genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27410083--27412712	288	9.2	286	87	1	3672	31	19	19	29	1.96
27410083--27412712	574	4.6	573	87	1	3717	31	19	19	29	1.96
27412712--27417185	286	15.6	288	83	4	5367	32	19	17	30	1.95
27412712--27417185	574	7.8	574	83	4	5352	32	19	17	30	1.95
27418607--27418782	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
27418603--27418774	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
27421727--27421795	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
27421718--27421805	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
27423723--27423898	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
27423719--27423890	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
27425210--27442589	286	60.3	288	83	4	20434	32	19	18	29	1.96
27425210--27442589	580	30.2	576	83	4	20311	32	19	18	29	1.96
27435508--27436011	250	2.0	251	86	1	708	30	21	19	28	1.98
27438962--27439011	26	1.9	26	95	0	91	72	0	10	18	1.12
27442758--27442838	19	4.2	19	93	3	126	34	9	18	37	1.84
27444327--27444366	18	2.2	18	100	0	80	10	50	15	25	1.74
27444457--27445287	285	3.1	261	78	9	901	31	20	18	29	1.96
27444722--27446148	285	5.0	285	84	2	1754	32	19	18	29	1.96
27444718--27446148	577	2.5	572	87	2	2028	32	19	18	29	1.96
27444345--27446148	862	2.1	836	82	5	2154	32	20	18	29	1.96
27447581--27447919	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
27447888--27448091	40	5.1	40	91	1	284	24	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27454957--27455295	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
27455264--27455466	40	5.1	40	90	2	275	24	21	26	28	1.99
27456887--27460461	293	12.3	294	84	4	4198	33	19	18	28	1.96
27456932--27460398	864	4.0	865	83	5	4023	33	19	18	28	1.96
27460256--27460676	217	1.9	217	89	0	644	27	24	20	27	1.99
27460467--27463435	295	9.7	295	73	12	2273	31	19	19	28	1.97
27460465--27461862	589	2.4	589	88	2	2038	32	19	20	28	1.97
27461650--27462057	217	1.9	217	89	1	638	26	24	21	28	1.99
27461898--27462255	181	2.0	181	94	0	626	25	24	18	31	1.98
27463223--27463638	217	1.9	217	91	0	688	26	24	21	26	2.00
27462920--27463948	514	2.0	514	88	0	1504	30	20	20	28	1.98
27463435--27466696	296	10.7	294	75	11	2613	32	19	19	28	1.96
27463435--27466699	591	5.4	589	74	12	2842	32	19	19	28	1.96
27464622--27465044	217	1.9	217	91	0	693	26	24	21	26	1.99
27464868--27465225	181	2.0	181	93	0	617	26	25	18	29	1.98
27465048--27466696	595	2.8	589	87	3	2318	33	19	18	28	1.96
27466521--27466882	181	2.0	181	92	0	598	26	23	17	32	1.97
27466702--27467462	287	2.6	293	84	2	1043	31	19	18	29	1.96
27465926--27469769	769	5.0	771	94	1	6619	31	19	18	29	1.96
27468085--27468410	180	1.8	181	92	0	555	26	22	19	32	1.97
27468819--27469180	181	2.0	181	90	0	571	25	24	18	30	1.98
27469000--27469950	297	3.2	296	88	1	1417	32	19	19	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27469694--27470214	264	2.0	265	93	1	893	35	18	17	28	1.94
27471100--27472248	294	3.9	296	86	2	1612	33	18	18	28	1.95
27471988--27473037	262	4.0	262	89	2	1579	33	19	18	28	1.95
27472776--27473623	294	2.9	294	86	2	1179	33	18	18	29	1.95
27473923--27474451	265	2.0	264	92	1	891	35	19	18	27	1.95
27474190--27475040	294	2.9	294	86	2	1195	34	19	17	28	1.95
27469095--27476758	855	9.0	842	82	8	8791	33	19	18	28	1.95
27475040--27476194	297	3.9	297	89	1	1748	33	19	18	28	1.95
27476197--27476867	297	2.3	297	93	0	1146	33	19	18	28	1.95
27483820--27483875	26	2.2	26	83	0	67	28	19	17	33	1.95
27489438--27489588	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
27489474--27489604	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
27493363--27493457	40	2.4	39	81	6	102	24	27	20	28	1.99
27493393--27493512	40	3.1	40	88	7	176	20	28	21	29	1.98
27493393--27493575	76	2.4	78	81	7	194	22	28	22	26	1.99
27493393--27493575	38	4.7	39	81	9	169	22	28	22	26	1.99
27499519--27499559	21	2.0	22	85	9	59	36	48	0	14	1.44
