genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  110  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33579454--33579527	27	2.7	27	78	12	80	36	21	20	21	1.95
33580768--33580824	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
33580766--33580828	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
33580882--33581071	24	8.0	24	89	3	269	28	23	22	25	1.99
33580880--33581071	71	2.7	71	87	5	271	29	22	22	25	1.99
33580881--33581072	47	4.0	47	89	4	278	29	22	21	25	1.99
33581264--33581327	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
33586776--33586835	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
33589331--33589377	23	2.0	24	84	12	62	23	8	17	51	1.72
33591230--33591384	44	3.7	43	74	18	146	30	24	19	25	1.98
33599183--33599299	29	4.1	29	74	10	98	24	28	16	30	1.96
33599181--33599295	58	2.0	57	83	5	142	23	29	16	30	1.96
33599510--33599560	15	3.3	15	81	10	50	7	21	17	52	1.69
33601845--33602012	46	3.7	44	79	10	176	21	22	27	27	1.99
33601843--33602013	93	1.8	93	91	0	279	21	22	28	27	1.99
33605746--33605848	29	3.6	29	89	2	145	27	15	31	26	1.96
33618624--33618726	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
33625656--33625759	29	3.6	29	76	11	99	23	31	17	27	1.97
33625844--33625880	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
33627237--33627276	8	5.0	8	100	0	80	12	0	25	62	1.30
33628080--33628236	43	3.7	43	81	7	194	29	27	20	22	1.99
33628080--33628238	86	1.9	85	89	4	248	28	27	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33635722--33635809	44	2.0	44	97	0	167	36	14	17	31	1.90
33643751--33643800	24	2.1	24	100	0	100	28	24	16	32	1.96
33643877--33643950	9	8.7	9	69	25	54	55	18	1	24	1.51
33644086--33644201	50	2.3	52	85	5	148	40	13	13	31	1.84
33644254--33644294	19	2.2	19	90	0	64	60	4	0	34	1.18
33646214--33646295	36	2.3	36	91	4	130	23	20	14	41	1.89
33646214--33646296	18	4.6	18	85	5	114	22	20	15	40	1.90
33654390--33654509	60	2.0	60	100	0	240	28	8	26	36	1.85
33656675--33656847	45	3.8	45	76	14	192	29	30	19	20	1.97
33656682--33656851	92	1.8	92	94	0	304	28	30	20	21	1.98
33659994--33660143	40	3.8	39	80	3	140	23	28	22	26	1.99
33667865--33668031	40	4.2	40	79	2	149	22	27	23	26	2.00
33676615--33676677	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
33678284--33678455	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	21	1.98
33678277--33678452	46	3.8	46	77	12	180	30	28	19	21	1.98
33678328--33678471	46	3.1	44	74	15	123	29	27	19	22	1.98
33687921--33688303	49	7.9	49	92	2	641	34	9	27	28	1.88
33687920--33688303	96	4.0	96	95	2	662	34	9	27	28	1.88
33687920--33688303	145	2.6	145	92	4	632	34	9	27	28	1.88
33688262--33688449	48	3.6	53	85	10	216	32	6	28	32	1.84
33688298--33688446	48	3.1	48	98	0	280	32	6	28	32	1.82
33688486--33688576	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33690381--33690554	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
33690389--33690558	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	20	1.98
33692929--33693016	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
33692929--33693007	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
33692940--33693016	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
33695956--33696129	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
33695964--33696133	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	20	1.98
33699231--33699295	18	3.6	18	87	0	94	23	20	15	41	1.89
33705014--33705076	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
33713113--33713277	40	4.2	40	74	4	131	23	25	23	27	2.00
33720998--33721127	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
33729056--33729185	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
33733024--33733473	49	9.4	49	76	6	329	29	19	27	23	1.98
33734722--33734763	21	2.0	21	90	0	66	14	38	23	23	1.92
33756143--33756306	40	4.1	40	75	4	127	22	27	24	25	2.00
