29	20	19	29	1.97
21605909--21605965	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
21605905--21605967	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
21606004--21606051	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
21609867--21609937	37	1.9	36	81	13	83	35	2	19	42	1.66
21613323--21613364	22	1.9	22	95	0	75	14	21	21	42	1.88
21615954--21616023	30	2.3	30	85	0	95	22	30	15	31	1.95
21616017--21616080	29	2.1	31	85	5	87	15	23	10	50	1.76
21616191--21616263	31	2.4	31	81	9	78	20	23	13	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21616993--21617023	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21629512--21629764	27	9.4	27	76	13	161	11	32	27	29	1.91
21629512--21629584	33	2.2	33	90	0	110	10	31	28	28	1.91
21629545--21629738	24	7.7	24	74	10	154	10	31	27	30	1.91
21629570--21629735	51	3.2	51	81	8	192	10	33	27	29	1.89
21629644--21629764	30	4.3	30	78	16	143	9	31	28	29	1.89
21629688--21629769	24	3.2	24	73	21	67	14	29	26	29	1.95
21629711--21629782	30	2.4	30	85	0	90	19	27	25	27	1.99
21651408--21651481	28	2.6	28	89	4	105	29	14	24	31	1.95
21662880--21662977	49	2.0	49	97	0	187	38	25	10	25	1.87
21665975--21666162	94	2.0	94	100	0	376	40	17	15	26	1.89
21666908--21666946	19	2.1	19	100	0	78	20	20	15	43	1.88
21679092--21679298	29	7.1	29	76	1	117	26	12	21	40	1.88
21680550--21680586	18	2.1	18	100	0	74	56	5	0	37	1.22
21682301--21682403	35	2.9	35	79	0	125	24	9	22	43	1.83
21682299--21682484	70	2.6	71	80	6	175	29	9	19	41	1.83
21684767--21684808	20	2.2	20	84	12	54	19	7	4	69	1.31
21684805--21684854	26	1.9	26	83	0	64	30	2	4	64	1.23
21690085--21690124	20	2.0	20	90	0	62	20	20	15	45	1.86
21697884--21697931	20	2.3	20	78	3	51	25	8	2	64	1.32
21699679--21699846	40	4.2	40	78	4	160	22	26	23	26	2.00
21699695--21699844	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21709936--21710189	40	6.4	40	89	5	349	25	27	22	24	1.99
21713439--21713471	16	2.0	17	94	5	59	18	3	12	66	1.36
21714424--21714487	28	2.3	27	80	17	69	31	4	28	35	1.78
21714431--21714487	28	2.0	28	83	12	73	33	5	28	33	1.79
21716546--21716625	25	3.3	24	67	18	67	31	31	3	33	1.76
21716543--21716847	49	6.3	49	94	2	501	30	29	7	32	1.85
21723840--21723970	54	2.4	54	88	0	190	29	19	8	42	1.80
21723840--21723970	27	4.9	27	86	0	172	29	19	8	42	1.80
21723948--21724276	27	12.1	27	73	12	156	40	19	9	30	1.83
21723874--21723998	54	2.3	54	83	0	151	32	17	8	40	1.80
21723848--21723996	81	1.8	81	80	0	181	32	16	8	42	1.79
21723948--21724299	54	6.5	54	73	7	219	40	19	9	30	1.83
21723948--21724220	81	3.4	80	80	7	284	41	20	8	29	1.82
21724233--21724284	27	1.9	27	92	7	88	40	11	13	34	1.81
21724338--21724429	27	3.4	27	85	8	116	35	20	25	18	1.95
21725230--21725352	52	2.4	51	95	2	221	26	22	23	27	2.00
21725230--21725352	26	4.8	26	90	1	187	26	22	23	27	2.00
21725497--21725588	42	2.2	42	90	0	139	29	13	21	35	1.91
21725612--21725690	31	2.5	31	93	0	131	30	17	24	27	1.97
21727588--21727651	28	2.3	27	80	17	69	31	4	28	35	1.78
21727595--21727651	28	2.0	28	83	12	73	33	5	28	33	1.79
21728112--21728277	43	3.9	43	77	9	144	27	21	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21728105--21728285	85	2.1	85	80	7	197	27	20	23	27	1.99
21730767--21730837	30	2.4	29	80	13	76	42	0	2	54	1.14
