genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  69  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20878973--20879044	37	1.9	37	91	0	117	22	19	34	23	1.96
20885849--20885954	43	2.5	43	81	10	128	32	23	13	31	1.93
20893677--20893851	93	1.9	93	89	2	271	30	29	18	21	1.97
20893670--20893845	46	3.8	46	78	11	180	31	28	18	21	1.97
20899193--20899400	40	5.2	40	80	4	204	24	23	26	25	2.00
20899194--20899400	80	2.6	80	83	2	245	24	23	26	25	2.00
20907239--20907446	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
20907240--20907446	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
20919339--20919436	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
20927013--20927110	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
20940233--20940440	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
20940234--20940440	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
20948319--20948525	40	5.2	40	84	0	216	26	22	25	25	2.00
20948320--20948525	80	2.6	80	83	4	245	25	22	25	25	2.00
20965358--20965581	40	5.8	40	89	7	304	23	22	28	25	2.00
20965358--20965581	39	5.8	39	90	4	296	23	22	28	25	2.00
20965358--20965607	39	6.5	39	88	8	295	24	22	27	25	2.00
20973415--20973669	40	6.4	39	90	4	322	24	22	27	25	2.00
20975985--20976034	9	5.6	9	82	0	55	30	10	20	40	1.85
20975961--20975997	17	2.2	17	90	0	56	35	10	10	43	1.75
20975985--20976034	18	2.8	18	84	6	66	30	10	20	40	1.85
20975985--20976043	18	3.3	18	74	9	57	30	8	18	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20977765--20977910	41	3.6	41	80	7	154	28	15	24	32	1.95
20982788--20982993	40	5.1	39	84	4	207	23	26	24	26	2.00
20982789--20982993	80	2.5	79	81	2	239	23	26	23	26	2.00
20990902--20991092	40	4.8	40	87	1	240	24	26	23	25	2.00
20992994--20993063	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
20997844--20997938	37	2.6	37	83	9	108	20	29	22	28	1.98
20998756--20998801	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
21002661--21002685	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
21002965--21002996	2	15.5	2	93	6	55	50	3	0	46	1.17
21009541--21009746	40	5.1	39	85	4	216	23	26	23	26	2.00
21009542--21009746	80	2.5	79	83	2	248	23	26	23	26	2.00
21017648--21017864	40	5.4	39	84	4	231	23	26	23	26	2.00
21017648--21017864	79	2.7	80	82	2	258	23	26	23	26	2.00
21027963--21028252	27	10.7	27	89	0	373	30	22	8	38	1.83
21028176--21028453	27	10.3	27	83	3	256	38	21	7	31	1.82
21027987--21028423	81	5.4	80	82	3	250	34	22	7	35	1.83
21028217--21028450	81	2.9	80	83	2	315	41	20	7	29	1.80
21028443--21028495	27	2.0	27	92	0	88	35	20	20	22	1.96
21028185--21028456	54	5.0	56	79	8	285	39	20	8	31	1.82
21028700--21028769	25	2.8	25	88	0	104	25	24	21	28	1.99
21029878--21029912	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
21030544--21030692	43	3.5	43	73	12	135	28	26	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21034028--21034313	3	95.3	3	66	23	83	32	3	1	62	1.21
21034026--21034291	16	17.6	15	69	19	121	33	3	1	62	1.20
21034088--21034239	30	5.2	30	70	22	103	36	1	0	61	1.12
21035923--21036089	40	4.2	39	75	16	153	27	27	21	23	1.99
21044072--21044236	41	4.0	41	75	7	129	27	29	21	22	1.99
21044086--21044231	41	3.6	40	80	9	136	27	28	21	22	1.99
21047591--21047625	15	2.2	16	95	5	63	45	25	8	20	1.79
21049895--21049944	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
21057347--21057379	12	2.8	12	95	0	57	9	18	9	63	1.49
21058018--21058499	205	2.3	205	88	0	712	30	18	20	29	1.97
21060190--21060400	3	69.7	3	67	23	74	33	4	0	61	1.22
21060155--21060263	28	3.7	27	72	23	78	34	3	0	61	1.14
21060146--21060400	104	2.6	100	75	17	219	34	3	0	61	1.20
21060246--21060389	76	1.9	75	80	12	170	34	3	1	61	1.22
21060153--21060396	13	17.9	14	66	25	57	34	4	0	60	1.21
21062427--21062561	41	3.3	40	81	3	146	34	23	22	19	1.96