27499590--27499696	27	3.9	27	85	9	137	38	21	23	16	1.93
27499587--27499696	54	2.0	54	87	3	159	39	20	23	16	1.92
27506227--27506262	6	6.0	6	100	0	72	33	0	16	50	1.46
27506383--27506698	96	3.3	96	88	0	454	30	19	25	25	1.98
27506382--27506698	48	6.6	48	82	1	393	30	19	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27506382--27506802	48	8.9	48	77	4	289	28	19	25	25	1.99
27506382--27506745	144	2.5	143	80	4	410	29	19	25	25	1.98
27519507--27519682	43	4.1	43	92	1	284	13	24	32	29	1.93
27529936--27529981	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
27539729--27539776	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
27539820--27539878	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
27539824--27539878	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
27539929--27540070	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
27539929--27540070	46	3.0	47	88	7	198	28	21	22	26	1.99
27540262--27540325	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
27547818--27547865	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
27547909--27547947	20	2.0	20	100	0	78	38	10	20	30	1.86
27547998--27548117	24	5.0	24	90	3	170	28	22	22	26	1.99
27548204--27548342	24	5.8	24	89	5	194	27	22	23	27	1.99
27548204--27548342	47	2.9	47	89	6	192	27	22	23	27	1.99
27548534--27548597	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
27549312--27549480	46	3.7	46	77	13	193	22	21	27	28	1.99
27556591--27556705	41	2.8	39	88	6	151	24	26	22	26	2.00
27556592--27556744	41	3.8	40	81	7	150	24	26	22	27	2.00
27564540--27564707	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
27564556--27564705	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
27567412--27567523	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27567412--27567523	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
27576106--27576199	40	2.4	39	83	3	107	32	25	18	23	1.97
27579792--27580012	40	5.6	40	92	1	347	22	21	30	25	1.99
27583434--27583471	8	4.9	8	83	3	51	2	31	0	65	1.06
27586351--27586411	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27588299--27588389	34	2.7	34	82	1	121	28	18	23	29	1.98
27590804--27590876	37	2.0	37	100	0	146	21	8	30	39	1.83
27594359--27594443	34	2.5	34	80	0	98	31	23	21	23	1.98
27599229--27599365	40	3.4	40	84	0	148	32	26	16	24	1.96
27607676--27608670	148	6.7	148	91	1	1539	32	21	14	30	1.93
27607676--27608670	295	3.4	295	90	1	1530	32	21	14	30	1.93
27607676--27608670	443	2.2	442	92	0	1641	32	21	14	30	1.93
27608992--27620851	298	39.9	298	97	0	22297	27	20	20	32	1.97
27622253--27622355	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
27630041--27630142	29	3.6	28	83	2	123	21	16	32	29	1.95
27630654--27634710	297	13.7	296	90	2	6242	28	18	19	33	1.96
27640757--27640916	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
27640757--27640916	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
27642936--27645905	296	10.1	296	89	2	4400	28	19	19	32	1.96
27646694--27646860	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
27654692--27654858	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
27658249--27658421	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27658246--27658416	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
27659747--27659998	68	3.8	64	76	8	197	30	16	28	24	1.97
27661080--27661110	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
27661614--27661694	39	2.1	39	100	0	162	30	13	24	30	1.94
27666263--27666406	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
27672215--27672397	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
27681295--27681498	40	5.1	39	83	4	221	26	26	21	25	1.99
27681467--27681803	121	2.8	122	93	1	559	33	25	10	29	1.90
27684673--27684853	79	2.3	79	81	4	195	26	20	27	25	1.99
27684673--27684839	40	4.2	40	79	7	187	25	20	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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