genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  261  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75081367--75081420	24	2.4	23	75	9	58	33	5	1	59	1.31
75082293--75082321	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
75082570--75082635	33	2.0	33	100	0	132	33	27	18	21	1.96
75084240--75084411	90	1.9	90	85	4	238	38	8	7	45	1.64
75087121--75087164	23	2.0	22	86	13	63	20	9	4	65	1.38
75088004--75088052	21	2.2	23	82	7	57	55	4	2	38	1.31
75088129--75088159	11	2.9	11	95	4	55	41	0	0	58	0.98
75089995--75090037	19	2.2	20	87	8	61	32	0	6	60	1.23
75106544--75106587	21	2.1	21	83	8	54	77	4	13	4	1.08
75106781--75106862	37	2.2	37	100	0	164	18	10	52	18	1.73
75106956--75106997	16	2.5	17	85	14	61	7	0	38	54	1.28
75107138--75107359	109	2.0	110	90	4	349	40	15	14	28	1.87
75112623--75112651	14	2.1	14	100	0	58	27	27	17	27	1.97
75113930--75114081	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
75113930--75114081	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
75121927--75122077	40	3.8	39	84	2	151	23	27	23	26	2.00
75121927--75122077	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
75127136--75127168	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
75127681--75127709	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
75127737--75127775	16	2.2	19	86	13	57	48	5	5	41	1.47
75128875--75128910	16	2.2	16	90	5	54	11	11	55	22	1.66
75133260--75133299	20	2.0	20	85	9	55	42	0	2	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75133460--75133494	17	2.0	18	88	5	54	40	2	0	57	1.14
75134412--75134653	133	1.8	133	86	0	349	37	19	18	24	1.94
75135268--75135334	35	1.9	34	82	14	84	58	8	5	26	1.52
75135497--75135546	22	2.3	23	89	6	77	56	0	2	42	1.11
75137110--75137694	51	12.7	48	71	15	337	27	20	19	31	1.97
75137111--75137692	45	12.7	45	69	17	267	27	20	19	31	1.97
75137102--75137696	137	4.3	137	93	0	958	26	20	20	32	1.97
75149405--75149515	47	2.4	47	83	6	145	36	23	15	25	1.94
75151718--75151984	132	2.0	132	86	2	376	35	19	17	27	1.94
75152814--75152867	26	2.1	26	89	6	83	55	0	1	42	1.10
75157613--75157692	21	3.9	21	80	9	94	43	20	21	15	1.87
75164061--75164115	21	2.7	21	94	2	94	21	16	18	43	1.88
75168781--75168829	23	2.1	23	96	0	89	14	16	14	55	1.70
75171541--75171573	13	2.4	14	85	10	50	51	0	15	33	1.43
75190005--75190281	137	2.0	138	95	0	502	40	17	10	31	1.83
75194329--75194425	30	3.2	30	81	8	117	28	19	17	34	1.95
75195203--75195251	20	2.5	19	87	12	64	36	2	2	59	1.21
75197810--75197841	7	4.6	7	100	0	64	0	12	0	87	0.54
75198932--75198970	10	3.8	10	83	6	51	25	7	0	66	1.18
75201383--75201451	31	2.2	31	84	0	84	52	4	8	34	1.52
75202625--75202673	18	2.6	19	90	6	73	28	0	2	69	1.00
75206345--75206424	26	3.3	25	79	17	64	43	1	2	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75209715--75209915	52	4.0	52	75	10	166	24	15	28	30	1.96
75211207--75211254	20	2.4	20	92	0	78	54	0	16	29	1.43
75214994--75215053	25	2.4	25	82	0	75	73	6	6	13	1.24
75215603--75215650	25	1.9	25	86	0	69	12	6	8	72	1.26
75215603--75215658	25	2.2	25	83	0	67	14	5	8	71	1.29
75215979--75216021	20	2.1	21	86	4	61	46	2	0	51	1.13
75221960--75221998	20	2.0	20	94	0	69	23	41	25	10	1.86
75226805--75226846	13	3.2	13	89	3	57	78	0	9	11	0.96
75226871--75226906	16	2.2	16	90	0	54	75	0	25	0	0.81
75229670--75229839	47	3.6	47	94	0	295	22	19	29	28	1.98
75234497--75234535	4	9.8	4	100	0	78	51	25	0	23	1.49
75236724--75236792	33	2.1	33	86	5	95	37	8	21	31	1.84
75252012--75252037	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
75254375--75254402	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
75254402--75254435	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
75254642--75254772	39	3.3	39	84	1	172	23	25	19	32	1.98
75255802--75255834	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
