genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7359078--7359284	47	4.5	46	77	8	190	24	28	20	27	1.99
7359025--7359284	94	2.8	91	79	8	285	23	28	20	27	1.99
7362494--7362565	29	2.4	30	81	6	85	54	12	13	19	1.71
7363566--7363640	35	2.1	35	87	4	107	34	26	20	18	1.95
7370120--7370181	10	6.1	10	81	9	63	24	8	3	64	1.36
7384645--7384701	24	2.4	24	78	0	60	24	19	21	35	1.96
7388773--7388829	25	2.3	24	82	14	71	64	1	1	31	1.13
7389452--7389512	26	2.3	26	88	5	88	40	3	1	54	1.27
7391447--7391530	39	2.1	40	82	2	98	27	25	25	22	2.00
7391596--7391703	40	2.7	39	84	4	128	27	22	21	28	1.99
7391345--7391770	152	2.8	152	85	2	577	31	18	20	29	1.97
7391785--7391910	7	17.7	7	74	12	78	20	0	33	45	1.57
7391785--7391910	21	5.9	21	73	10	94	20	0	33	45	1.57
7391834--7391881	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
7395751--7396109	43	8.5	43	75	7	297	27	14	27	30	1.95
7395975--7396051	38	2.0	38	87	0	109	31	15	29	23	1.95
7395776--7396094	81	3.9	81	72	10	243	28	14	27	28	1.95
7396431--7396473	18	2.4	18	80	3	52	20	23	2	53	1.57
7397257--7397312	27	2.1	27	82	0	67	21	5	39	33	1.76
7400078--7400117	19	2.1	19	95	0	71	32	35	10	22	1.87
7401231--7401309	24	3.3	24	85	5	97	39	16	22	21	1.92
7408598--7408709	48	2.4	45	81	12	129	30	16	29	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7408733--7408866	49	2.7	49	79	9	157	27	21	29	21	1.99
7409420--7409451	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
7415165--7415214	26	1.9	26	83	0	64	12	16	4	68	1.35
7416537--7416850	92	3.4	91	86	1	416	25	22	18	33	1.97
7424800--7424843	18	2.4	18	85	14	56	31	0	22	45	1.53
7433143--7433298	48	3.3	47	80	5	161	28	30	16	24	1.97
7441710--7441793	41	2.0	41	100	0	168	51	16	4	27	1.65
7442231--7442428	42	4.6	42	74	10	139	26	29	18	26	1.98
7442318--7442433	42	2.8	42	87	0	151	30	29	16	24	1.96
7442231--7442397	90	1.9	90	83	2	219	25	29	19	26	1.98
7442231--7442474	132	1.8	132	81	1	301	27	28	18	26	1.98
7442360--7442573	48	4.6	49	72	9	169	28	28	18	24	1.98
7445424--7445456	16	2.0	17	88	5	50	39	6	15	39	1.72
7456331--7456460	67	1.9	67	87	3	190	23	21	34	20	1.96
7457746--7457770	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
7461126--7461180	28	2.0	28	92	0	92	36	14	3	45	1.63
7463650--7463704	24	2.2	26	80	9	69	3	27	0	69	1.05
7488026--7488207	46	4.0	46	90	1	258	40	14	23	21	1.91
7493066--7493201	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
7494820--7494932	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
7494818--7494932	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
7498892--7499025	26	5.2	26	94	3	218	33	5	24	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7500640--7500752	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
7500638--7500752	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
7506888--7506953	25	2.7	25	83	2	71	43	21	19	15	1.87
7509350--7509503	28	5.5	28	88	1	139	31	16	15	35	1.91
7509300--7509501	56	3.6	55	79	4	163	30	16	17	36	1.92
7509369--7509578	28	7.5	28	85	3	217	30	16	16	36	1.91
7516652--7516676	9	2.8	9	100	0	50	24	12	36	28	1.91
7519462--7519568	27	4.0	27	81	0	115	42	19	14	23	1.87
7519684--7519717	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
7528166--7528304	43	3.2	43	87	0	197	27	26	18	27	1.98
7529394--7529425	16	2.0	16	93	0	55	50	3	12	34	1.56
7532927--7533021	43	2.2	43	82	3	109	29	24	14	31	1.95
7532762--7533661	179	5.0	179	89	3	1266	28	23	18	30	1.97
7533105--7533200	43	2.2	46	79	9	110	28	23	15	32	1.95
7533464--7533558	43	2.2	45	84	3	122	28	24	14	32	1.95
