genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  204  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60622587--60622652	23	3.1	23	71	24	72	45	6	6	42	1.53
60635573--60635604	6	5.3	6	92	0	55	18	0	0	81	0.70
60635563--60635604	12	3.5	12	83	9	50	23	0	2	73	0.94
60639533--60639562	12	2.5	12	88	0	51	40	6	0	53	1.27
60641312--60641408	38	2.6	38	81	1	106	27	18	15	38	1.91
60645047--60645074	13	2.2	13	100	0	56	32	7	0	60	1.24
60652927--60652956	15	2.0	15	93	0	51	20	16	0	63	1.31
60654225--60654264	16	2.5	17	80	15	50	27	2	2	67	1.16
60654224--60654269	14	3.0	15	81	12	58	26	2	2	69	1.11
60655549--60655577	13	2.2	13	100	0	58	55	6	0	37	1.27
60655612--60655686	22	3.3	23	74	10	64	42	4	1	52	1.28
60657981--60658009	14	2.1	14	100	0	58	44	6	0	48	1.29
60658703--60658734	13	2.3	15	89	10	50	21	0	3	75	0.95
60663933--60664073	60	2.4	59	84	2	185	37	4	10	47	1.58
60670855--60670899	24	1.9	24	81	4	56	42	11	0	46	1.39
60670881--60670926	24	2.0	23	83	12	58	45	4	0	50	1.21
60673648--60673676	13	2.1	14	93	6	51	13	0	3	82	0.79
60676528--60676591	18	3.7	18	75	17	64	51	0	1	46	1.10
60676546--60676589	19	2.3	20	81	18	58	54	0	2	43	1.12
60677051--60677087	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
60677130--60677176	18	2.5	19	77	12	53	48	0	6	44	1.28
60682403--60682458	22	2.5	22	80	8	60	51	0	1	46	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60682702--60682764	27	2.3	29	79	17	73	49	0	4	46	1.23
60683415--60683469	23	2.3	24	78	9	60	63	9	7	20	1.47
60685155--60685180	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
60687044--60687085	22	1.9	22	95	0	75	45	11	4	38	1.62
60687512--60687536	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
60690801--60690845	11	3.9	11	80	11	54	35	0	0	64	0.94
60690796--60690851	24	2.3	24	87	3	76	37	0	1	60	1.07
60691183--60691233	25	2.0	25	100	0	102	25	3	15	54	1.58
60693004--60693277	46	6.0	46	93	2	410	42	14	21	21	1.88
60695706--60695881	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
60695703--60695873	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
60697963--60697990	13	2.2	13	100	0	56	35	0	14	50	1.43
60699984--60700187	53	3.8	53	73	7	160	37	17	22	23	1.94
60705981--60706063	14	6.8	12	82	14	66	0	40	0	59	0.98
60706008--60706060	2	26.5	2	100	0	106	0	49	0	50	1.00
60707127--60707177	25	2.0	25	96	0	93	27	11	23	37	1.90
60707170--60707391	87	2.5	87	84	0	282	24	21	19	35	1.96
60709066--60709207	25	5.7	25	69	14	80	42	10	11	35	1.75
60716100--60716132	17	1.9	17	93	0	57	51	0	0	48	1.00
60719065--60719089	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
60719402--60719452	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
60722729--60722837	51	2.1	51	96	0	200	26	7	27	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60724234--60724354	60	2.0	60	98	0	233	26	14	25	33	1.94
60728029--60728155	39	3.2	39	85	1	164	28	25	20	25	1.99
60743246--60743282	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
60744658--60744713	27	2.1	27	86	0	76	33	41	10	14	1.80
60744710--60744761	24	2.2	24	89	0	77	15	53	13	17	1.72
60744718--60744833	24	4.8	24	92	0	97	25	44	14	14	1.84
60744754--60744872	24	5.0	24	97	0	211	33	42	13	10	1.79
60748024--60748066	22	2.0	21	81	4	50	55	4	9	30	1.52
60750293--60750355	20	3.2	20	76	17	69	47	0	0	52	1.00
60750364--60750400	16	2.2	17	90	4	58	62	0	0	37	0.96
60752400--60752463	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
60752441--60752481	8	5.1	8	100	0	82	24	0	0	75	0.80
60757721--60757857	60	2.3	59	81	13	147	25	25	20	28	1.99
60758194--60758259	26	2.5	26	73	9	62	30	13	22	33	1.93
60760369--60760412	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
60762162--60762263	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
