genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  81  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24939826--24939947	62	2.0	61	90	4	192	20	17	13	49	1.79
24939831--24939989	43	3.8	43	78	12	170	19	18	13	49	1.80
24939825--24939998	6	28.3	6	74	13	140	20	17	12	48	1.80
24942266--24942473	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
24942266--24942471	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
24950233--24950440	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
24950233--24950438	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
24955312--24955401	33	2.7	33	77	6	101	23	26	10	40	1.86
24961767--24961935	26	6.8	26	72	13	115	39	20	20	19	1.93
24961981--24962124	65	2.2	65	80	2	164	36	20	18	25	1.95
24971109--24971243	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
24979128--24979262	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
24984774--24984825	24	2.2	24	86	3	70	36	23	25	15	1.93
24984959--24985007	25	2.0	25	84	8	64	34	16	22	26	1.95
24992360--24992390	14	2.2	14	94	0	53	38	6	9	45	1.63
24995126--24995187	31	2.0	30	90	3	97	54	4	25	14	1.60
24995410--24995449	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
24997775--24997834	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
25001129--25001375	40	6.2	40	83	7	290	26	28	21	23	1.99
25001115--25001373	79	3.3	79	83	6	292	26	28	20	24	1.99
25001141--25001370	39	5.8	39	84	7	268	26	29	20	23	1.99
25005286--25005316	15	2.1	15	100	0	62	35	0	19	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25006106--25006149	22	2.0	23	90	4	72	59	2	36	2	1.23
25009550--25009652	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
25013908--25013949	18	2.3	19	80	12	52	76	0	7	16	1.00
25013917--25013957	6	6.7	6	85	2	55	75	0	4	19	0.98
25015235--25015291	29	1.9	30	85	3	80	57	22	1	17	1.49
25020702--25020853	40	3.8	40	77	8	139	25	24	26	23	2.00
25020743--25020869	40	3.2	39	79	10	141	23	25	27	23	2.00
25039003--25039063	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
25041066--25041092	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25045373--25045533	30	5.5	30	89	6	231	32	13	25	27	1.94
25045373--25045533	58	2.8	58	89	4	227	32	13	25	27	1.94
25053352--25053507	30	5.5	30	86	9	186	31	14	26	28	1.94
25053352--25053507	58	2.8	58	85	7	189	31	14	26	28	1.94
25053381--25053507	29	4.6	25	89	8	110	32	14	25	27	1.94
25059540--25059665	40	3.2	39	76	10	123	21	24	24	29	1.99
25069284--25069324	20	2.0	20	85	0	55	41	14	0	43	1.45
25071306--25071518	39	5.5	39	83	4	223	32	16	32	18	1.93
25071394--25071517	19	6.3	20	73	13	98	29	16	37	16	1.91
25071419--25071517	20	5.1	19	74	14	94	29	16	37	17	1.91
25071320--25071517	78	2.5	78	86	1	263	32	16	33	17	1.93
25071306--25071518	117	1.8	117	84	0	291	32	16	32	18	1.93
25073152--25073181	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25075669--25075852	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
25075709--25075897	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
25083787--25083970	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
25083827--25084015	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
25088086--25088115	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
25091056--25091219	40	4.1	40	81	4	161	24	28	22	24	1.99
25091056--25091219	80	2.0	80	82	2	195	24	28	22	24	1.99
25095865--25095987	46	2.6	46	84	5	140	31	21	27	19	1.97
25095814--25096032	47	4.7	47	76	11	184	29	20	29	20	1.98
25095771--25096034	140	1.9	141	81	7	322	29	20	29	21	1.98
25103414--25103535	46	2.6	46	81	5	129	29	18	28	23	1.97
25103318--25103487	93	1.8	92	81	8	211	28	19	28	23	1.98
25111812--25111846	17	2.1	17	100	0	70	51	5	5	37	1.50
25113216--25113259	21	2.0	23	87	12	67	50	11	9	29	1.69
25119973--25120071	29	3.4	29	84	0	117	24	17	23	35	1.95
