genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22581736--22581865	29	4.5	29	93	0	226	26	30	14	29	1.95
22590003--22590163	29	5.6	29	82	2	182	24	16	32	25	1.96
22597874--22598018	43	3.4	43	78	6	143	25	15	25	33	1.95
22597901--22598018	43	2.8	42	79	6	148	26	16	24	32	1.96
22603201--22603331	46	2.8	46	89	0	208	20	22	28	29	1.98
22607061--22607104	18	2.4	18	96	0	79	43	2	11	43	1.53
22613191--22613247	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
22613494--22613534	21	1.9	22	90	5	66	26	2	0	70	0.99
22615240--22615268	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
22615350--22615393	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
22622137--22622256	48	2.7	41	81	11	114	29	19	25	26	1.98
22627891--22627941	25	2.0	25	92	0	84	43	7	27	21	1.80
22630079--22630180	28	3.6	28	85	0	141	22	15	35	26	1.94
22631434--22631470	18	2.1	19	85	10	51	45	10	16	27	1.80
22634094--22634879	48	17.0	48	81	10	840	34	5	28	31	1.81
22634094--22634879	96	8.5	96	81	9	945	34	5	28	31	1.81
22634094--22634879	144	5.7	144	79	10	945	34	5	28	31	1.81
22634274--22634346	36	2.0	36	100	0	146	30	2	31	35	1.72
22634508--22634567	15	4.1	14	95	4	86	33	0	26	40	1.57
22634515--22634567	15	3.5	15	100	0	106	32	0	26	41	1.56
22634508--22634567	30	2.1	28	93	6	102	33	0	26	40	1.57
22634460--22634615	78	2.0	76	93	2	267	33	3	27	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22634930--22635031	37	2.8	37	95	0	186	24	18	32	24	1.97
22637801--22638044	40	6.1	40	85	2	285	27	26	20	25	1.99
22638013--22638351	123	2.8	123	95	0	588	33	25	11	30	1.90
22642175--22642235	28	2.2	28	81	0	68	27	14	29	27	1.95
22642196--22642250	28	2.0	28	85	0	74	30	12	30	25	1.93
22648309--22648346	14	2.9	13	81	11	51	21	13	7	57	1.60
22651494--22651528	18	1.9	18	94	0	61	45	25	11	17	1.81
22665915--22666098	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
22665955--22666143	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
22670182--22670365	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
22670222--22670410	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
22678297--22678480	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
22678337--22678525	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
22680615--22680729	27	4.3	26	82	7	122	37	19	22	20	1.94
22680617--22680729	54	2.1	53	85	3	145	38	17	23	21	1.94
22690586--22690753	24	7.0	24	97	1	320	38	27	16	17	1.91
22690586--22690753	71	2.3	72	96	2	320	38	27	16	17	1.91
22698499--22698595	24	4.0	24	97	0	176	39	27	15	17	1.90
22701794--22701867	28	2.7	28	87	2	96	31	18	25	24	1.98
22712403--22712528	46	2.7	46	92	2	200	21	20	26	30	1.98
22715420--22715502	41	2.0	41	97	0	157	43	12	8	36	1.72
22726156--22726189	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22729683--22729780	46	2.1	46	98	0	187	35	15	16	32	1.90
22731404--22731461	24	2.5	24	80	2	64	20	22	15	41	1.90
22736599--22736828	49	4.7	49	91	1	352	33	8	28	30	1.86
22736869--22736955	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
22748402--22748493	28	3.3	28	90	0	130	23	34	15	26	1.94
22748718--22748748	16	1.9	16	93	0	53	9	22	19	48	1.78
22751259--22751444	40	4.7	40	89	5	252	27	26	20	24	1.99
22755804--22755952	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
22755845--22755952	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
22763573--22763721	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
22763614--22763721	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
22770538--22770722	40	4.7	40	87	6	252	27	27	21	24	1.99
22770505--22770722	79	2.7	78	84	8	273	26	26	21	25	2.00
22776714--22776785	27	2.7	27	84	0	90	18	26	20	34	1.95
22778513--22778707	48	4.0	48	89	2	266	32	30	15	20	1.94
22787152--22787202	23	2.4	22	84	12	70	21	0	1	76	0.88
22787325--22787357	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
