genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19817251--19817441	39	4.9	39	94	0	319	21	31	23	24	1.98
19824745--19824913	39	4.3	39	88	0	212	21	31	23	23	1.98
19824775--19824913	39	3.5	39	92	1	224	21	32	22	23	1.98
19826594--19826744	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
19826631--19826760	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
19829362--19829547	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00
19829362--19829580	80	2.8	80	80	11	245	26	21	26	25	2.00
19836839--19836944	42	2.5	42	95	1	187	29	15	33	22	1.94
19836952--19837021	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
19849936--19850086	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
19849972--19850102	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
19857940--19858090	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
19857976--19858106	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
19859478--19859521	22	2.0	23	90	4	72	29	0	43	27	1.55
19859543--19859646	34	3.1	34	77	12	108	26	23	24	25	2.00
19860921--19861085	45	3.7	45	90	0	233	23	15	27	34	1.94
19863054--19863105	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19863081--19863146	21	3.2	21	66	23	59	18	25	24	31	1.97
19863081--19863161	40	2.0	40	90	0	126	20	28	20	29	1.98
19863081--19863140	19	3.1	19	69	13	50	18	26	23	31	1.97
19870240--19870291	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19870338--19870397	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19876738--19876886	43	3.5	42	78	6	149	32	26	16	25	1.96
19880152--19880299	40	3.7	40	90	5	212	21	29	26	22	1.99
19880120--19880299	80	2.2	80	82	5	213	22	28	25	23	1.99
19891466--19891563	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
19903777--19903874	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
19906666--19906993	40	8.2	39	80	8	333	26	27	22	24	2.00
19906666--19906993	120	2.7	121	81	6	382	26	27	22	24	2.00
19906693--19906997	80	3.8	80	94	0	511	24	26	22	25	2.00
19911595--19912220	47	13.3	47	93	0	1027	32	9	29	27	1.89
19912341--19912420	37	2.2	37	90	0	124	22	23	32	21	1.98
19915570--19915747	46	3.9	44	72	15	119	28	16	29	25	1.97
19918983--19919165	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
19926379--19926506	47	2.8	43	81	11	148	27	18	30	23	1.98
19926529--19926661	47	2.9	47	85	7	191	28	19	29	22	1.98
19937885--19937992	38	2.8	38	94	1	189	23	22	14	39	1.91
19937908--19938009	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
19938200--19938318	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
19938200--19938318	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
19938369--19938407	20	2.0	20	100	0	78	30	20	10	38	1.86
19938451--19938498	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
19940725--19940900	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
19940721--19940892	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19943850--19943918	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
19943841--19943928	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
19946312--19946487	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
19946308--19946479	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
19954531--19954638	38	2.8	38	94	1	189	23	22	14	39	1.91
19954554--19954655	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
19954847--19954940	24	4.0	24	82	13	115	26	24	21	27	1.99
19954868--19954939	22	3.1	23	90	9	112	27	23	20	27	1.99
19954991--19955029	20	2.0	20	100	0	78	30	20	10	38	1.86
19955073--19955120	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
19961320--19961449	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
19967194--19967245	28	1.9	26	84	7	68	46	0	7	46	1.31
19969760--19969883	55	2.3	55	84	0	149	22	36	18	22	1.95
19983684--19983845	86	1.9	87	82	13	210	31	27	17	23	1.97
19996258--19996341	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