21734391--21734442	18	2.9	18	91	0	86	34	11	13	40	1.81
21734867--21735130	72	3.7	72	88	2	372	26	4	13	55	1.58
21736874--21736917	19	2.3	19	80	7	54	47	2	0	50	1.13
21737951--21738103	42	3.6	42	97	0	279	16	32	25	25	1.97
21738447--21738570	43	2.9	43	91	2	189	31	32	23	12	1.92
21741353--21741389	18	2.1	18	94	0	65	35	5	18	40	1.74
21745608--21745697	40	2.2	41	90	7	148	64	12	5	17	1.45
21748350--21748643	108	2.7	108	86	2	419	30	23	19	26	1.98
21749779--21749805	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
21765141--21765241	40	2.5	40	81	0	121	34	20	31	12	1.91
21765141--21765237	20	4.8	20	71	0	86	32	20	32	13	1.91
21765176--21765262	40	2.2	40	85	0	111	33	19	31	16	1.94
21765999--21766036	20	1.9	20	88	0	58	23	7	2	65	1.32
21768139--21768206	21	3.3	21	72	4	66	27	20	33	17	1.95
21768136--21768241	41	2.6	41	89	1	160	32	20	29	17	1.96
21770389--21770458	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
21777892--21777934	19	2.4	17	88	7	59	46	0	2	51	1.13
21778267--21778309	6	7.5	6	92	2	54	46	0	4	48	1.22
21778917--21778971	25	2.2	25	90	6	85	52	0	1	45	1.11
21780256--21780316	25	2.5	24	81	7	68	60	0	1	37	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21780249--21780307	24	2.5	25	83	10	79	59	0	3	37	1.14
21783025--21783057	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
21789795--21789842	21	2.2	21	78	10	53	47	2	12	37	1.53
21790874--21791017	40	3.6	40	92	3	229	24	27	23	24	2.00
21790851--21791017	40	4.2	40	89	5	225	24	26	23	25	2.00
21793503--21794210	123	5.8	123	98	0	1344	29	10	25	34	1.89
21794179--21794394	40	5.4	40	87	2	272	26	20	25	27	1.99
21794179--21794422	40	6.1	39	81	8	221	25	20	25	28	1.99
21794190--21794422	80	2.9	79	81	9	276	25	20	25	28	1.99
21794181--21794419	120	2.0	119	82	8	288	25	19	25	28	1.99
21801515--21802222	123	5.8	123	98	0	1344	29	10	25	34	1.89
21802191--21802406	40	5.4	40	87	2	272	26	20	25	27	1.99
21802191--21802434	40	6.1	39	81	8	221	25	20	25	28	1.99
21802202--21802434	80	2.9	79	81	9	276	25	20	25	28	1.99
21802193--21802431	120	2.0	119	82	8	288	25	19	25	28	1.99
21804494--21805182	123	5.6	123	96	0	1263	29	10	25	34	1.90
21805151--21805394	40	6.1	40	86	3	287	24	21	26	27	1.99
21811631--21811755	23	5.3	23	83	10	137	32	20	22	24	1.97
21811653--21811755	24	4.5	22	83	12	127	34	17	22	25	1.95
21813235--21813496	48	5.5	48	74	11	202	26	30	18	25	1.98
21813383--21813496	46	2.4	48	86	2	151	22	30	19	27	1.98
21813420--21813534	46	2.5	45	80	16	121	21	27	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21815861--21816052	40	4.8	40	79	2	188	26	22	25	25	2.00
21822406--21822445	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
21822416--21822447	13	2.4	14	85	15	50	75	0	6	18	1.01
21833479--21833602	49	2.5	49	83	6	135	23	25	20	29	1.99
21833667--21833699	15	2.2	15	100	0	66	33	30	15	21	1.94
21833682--21833851	46	3.7	45	77	12	175	25	28	17	28	1.98
21833682--21833853	94	1.8	93	83	7	231	25	29	17	27	1.97
21836173--21836301	39	3.3	39	90	1	197	21	27	20	30	1.98
21844140--21844268	39	3.3	39	86	1	170	23	25	19	31	1.98
21846920--21847163	40	6.1	40	86	2	294	27	26	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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