21062873--21062929	27	2.1	28	83	9	73	24	0	36	38	1.56
21063026--21063053	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21063746--21063893	80	1.9	80	89	2	235	37	12	23	26	1.90
21064799--21064969	76	2.2	77	88	1	254	42	11	18	28	1.84
21065474--21065516	22	2.0	22	95	0	77	13	11	25	48	1.77
21068796--21068905	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21068796--21068945	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
21076851--21076956	39	2.7	40	80	2	124	27	22	26	23	2.00
21078742--21079228	241	2.0	241	95	1	888	34	17	13	33	1.89
21079408--21079573	9	17.6	9	76	11	145	47	21	0	30	1.55
21079425--21079540	38	3.0	39	94	2	207	47	21	0	31	1.51
21085889--21085935	20	2.3	20	88	0	67	34	0	0	65	0.93
21091253--21091493	47	5.1	45	71	13	123	23	29	19	26	1.98
21091826--21091863	18	2.1	18	90	0	58	23	13	23	39	1.90
21092699--21092730	15	2.1	15	100	0	64	56	0	6	37	1.25
21097968--21098143	46	3.8	46	75	12	180	28	28	21	21	1.98
21097975--21098146	93	1.8	93	92	0	290	27	29	22	21	1.99
21097976--21098162	46	4.0	45	71	18	116	27	28	21	21	1.99
21106002--21106059	21	2.8	21	83	0	62	27	29	29	13	1.94
21107907--21107970	30	2.2	29	91	2	101	32	25	18	23	1.97
21109261--21109294	11	2.9	12	86	8	52	35	0	8	55	1.31
21111429--21111644	45	4.9	45	86	2	278	23	22	28	25	1.99
21115284--21115345	31	2.0	31	100	0	124	41	25	9	22	1.84
21118468--21118531	30	2.2	29	91	2	101	32	25	18	23	1.97
21119740--21119773	6	6.0	6	93	6	54	64	0	0	35	0.94
21121276--21121447	93	1.8	93	88	0	263	28	28	21	21	1.99
21121268--21121437	46	3.7	45	77	10	173	29	28	21	21	1.98
21123835--21123914	15	5.4	15	77	7	83	57	13	18	10	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21123846--21123923	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
21126897--21127068	93	1.8	93	85	2	238	30	28	19	21	1.98
21142411--21142525	39	3.0	38	81	7	119	25	17	28	28	1.97
21158337--21158543	43	4.9	42	84	8	267	29	26	15	28	1.96
21158337--21158533	85	2.3	85	99	0	385	29	25	15	28	1.96
21162280--21162446	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
21162296--21162446	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
21170281--21170410	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
21170297--21170447	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
21170281--21170447	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
21172369--21172579	40	5.3	40	82	3	248	26	27	22	24	2.00
21176783--21176811	15	1.9	15	100	0	58	37	48	0	13	1.43
21178306--21178562	43	6.0	43	87	4	342	33	25	13	26	1.93
21187618--21187720	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
21190213--21190278	33	2.0	33	93	0	114	36	15	9	39	1.79
21193600--21193749	43	3.5	43	89	5	196	36	26	13	24	1.92
21194365--21194402	20	2.0	20	84	5	51	47	21	7	23	1.77
21197314--21197494	46	3.9	46	79	9	215	20	20	30	28	1.98
21197316--21197487	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
21200902--21201125	108	2.1	109	84	2	290	21	24	29	25	1.99
21200934--21201155	108	2.0	109	80	4	243	22	23	27	26	2.00
21206452--21206593	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21206491--21206619	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
21215179--21215391	49	4.4	49	96	1	394	29	8	31	30	1.88
21215179--21215439	98	2.7	96	89	4	330	29	9	31	29	1.88
21215493--21215613	37	3.3	37	95	2	217	25	19	33	20	1.97
21217693--21218092	29	13.8	29	98	0	739	27	16	30	25	1.97
21221662--21221876	49	4.4	49	96	0	403	29	9	31	29	1.88
21221978--21222099	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
21245350--21245509	43	3.8	42	76	4	133	33	23	15	28	1.94
21249119--21249203	45	1.9	45	85	7	120	30	29	18	21	1.97
21251590--21251645	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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