33762691--33762775	42	2.0	42	95	0	152	34	5	20	40	1.76
33763078--33763114	18	2.1	18	94	0	65	37	45	2	13	1.58
33763137--33763180	20	2.3	19	84	7	61	77	9	0	13	0.99
33763204--33763273	9	7.8	9	82	6	61	28	10	18	42	1.82
33763197--33763273	27	2.9	27	82	3	93	28	9	18	44	1.80
33763197--33763273	18	4.3	18	76	12	77	28	9	18	44	1.80
33768770--33768928	43	3.7	43	77	9	155	32	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33768807--33768905	42	2.3	42	84	8	128	34	27	16	22	1.95
33771102--33771160	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
33771780--33771841	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
33771824--33771946	27	4.6	27	83	4	160	30	6	20	42	1.77
33771797--33771946	53	2.8	53	85	3	149	30	8	20	41	1.82
33771824--33771946	53	2.3	54	91	1	194	30	6	20	42	1.77
33771930--33772000	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
33771805--33771973	80	2.1	80	78	3	178	31	8	20	39	1.83
33775224--33775282	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
33775903--33775964	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
33775947--33776069	27	4.6	27	83	4	160	30	6	20	42	1.77
33775920--33776069	53	2.8	53	85	3	149	30	8	20	41	1.82
33775947--33776069	53	2.3	54	91	1	194	30	6	20	42	1.77
33776053--33776123	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
33775928--33776096	80	2.1	80	78	3	178	31	8	20	39	1.83
33777970--33778150	78	2.3	79	84	6	233	23	21	28	26	1.99
33777969--33778152	38	4.7	39	84	6	228	23	21	28	26	1.99
33782035--33782103	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
33783396--33783433	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
33789088--33789156	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
33790466--33790503	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
33791951--33792141	40	4.8	40	89	1	276	27	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33791951--33792149	79	2.5	80	88	0	301	27	21	26	24	1.99
33796246--33796643	47	8.3	47	94	2	634	31	8	30	29	1.87
33796246--33796643	98	4.2	95	93	2	645	31	8	30	29	1.87
33799003--33799118	50	2.3	50	79	10	119	37	15	14	31	1.88
33802087--33802144	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
33802484--33802693	47	4.5	46	74	15	171	29	20	28	21	1.98
33802489--33802847	94	3.8	93	76	11	329	28	20	27	22	1.99
33802484--33802793	47	6.7	44	71	15	157	28	20	28	22	1.99
33813636--33813721	43	2.0	43	84	8	113	27	26	18	26	1.98
33819059--33819191	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
33820513--33820807	47	6.3	47	91	0	455	35	8	28	27	1.86
33835696--33835824	46	2.8	46	96	0	231	28	29	22	19	1.98
33838207--33838294	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
33838207--33838285	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
33838218--33838294	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
33841231--33841359	46	2.8	46	96	0	231	28	29	22	19	1.98
33844921--33844963	18	2.2	20	88	8	63	53	4	2	39	1.34
33847329--33847385	30	1.9	30	92	0	96	33	14	24	28	1.94
33847727--33847974	47	5.3	47	74	12	204	29	19	27	23	1.98
33848759--33848948	55	3.5	55	89	0	281	23	21	30	24	1.99
33851629--33851663	17	2.1	17	94	0	61	60	11	2	25	1.45
33851781--33851816	13	2.8	13	91	0	63	8	19	47	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33852850--33852890	21	2.0	21	85	0	55	21	34	21	21	1.97
33853951--33854042	44	2.1	44	89	0	139	34	25	19	20	1.96
33855156--33855186	6	5.2	6	92	0	53	0	19	0	80	0.71
33870451--33870655	69	2.9	69	80	1	221	35	21	22	20	1.96
33870452--33870664	71	3.0	71	79	1	223	36	21	22	20	1.95
33871350--33871433	6	13.8	6	74	16	75	50	14	15	20	1.78
33871358--33871433	30	2.5	31	89	6	111	50	14	14	21	1.78
33871551--33871609	27	2.2	26	82	5	73	38	20	22	18	1.93
33871551--33871622	27	2.7	27	73	14	69	37	18	23	20	1.94
33871789--33871847	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292