25124608--25124637	14	2.1	15	93	6	53	6	16	16	60	1.56
25131332--25131383	19	2.9	17	72	10	59	36	17	21	25	1.94
25137289--25137386	29	3.4	28	72	10	90	24	16	21	37	1.93
25137402--25137462	28	2.1	29	82	14	74	27	18	19	34	1.95
25145620--25145829	106	2.0	106	93	0	357	38	15	20	25	1.92
25147747--25147779	17	2.0	17	88	5	50	39	3	6	51	1.42
25148736--25148842	37	2.9	37	79	5	126	43	14	14	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25150345--25150398	27	2.0	27	100	0	108	40	18	22	18	1.91
25152720--25152764	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
25157410--25157593	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
25157450--25157638	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
25165528--25165711	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
25165568--25165756	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
25172471--25172657	40	4.7	40	87	0	250	25	27	21	25	1.99
25174403--25174607	40	5.2	40	79	7	186	24	26	23	25	2.00
25174403--25174568	80	2.1	79	83	5	210	24	27	24	24	2.00
25182076--25182243	40	4.2	40	81	3	149	23	27	23	25	2.00
25183481--25183518	18	2.1	18	85	9	51	2	13	5	78	1.02
25184193--25184400	40	5.2	40	78	4	186	25	25	22	25	2.00
25184196--25184399	80	2.5	80	81	3	223	26	25	22	25	2.00
25193601--25193828	40	5.7	40	93	0	375	25	29	21	23	1.99
25195892--25195961	35	2.0	35	97	0	131	15	0	28	55	1.41
25202871--25203046	43	4.1	43	91	2	259	13	25	31	29	1.94
25204981--25205065	39	2.2	40	93	2	145	29	20	11	38	1.88
25205594--25205632	20	2.0	20	89	0	60	48	5	10	35	1.59
25209642--25209742	27	3.7	26	81	7	103	35	12	19	31	1.90
25209731--25209798	26	2.6	27	85	4	93	41	17	8	32	1.80
25209766--25210078	27	11.6	27	81	6	256	39	17	10	32	1.83
25209755--25210078	54	6.0	54	80	5	289	39	17	10	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25209766--25210100	81	4.1	81	78	5	302	39	17	10	32	1.84
25210205--25210249	20	2.2	20	84	7	56	22	6	31	40	1.80
25210329--25210450	41	3.0	41	90	2	174	21	18	28	31	1.97
25210852--25210900	22	2.2	22	92	0	80	12	22	24	40	1.88
25211754--25211795	13	3.2	13	96	0	75	59	0	26	14	1.35
25214936--25215333	45	8.8	45	76	7	265	20	19	15	43	1.88
25214936--25215146	91	2.3	91	82	3	246	18	20	15	45	1.85
25216852--25216948	27	3.5	27	76	8	79	26	19	24	28	1.99
25216926--25216994	28	2.5	27	88	6	86	37	15	26	20	1.93
25216933--25216999	28	2.4	29	87	7	102	34	16	26	22	1.95
25224230--25224265	18	2.0	18	100	0	72	44	11	22	22	1.84
25225136--25225186	23	2.1	23	75	13	50	80	3	0	15	0.86
25225135--25225186	6	8.5	6	83	10	54	80	3	0	15	0.85
25238399--25238561	39	4.2	39	91	0	254	23	20	32	23	1.98
25238416--25238591	39	4.5	40	87	0	169	23	22	32	21	1.98
25240776--25240808	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
25241561--25241625	22	3.0	22	75	8	69	29	21	26	23	1.99
25241767--25241884	41	2.9	42	85	2	168	25	28	22	22	1.99
25242153--25242468	27	11.7	27	74	12	166	32	11	16	39	1.84
25242155--25242416	81	3.2	80	77	14	218	31	10	17	40	1.83
25242457--25242521	27	2.4	27	94	0	112	30	20	16	32	1.95
25244014--25244178	40	4.1	40	82	6	192	26	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25248521--25248562	22	1.9	22	90	0	66	42	23	21	11	1.86
25249322--25249456	27	5.0	27	79	8	139	28	10	18	42	1.83
25249335--25249463	55	2.4	54	85	1	168	28	9	17	44	1.79
25260678--25260737	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
25268173--25268212	16	2.5	16	91	0	62	50	7	15	27	1.70
25272805--25272980	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
25272802--25272972	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
25275904--25275958	15	3.7	15	83	11	78	12	16	9	61	1.55
25283097--25283140	22	1.9	23	82	17	56	45	13	4	36	1.64
25287156--25287190	16	2.2	16	89	0	52	54	17	20	8	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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