7534791--7534940	52	2.8	53	82	9	182	15	21	17	46	1.84
7535729--7535770	16	2.5	17	84	7	50	64	7	9	19	1.46
7536373--7536474	12	8.8	11	70	21	66	60	0	3	34	1.21
7537291--7537542	83	3.0	83	88	0	353	28	19	19	33	1.96
7537466--7537938	119	4.0	119	93	1	779	30	18	16	34	1.94
7549968--7550069	11	8.8	11	68	25	59	60	1	3	33	1.26
7553661--7553709	22	2.3	22	85	3	73	42	18	6	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7556354--7556535	40	4.6	40	88	4	262	24	24	25	25	2.00
7561155--7561190	5	6.5	6	87	12	51	16	0	63	19	1.30
7562663--7562789	7	18.0	7	72	11	80	40	37	0	22	1.54
7563044--7563196	41	3.7	41	83	0	180	21	21	22	33	1.97
7565561--7565596	10	3.6	10	88	0	54	22	0	2	75	0.94
7565612--7565664	27	1.9	27	84	3	70	43	1	5	49	1.37
7565625--7565675	19	2.7	19	82	8	68	43	1	5	49	1.38
7565606--7565677	20	3.7	20	81	7	76	40	1	5	52	1.33
7568440--7568467	13	2.2	13	100	0	56	25	0	39	35	1.56
7570982--7571061	22	3.6	22	94	0	133	22	17	41	18	1.90
7573661--7573707	23	2.0	23	95	0	85	38	21	10	29	1.87
7580687--7580746	24	2.4	26	76	20	65	50	11	0	38	1.39
7581403--7581442	17	2.3	18	80	20	50	25	5	30	40	1.77
7582696--7582745	20	2.5	21	75	12	52	22	10	2	66	1.32
7583465--7583498	17	1.9	18	94	5	61	26	5	5	61	1.42
7589224--7589267	23	2.0	22	86	13	63	34	38	13	13	1.84
7589497--7589536	20	2.0	20	90	0	62	5	7	27	60	1.45
7589808--7589841	6	5.7	6	86	13	52	17	0	0	82	0.67
7589945--7589988	23	2.0	22	86	13	63	34	38	13	13	1.84
7591582--7591631	10	5.0	10	79	13	50	22	10	2	66	1.32
7595090--7595148	27	2.2	26	79	8	66	30	18	1	49	1.58
7604183--7604248	23	3.0	22	83	14	82	63	3	3	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7607359--7607432	36	2.1	36	100	0	148	29	13	18	37	1.90
7607566--7607614	26	1.9	25	83	4	62	51	2	4	42	1.32
7607734--7607814	21	3.7	20	73	15	63	40	3	2	53	1.32
7608162--7608199	7	5.4	7	90	0	58	84	0	13	2	0.73
7608430--7608474	23	1.9	24	90	4	74	46	0	0	53	1.00
7610150--7610191	21	2.0	20	86	4	57	28	28	11	30	1.92
7625724--7625992	39	7.0	39	94	2	463	23	30	25	21	1.99
7625724--7625992	77	3.5	78	94	2	463	23	30	25	21	1.99
7625724--7625992	116	2.3	115	94	2	468	23	30	25	21	1.99
7631549--7631816	39	7.0	39	93	3	427	22	28	26	22	1.99
7631549--7631816	114	2.3	115	90	3	423	22	28	26	22	1.99
7635816--7635846	11	2.9	11	95	4	55	19	0	0	80	0.71
7641010--7641132	24	5.1	24	100	0	246	37	25	16	21	1.93
7644055--7644094	21	2.0	21	85	5	55	22	25	42	10	1.84
7647795--7647838	22	2.0	22	100	0	88	27	18	13	40	1.88
7651524--7651562	21	1.9	19	85	10	51	23	5	15	56	1.59
7659804--7659918	57	2.0	57	96	0	212	33	2	21	41	1.67
7663802--7663882	31	2.5	31	84	4	99	60	19	6	13	1.54
7669710--7669791	9	9.1	9	73	5	67	36	1	20	41	1.61
7669727--7669881	43	3.6	43	85	1	211	36	2	16	43	1.62
7670061--7670118	16	3.9	16	73	26	56	51	0	0	48	1.00
7670054--7670120	29	2.3	28	92	7	116	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7670061--7670110	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00
7670282--7670342	20	3.2	19	71	15	63	50	6	0	42	1.28
7670252--7670342	39	2.4	39	94	1	157	51	4	0	43	1.21
7670262--7670327	20	3.3	20	73	12	73	54	3	0	42	1.15
7670279--7670345	19	3.5	19	74	11	73	52	5	0	41	1.26
7669891--7670438	196	2.8	195	93	3	918	49	6	8	34	1.61
7671882--7671947	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
7671899--7671977	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
7671921--7671977	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
7671899--7671977	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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