Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  272  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78138203--78138246
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23
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0
0
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1.77
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2.1
37
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4
90
48
9
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29
1.73
78143219--78143307
39
2.4
37
79
5
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47
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1.53
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0
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0
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2.0
20
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2
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2.1
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0
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23
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6.0
24
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26
22
22
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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22
28
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78176941--78177084
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2.0
72
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220
26
22
22
29
1.99
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20
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2.1
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23
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24
6.0
24
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209
26
22
22
28
1.99
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47
3.0
48
90
5
207
26
22
22
28
1.99
78181887--78182030
71
2.0
72
89
4
220
26
22
22
29
1.99
78182080--78182158
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4.1
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78183480--78183815
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441
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23
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1.86
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1.96
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114
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125
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2.0
22
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0
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31
1.41
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2.0
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0
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0
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264
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6
11
40
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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11
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1.65
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18.0
3
79
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3
1
62
1.23
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18
3.1
17
82
12
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35
3
1
59
1.26
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17
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9
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1.67
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0
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1.91
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20
1.9
20
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0
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1.40
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0
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0
0
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0
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20
2.2
20
87
4
61
53
0
6
39
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78241119--78241194
18
3.8
19
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59
1
1
38
1.14
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21
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61
57
0
0
42
0.99
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12
86
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52
67
0
0
32
0.91
78241277--78241371
30
3.0
30
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127
61
1
1
36
1.10
78241337--78241399
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4
0
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1.22
78241308--78241374
20
3.7
20
65
27
58
58
1
1
38
1.17
78241347--78241416
23
3.1
22
75
6
68
51
4
0
44
1.21
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14
3.3
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73
0
2
24
0.94
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0
0
21
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0
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3
0
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31
2.5
31
93
2
125
40
14
12
33
1.83
78252789--78252858
20
3.5
20
90
3
106
41
0
0
58
0.98
78252993--78253027
8
4.2
8
85
7
52
77
0
2
20
0.90
78260741--78260767
13
2.1
13
100
0
54
48
37
7
7
1.59
78262848--78262893
23
2.0
23
83
8
58
56
4
6
32
1.45
78268962--78269007
21
2.2
21
81
14
51
28
26
34
10
1.90
78270009--78270042
17
2.0
17
88
0
50
29
0
8
61
1.26
78271374--78271484
38
2.8
40
75
8
111
25
20
25
28
1.99
78271373--78271508
39
3.5
39
71
11
109
25
19
26
28
1.99
78271610--78271650
18
2.3
18
87
8
57
48
0
21
29
1.50
78272137--78272174
20
1.9
20
84
10
51
47
0
10
42
1.38
78279690--78279733
13
3.2
14
78
15
56
79
2
2
15
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78279609--78279737
15
8.3
15
65
19
61
68
4
3
22
1.24
78286855--78286909
28
2.0
29
89
7
87
49
0
1
49
1.11
78293358--78293407
20
2.5
20
73
0
55
38
0
2
60
1.09
78306908--78307043
26
5.2
26
91
0
227
33
5
24
36
1.78
78308828--78309112
136
2.1
136
96
0
525
24
18
25
31
1.97
78311316--78311360
21
2.1
21
88
8
65
73
2
4
20
1.11
78311919--78311958
20
2.0
21
90
5
64
30
22
7
40
1.81
78319490--78319573
44
1.9
45
82
4
109
35
3
1
59
1.22
78327478--78327854
94
4.0
94
98
0
738
45
5
9
39
1.59
78327478--78327854
187
2.0
188
98
0
738
45
5
9
39
1.59
78343575--78343623
21
2.5
21
81
18
61
53
6
0
40
1.26
78352827--78352871
3
14.7
3
82
13
56
33
0
2
64
1.06
78352857--78352924
25
2.7
24
75
11
64
36
7
1
54
1.37
78355101--78355131
16
2.0
15
93
6
53
64
0
35
0
0.94
78360959--78361125
39
4.1
40
66
23
91
59
5
4
29
1.40
78361365--78361452
3
28.7
3
72
21
60
64
1
3
30
1.17
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12
6.5
12
76
17
69
64
1
3
30
1.18
78361368--78361453
27
3.3
27
72
18
74
65
1
3
30
1.17
78361783--78361874
22
4.2
22
72
16
66
56
32
2
8
1.42
78361783--78361855
21
3.3
22
76
17
71
58
30
1
9
1.38
78361800--78361846
23
2.2
23
85
11
64
55
29
2
12
1.49
78362302--78363197
44
20.3
44
75
7
604
25
23
19
31
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78362302--78363197
176
5.1
175
78
6
797
25
23
19
31
1.98
78362482--78363192
132
5.4
133
94
0
1155
25
23
19
31
1.98
78363245--78363443
68
2.9
67
85
5
258
27
21
22
28
1.99
78363548--78364156
132
4.6
131
87
4
834
20
21
21
36
1.95
78363464--78363791
175
1.9
174
85
2
451
22
20
20
36
1.95
78363464--78363837
175
2.1
174
81
3
430
22
20
20
36
1.95
78363962--78364104
42
3.3
42
72
12
110
19
22
23
34
1.96
78363467--78364144
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15.5
43
71
10
270
21
21
21
36
1.96
78363756--78364127
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4.3
87
75
9
258
19
22
21
36
1.95
78364208--78364334
66
1.9
66
95
0
227
36
11
18
33
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292