75255800--75255834	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
75255886--75255922	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
75271600--75271655	17	3.2	17	89	5	76	71	1	7	19	1.18
75271571--75271665	35	2.6	35	71	24	81	69	2	5	23	1.19
75272127--75272170	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75272196--75272230	15	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
75272263--75272319	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
75274165--75274225	18	3.4	18	80	13	72	67	9	0	22	1.20
75278492--75278580	33	2.7	33	81	8	110	32	23	10	33	1.88
75288182--75288313	61	2.2	60	82	6	151	44	11	18	25	1.83
75288403--75288461	30	2.0	29	83	9	75	37	1	11	49	1.50
75289148--75289180	17	1.9	17	100	0	66	78	3	0	18	0.87
75289146--75289185	19	2.1	19	95	0	71	75	5	0	20	0.99
75289150--75289179	16	1.9	15	93	6	51	80	3	0	16	0.85
75295166--75295212	25	2.0	23	83	8	58	63	10	0	25	1.26
75295291--75295344	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
75295292--75295408	25	4.7	25	72	10	78	58	4	5	30	1.41
75295544--75295600	29	2.0	29	89	6	89	63	0	10	26	1.27
75295560--75295600	14	2.8	15	75	20	50	60	0	9	29	1.28
75295542--75295640	43	2.3	43	81	6	103	62	3	9	25	1.39
75295526--75295609	29	2.9	27	76	15	78	60	0	9	29	1.28
75296144--75296170	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
75296547--75296584	17	2.2	17	100	0	76	63	0	7	28	1.23
75299322--75299366	8	5.4	8	80	19	56	26	0	2	71	0.98
75299321--75299365	13	3.5	13	76	11	56	24	0	2	73	0.95
75299320--75299374	26	2.1	26	100	0	110	25	0	5	69	1.10
75299472--75299528	22	2.5	24	75	13	66	59	0	3	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75300521--75300577	28	2.0	28	100	0	114	29	7	14	49	1.69
75302200--75302229	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
75302404--75302446	16	2.7	15	75	10	50	58	6	9	25	1.54
75303972--75304750	180	4.4	179	81	6	845	28	23	17	30	1.97
75305104--75305345	64	3.8	64	91	0	367	38	13	16	31	1.88
75305376--75305408	14	2.4	14	100	0	66	33	6	9	51	1.58
75312105--75312147	16	2.7	15	75	10	50	58	6	9	25	1.54
75313668--75314449	180	4.4	179	81	5	849	28	23	18	30	1.97
75314789--75315041	64	4.0	64	88	0	362	38	15	15	30	1.89
75315075--75315107	14	2.4	14	100	0	66	33	6	9	51	1.58
75317098--75317212	44	2.6	45	84	8	146	36	13	22	26	1.92
75324444--75324558	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
75324444--75324577	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
75326086--75326128	22	2.0	22	86	9	61	4	11	0	83	0.78
75331445--75331478	12	2.6	13	86	13	52	67	0	2	29	1.05
75331445--75331478	13	2.7	12	90	9	50	67	0	2	29	1.05
75332945--75333059	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
75332945--75333078	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
75339086--75339200	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
75339086--75339219	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
75340660--75340702	16	2.7	15	75	10	50	58	6	9	25	1.54
75352899--75352964	33	2.0	33	94	2	116	53	33	3	10	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75356514--75356590	20	3.9	20	73	19	63	40	3	7	48	1.51
75356504--75356563	18	3.2	17	75	20	57	38	5	6	50	1.51
75357069--75357104	18	2.0	18	94	0	63	11	27	30	30	1.91
75374384--75374440	29	2.0	29	86	13	82	47	8	0	43	1.34
75374450--75374486	2	17.5	2	89	10	56	45	2	2	48	1.30
75380500--75380536	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
75397144--75397200	30	1.9	30	92	0	96	38	10	26	24	1.88
75403187--75403252	32	2.1	32	100	0	132	39	12	0	48	1.40
75407639--75407751	42	2.7	41	88	2	154	29	26	14	30	1.95
75407824--75407970	31	4.7	31	85	6	208	27	27	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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