19996212--19996435	49	4.5	49	88	2	304	25	18	27	29	1.98
20000805--20000874	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
20000805--20000886	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
20007630--20007740	40	2.8	40	85	9	138	22	28	25	23	1.99
20007614--20007777	40	4.1	40	77	4	136	22	28	24	25	2.00
20015145--20015274	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
20015145--20015311	40	4.2	40	79	5	153	22	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20019522--20019650	40	3.3	38	82	5	159	24	27	23	24	2.00
20019522--20019687	79	2.1	79	83	6	203	23	27	22	26	2.00
20019538--20019687	40	3.8	38	82	11	144	22	27	23	26	2.00
20022730--20022800	27	2.6	28	93	2	117	29	12	26	30	1.93
20022754--20022811	27	2.1	27	87	0	80	32	15	20	31	1.94
20024585--20024640	15	3.7	15	75	15	62	12	12	12	62	1.55
20026909--20026942	17	2.0	17	100	0	68	29	29	17	23	1.97
20026859--20026988	66	2.0	67	93	1	226	25	20	25	28	1.99
20026926--20027042	49	2.4	49	89	0	180	25	19	25	29	1.99
20031808--20031937	65	2.0	65	98	0	251	30	13	23	33	1.93
20035384--20035487	55	1.9	55	86	4	147	25	17	24	33	1.96
20035485--20035769	56	5.1	56	87	1	367	29	14	22	33	1.94
20035485--20035769	111	2.6	112	85	5	391	29	14	22	33	1.94
20036273--20036313	20	2.0	20	86	9	57	58	7	0	34	1.26
20041142--20041294	39	3.9	39	93	0	252	24	20	31	24	1.98
20041143--20041325	39	4.6	39	90	0	249	24	21	30	23	1.99
20041149--20041363	78	2.7	79	82	5	186	25	21	30	22	1.99
20044401--20044549	39	3.9	38	84	6	176	25	20	29	24	1.99
20044436--20044508	36	2.2	32	80	17	87	26	21	30	21	1.99
20044406--20044550	75	1.9	76	87	1	211	25	21	29	23	1.99
20052397--20052549	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
20052398--20052580	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20052404--20052618	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
20058987--20059042	27	2.0	28	86	3	78	44	1	10	42	1.49
20067945--20068020	28	2.7	28	83	4	91	31	17	27	23	1.97
20069776--20069891	58	2.0	58	96	0	214	30	9	18	41	1.83
20074281--20074625	27	12.9	27	77	9	269	43	18	7	30	1.78
20074280--20074625	81	4.3	79	78	8	315	43	18	8	30	1.79
20077083--20077159	27	2.9	27	84	0	91	37	16	15	29	1.90
20078600--20078719	43	2.8	43	87	2	152	30	27	20	22	1.98
20090201--20090407	40	5.2	40	84	3	249	26	27	21	25	2.00
20098345--20098550	40	5.2	40	84	2	245	26	27	20	25	1.99
20100974--20101051	33	2.4	33	88	0	111	17	21	12	47	1.81
20102788--20102863	38	2.0	38	94	0	134	27	22	17	32	1.96
20109032--20109163	45	2.9	45	92	2	221	23	23	28	25	2.00
20110552--20110578	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
20112563--20112625	30	2.1	31	87	3	92	25	26	20	26	1.99
20116745--20116783	20	1.9	20	84	5	51	23	25	20	30	1.98
20137126--20137293	40	4.2	39	75	7	133	27	23	26	22	1.99
20143517--20143626	46	2.4	47	87	4	152	27	28	9	35	1.87
20143626--20143809	46	4.0	45	97	1	307	31	27	6	34	1.82
20143600--20143809	92	2.3	91	90	3	287	30	28	7	33	1.84
20146613--20146681	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
20146604--20146691	30	3.0	30	83	8	108	10	17	17	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20149073--20149248	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
20149069--20149240	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
20157301--20157408	38	2.8	38	94	1	189	23	22	14	39	1.91
20157324--20157425	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
20157616--20157710	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
20157616--20157709	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
20157761--20157799	20	2.0	20	100	0	78	30	20	10	38	1.86
20160271--20160433	46	3.5	46	85	1	211	22	21	26	29	1.99
20160271--20160436	69	2.4	69	84	7	228	22	21	25	29	1.99
20160271--20160436	23	7.2	23	79	8	185	22	21	25	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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