22787343--22787402	23	2.6	23	81	5	59	21	5	0	73	1.02
22787328--22787386	12	4.9	12	82	17	54	27	1	0	71	0.96
22789832--22789923	45	2.0	45	97	0	175	45	6	16	31	1.72
22790371--22790475	35	3.0	35	73	2	95	37	19	19	24	1.94
22797145--22797295	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22797182--22797311	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
22803802--22803840	21	2.0	21	90	10	64	66	0	20	12	1.24
22805124--22805274	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
22805161--22805290	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
22808076--22808124	16	3.1	16	85	5	55	10	24	14	51	1.73
22808096--22808145	15	3.3	15	78	15	50	6	22	14	58	1.58
22810519--22810699	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
22810521--22810691	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
22823113--22823158	22	2.1	22	95	0	83	41	6	23	28	1.79
22823066--22823202	69	2.0	69	89	0	211	37	8	27	27	1.86
22823135--22823552	47	8.9	47	90	2	599	34	11	28	25	1.91
22823200--22823322	22	5.3	22	63	30	60	31	13	30	25	1.93
22823222--22823296	23	3.2	23	63	29	59	32	10	29	28	1.90
22823389--22823463	22	3.3	22	67	17	62	33	13	28	25	1.93
22823526--22823644	46	2.6	46	93	0	202	35	10	30	24	1.88
22825153--22825398	40	6.2	40	95	0	429	26	20	26	26	1.99
22825426--22825593	57	2.9	57	87	0	228	23	17	27	30	1.97
22825458--22825559	29	3.6	29	78	7	109	23	16	30	29	1.96
22825487--22825586	28	3.5	28	81	8	130	21	17	30	32	1.95
22828937--22829503	47	12.1	47	90	0	823	35	11	28	25	1.91
22829245--22829366	22	5.3	22	62	30	58	31	13	30	25	1.93
22829477--22829595	46	2.6	46	91	0	193	35	9	31	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22831303--22831332	15	1.9	16	93	6	53	20	3	23	53	1.60
22835763--22835932	81	2.1	80	96	2	313	24	8	22	44	1.80
22837681--22837709	8	3.6	8	100	0	58	27	0	34	37	1.57
22842736--22842805	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
22842736--22842817	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
22850757--22850826	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
22850757--22850838	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
22858219--22858325	42	2.5	43	75	6	110	29	18	21	29	1.97
22870126--22870345	40	5.6	40	89	2	322	27	22	27	22	1.99
22883762--22883935	46	3.8	46	78	14	207	21	20	28	29	1.98
22883759--22883928	93	1.8	92	96	1	313	21	21	28	28	1.98
22889010--22889127	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22888978--22889141	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
22895842--22896039	71	2.8	70	89	5	276	34	17	28	19	1.95
22895876--22896039	71	2.3	71	96	0	301	35	17	28	18	1.94
22908758--22908827	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
22911987--22912115	46	2.8	46	97	0	240	20	20	28	30	1.98
22915200--22915241	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
22920727--22920835	37	2.9	37	93	0	173	28	31	17	22	1.97
22920880--22921552	48	14.0	48	92	0	1098	31	27	6	34	1.82
22925123--22925514	40	9.8	40	92	0	568	25	28	21	24	1.99
22926783--22926891	37	2.9	37	87	5	157	27	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22926936--22927513	48	12.0	48	89	1	881	32	27	5	35	1.80
22930839--22930885	16	2.9	16	80	0	58	48	14	19	17	1.81
22931106--22931246	28	5.0	29	85	1	171	26	13	30	29	1.94
22931106--22931241	57	2.4	58	85	3	179	26	13	31	27	1.94
22931289--22931319	15	2.1	15	100	0	62	25	12	29	32	1.93
22936014--22936217	42	4.8	42	84	3	248	30	21	14	33	1.93
22939606--22939737	29	4.5	29	97	1	237	37	14	23	24	1.92
22939606--22939737	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
22939576--22939737	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	25	1.93
22945620--22945777	42	3.7	42	84	3	192	28	22	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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