genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  248  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72200839--72200938	30	3.4	30	83	4	114	44	5	22	29	1.74
72200935--72200980	24	1.9	24	90	0	74	23	0	2	73	0.94
72201129--72201453	78	4.2	77	78	10	310	36	17	16	28	1.92
72201169--72201453	80	3.7	74	78	8	286	35	18	15	30	1.92
72201696--72201725	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
72201372--72201853	259	1.9	252	85	5	668	35	20	15	28	1.93
72204948--72204999	5	10.6	5	95	4	97	40	0	0	59	0.97
72206227--72206298	15	4.9	15	89	1	101	34	0	12	52	1.39
72206670--72206756	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
72220644--72220704	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
72221730--72221845	30	3.9	30	83	1	144	43	4	23	29	1.73
72221729--72221845	60	2.0	59	86	1	162	43	4	23	29	1.72
72221842--72221887	24	1.9	24	90	0	74	23	0	2	73	0.94
72226773--72226832	30	2.0	30	96	0	111	3	8	20	68	1.30
72228405--72228440	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
72231993--72232031	16	2.4	17	83	16	55	38	12	10	38	1.78
72232002--72232033	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
72236905--72236948	22	2.0	23	81	4	54	43	2	2	52	1.26
72237613--72237646	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
72240510--72240732	21	10.6	21	78	5	164	47	14	19	18	1.82
72240510--72240702	42	4.6	42	82	1	208	46	15	19	19	1.84
72240510--72240732	84	2.7	84	82	1	241	47	14	19	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72240510--72240732	42	5.3	42	78	4	207	47	14	19	18	1.82
72241943--72241990	20	2.4	21	83	10	57	50	4	2	43	1.33
72243379--72243697	3	104.7	3	71	18	198	32	4	3	59	1.33
72243331--72243742	228	1.8	228	90	4	670	31	4	3	60	1.33
72243885--72243962	3	25.7	3	82	12	97	34	0	1	64	1.02
72244379--72244403	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
72256256--72256756	72	6.8	72	85	6	524	31	15	17	34	1.92
72256262--72257093	151	5.6	145	79	8	823	30	15	19	34	1.93
72256274--72257094	223	3.7	220	82	7	988	30	15	19	33	1.93
72256804--72257094	74	4.0	74	84	5	331	30	16	20	32	1.94
72256628--72256945	159	2.0	162	83	4	401	30	14	19	35	1.92
72259089--72259435	192	1.8	193	94	1	626	31	4	3	60	1.34
72259335--72259371	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
72259138--72259418	3	91.7	3	70	19	156	32	4	3	59	1.35
72259597--72259641	3	14.7	3	90	4	72	37	0	0	62	0.96
72263766--72263816	18	2.8	17	80	16	57	35	0	1	62	1.06
72264823--72264859	2	20.0	2	84	15	53	48	0	0	51	1.00
72264823--72264859	13	2.8	13	95	0	65	48	0	0	51	1.00
72264829--72264860	11	3.1	11	86	13	50	46	0	0	53	1.00
72264822--72264859	15	2.5	15	86	4	58	50	0	0	50	1.00
72273982--72274013	15	2.1	15	94	0	55	62	6	0	31	1.20
72274033--72274091	31	1.9	31	82	6	75	55	8	3	32	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72274269--72274311	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
72274837--72274872	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
72274955--72275018	6	10.3	6	74	12	58	18	0	3	78	0.89
72275070--72275108	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
72282066--72282136	33	2.1	34	82	10	85	56	2	2	38	1.29
72288971--72289056	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
72288998--72289058	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
72289409--72289439	16	2.0	15	93	6	53	70	0	29	0	0.87
72299495--72299641	43	3.4	44	85	4	192	27	14	25	31	1.95
72303794--72303965	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
72303797--72303963	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
72303893--72303963	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
72311291--72311461	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
72311294--72311459	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
72313366--72313660	47	6.3	47	93	0	464	28	28	7	35	1.85