60762161--60762299	60	2.3	59	80	8	156	25	25	20	28	1.99
60763860--60763903	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
60768104--60768200	18	5.4	18	75	0	86	39	18	10	31	1.84
60769570--60769616	19	2.5	18	86	6	67	8	14	4	72	1.24
60769630--60769670	21	2.0	21	85	0	55	51	2	0	46	1.14
60769626--60769671	13	3.5	13	80	19	51	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60769756--60769788	5	6.6	5	92	0	57	57	0	0	42	0.98
60769756--60769813	10	5.9	10	78	15	50	53	0	0	46	1.00
60770318--60770349	16	2.0	16	100	0	64	62	12	6	18	1.50
60774888--60774952	18	3.6	18	74	17	62	53	6	3	36	1.41
60774908--60774976	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
60780016--60780064	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
60794230--60794261	16	2.0	16	100	0	64	18	12	18	50	1.78
60812831--60812941	48	2.3	47	80	4	107	32	26	18	22	1.97
60814661--60814744	26	3.2	26	94	0	141	34	4	23	36	1.76
60846802--60846865	31	2.1	31	100	0	128	34	18	12	34	1.89
60847542--60847582	19	2.2	19	90	0	64	36	7	12	43	1.70
60854037--60854086	24	2.1	24	96	0	91	50	20	18	12	1.78
60862183--60862222	19	2.1	19	86	9	55	60	5	0	35	1.19
60876463--60876503	21	2.0	21	95	0	73	43	19	7	29	1.78
60877886--60878075	18	10.6	18	81	0	200	34	15	11	38	1.83
60877882--60878075	54	3.6	54	88	1	282	34	15	11	38	1.83
60878468--60878502	17	2.0	18	88	5	54	37	11	2	48	1.54
60879319--60879355	19	1.9	19	94	0	65	0	29	0	70	0.88
60881844--60881868	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
60881346--60882139	392	2.0	391	94	1	1387	33	19	22	25	1.97
60884365--60884405	20	2.0	21	90	4	66	29	7	17	46	1.74
60900710--60900771	13	4.8	13	79	0	79	33	6	22	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60901696--60901729	18	1.9	17	94	5	59	47	5	0	47	1.26
60902404--60902458	24	2.4	23	81	6	67	54	7	1	36	1.39
60902531--60902559	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
60903062--60903171	3	37.0	3	87	5	161	66	1	1	30	1.12
60904945--60905044	44	2.2	45	80	1	112	29	25	19	27	1.98
60905289--60905319	14	2.2	14	94	0	53	67	3	6	22	1.28
60905458--60905484	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
60905149--60905549	87	4.6	87	74	10	358	36	18	16	28	1.92
60911260--60911487	46	5.0	46	88	3	307	42	14	23	20	1.88
60922264--60922315	16	3.3	15	76	10	50	51	0	0	48	1.00
60935356--60935388	12	2.8	12	95	4	59	36	0	0	63	0.95
60935510--60935572	30	2.1	30	93	0	108	58	12	1	26	1.43
60935602--60935644	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
60935609--60935649	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
60936215--60936250	15	2.4	15	85	0	54	69	0	0	30	0.89
60938649--60938683	17	1.9	19	88	11	56	22	8	2	65	1.34
60940851--60940917	33	2.0	33	88	0	98	68	0	10	20	1.18
60941155--60941207	21	2.5	20	79	8	61	64	0	1	33	1.05
60943440--60943673	108	2.2	103	90	5	355	30	22	14	33	1.93
60943585--60943610	7	3.7	7	100	0	52	26	30	0	42	1.56
60943443--60943671	51	4.2	57	79	12	234	30	22	13	33	1.93
60947880--60947916	15	2.5	15	86	0	56	51	10	16	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60951095--60951129	18	2.0	17	88	5	52	42	5	8	42	1.59
60951309--60951394	20	4.2	20	73	16	59	40	0	4	54	1.21
60951068--60951698	240	2.7	240	80	8	618	37	9	6	46	1.63
60951565--60951602	16	2.4	17	82	13	53	44	5	7	42	1.56
60951711--60951781	2	36.0	2	78	18	78	46	2	1	49	1.25
60951839--60951915	30	2.8	26	82	11	82	36	0	9	54	1.32
60951837--60951915	27	2.8	29	78	16	85	36	0	8	54	1.32
60956911--60956985	16	4.6	17	71	15	61	49	0	2	48	1.15
60956911--60956985	32	2.3	33	80	14	86	49	0	2	48	1.15
60957035--60957066	15	2.0	17	88	11	50	43	3	3	50	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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