72313488--72313563	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
72322055--72322079	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
72322277--72322308	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
72327736--72327832	30	3.1	30	87	11	149	22	4	16	56	1.57
72327736--72327840	34	3.2	34	93	5	173	22	4	16	56	1.59
72327736--72327856	34	3.7	34	86	9	130	22	4	16	56	1.59
72329072--72329113	21	2.0	21	86	4	59	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72335508--72335547	21	1.9	21	89	0	62	30	17	10	42	1.82
72339360--72339399	16	2.5	17	88	12	66	70	0	0	30	0.88
72341545--72341625	26	3.2	25	75	6	83	22	19	17	40	1.91
72343845--72343903	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
72343874--72343921	26	1.9	24	87	8	69	31	0	4	64	1.12
72343877--72343934	25	2.3	26	79	5	66	25	0	3	70	1.03
72348416--72348554	52	2.7	52	78	5	147	28	17	25	29	1.97
72348407--72348609	46	4.1	47	72	16	124	24	16	28	31	1.96
72349381--72349413	13	2.5	13	100	0	66	9	48	36	6	1.60
72359721--72359779	23	2.6	23	78	10	59	38	3	16	40	1.66
72363309--72363349	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
72367842--72367879	18	2.1	18	90	9	60	28	5	5	60	1.40
72368116--72368175	18	3.3	18	76	17	54	40	3	1	55	1.27
72369384--72369418	17	2.1	17	88	0	52	42	0	0	57	0.99
72375909--72375939	7	4.6	7	96	4	55	32	0	0	67	0.91
72377096--72377162	9	7.6	9	74	15	68	68	1	1	28	1.07
72377093--72377133	16	2.5	16	92	4	64	75	2	0	21	0.92
72384419--72384450	14	2.3	14	100	0	64	46	0	34	18	1.49
72385892--72385951	26	2.2	28	80	13	65	36	5	0	58	1.20
72393000--72393059	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
72393030--72393088	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
72393135--72393167	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72405497--72405540	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
72407152--72407191	20	2.0	20	95	0	71	17	20	17	45	1.86
72409925--72409951	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
72412489--72412526	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
72412901--72412936	17	2.1	17	89	0	54	44	22	5	27	1.75
72412924--72412961	17	2.2	17	90	0	58	34	28	5	31	1.80
72414569--72414707	43	3.2	43	84	3	181	28	17	26	28	1.97
72417427--72417460	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
72417521--72417597	7	11.4	7	75	14	56	40	2	0	57	1.13
72417527--72417594	22	3.1	22	77	6	68	41	2	0	55	1.15
72417695--72417755	22	2.8	22	81	13	65	32	1	1	63	1.13
72417703--72417748	17	2.5	19	82	10	60	32	0	2	65	1.05
72417690--72417749	27	2.2	25	78	16	66	30	1	1	66	1.11
72417719--72417760	19	2.2	19	84	16	52	38	0	2	59	1.10
72417786--72417836	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
72423237--72423344	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
72427756--72427807	26	2.0	26	100	0	104	34	15	11	38	1.83
72432538--72432729	94	2.1	94	86	1	269	34	18	21	25	1.96
72432572--72432854	94	3.2	88	78	12	238	31	18	23	26	1.98
72432759--72433132	133	2.8	131	74	13	311	29	16	26	27	1.97
72432974--72433132	44	3.6	44	92	1	257	30	14	28	26	1.95
72434543--72434576	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72434637--72434782	5	31.0	5	71	15	89	35	2	0	61	1.13
72434650--72434753	17	5.8	17	69	19	61	36	1	0	60	1.14
72434600--72434765	10	15.8	10	67	22	74	32	1	1	63	1.15
72434641--72434750	34	3.2	36	81	10	124	36	1	0	60	1.13
72436635--72436695	22	2.8	22	81	13	65	32	1	1	63	1.13
72436643--72436688	17	2.5	19	82	10	60	32	0	2	65	1.05
72436630--72436689	27	2.2	25	78	16	66	30	1	1	66	1.11
72436659--72436700	19	2.2	19	84	16	52	38	0	2	59	1.10
72436726--72436776	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
72441342--72441440	49	2.0	49	100	0	198	43	4	22	30	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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