genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  63  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18854513--18854589	9	7.9	9	70	16	55	35	10	20	33	1.87
18854511--18854593	20	4.2	20	96	0	148	36	13	19	31	1.90
18854648--18854812	24	7.0	24	86	8	214	28	22	22	26	1.99
18854648--18854813	47	3.5	46	86	9	212	28	22	22	26	1.99
18854648--18854812	70	2.3	70	88	7	251	28	22	22	26	1.99
18855006--18855069	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
18857896--18858165	27	9.8	27	77	11	219	29	22	7	40	1.81
18857945--18858121	89	2.0	90	83	3	223	28	23	6	41	1.79
18857996--18858068	36	2.0	36	89	5	112	26	32	4	36	1.75
18858117--18858369	27	9.3	27	76	7	136	39	20	8	32	1.82
18858426--18858518	27	3.4	27	88	2	125	35	20	24	19	1.96
18859756--18859832	9	7.9	9	70	16	55	35	10	20	33	1.87
18859754--18859836	20	4.2	20	96	0	148	36	13	19	31	1.90
18859890--18860056	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
18859890--18860056	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
18859890--18860055	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
18860246--18860309	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
18861021--18861150	50	2.6	49	87	1	179	25	15	26	33	1.95
18861362--18861391	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
18863017--18863265	40	6.2	40	81	1	284	33	16	27	22	1.96
18863019--18863251	121	1.9	120	84	4	308	33	16	28	21	1.95
18869002--18869177	46	3.8	46	76	12	180	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18868999--18869170	93	1.8	93	92	0	290	23	21	27	27	1.99
18881753--18881915	43	3.8	42	80	7	159	27	14	25	32	1.94
18881753--18881915	86	1.9	85	82	3	202	27	14	25	32	1.94
18893785--18893973	40	4.8	40	79	12	178	24	23	27	24	2.00
18893745--18893973	79	2.9	79	80	8	225	25	22	27	24	2.00
18893864--18894014	79	1.9	80	81	1	187	22	25	28	23	1.99
18893785--18894014	119	1.9	118	79	6	250	23	23	27	24	2.00
18898825--18898997	45	3.8	48	78	15	170	28	28	20	21	1.98
18898830--18898997	91	1.8	91	93	3	293	28	29	20	21	1.98
18899417--18899476	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
18906375--18906546	46	3.7	46	76	13	165	30	27	19	22	1.98
18906380--18906549	92	1.8	93	86	3	245	30	28	20	21	1.98
18906969--18907027	30	2.0	30	89	0	91	27	27	8	37	1.85
18908691--18908749	26	2.1	29	84	9	79	33	33	22	10	1.87
18910232--18910402	48	3.5	46	73	7	126	19	19	29	30	1.97
18910232--18910407	98	1.8	97	81	4	221	19	19	28	31	1.97
18916526--18916554	10	2.7	11	89	10	51	89	0	10	0	0.48
18919055--18919092	4	9.2	4	83	16	51	73	2	2	21	1.07
18920500--18920564	24	2.7	24	76	9	60	35	3	33	27	1.73
18921907--18922011	27	3.9	27	82	2	131	41	18	8	31	1.80
18921909--18922092	27	6.9	26	77	7	129	40	19	7	32	1.80
18921903--18922093	80	2.4	82	78	6	194	39	20	7	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18922074--18922133	27	2.2	27	84	0	75	41	18	11	28	1.85
18922566--18922634	27	2.6	26	77	6	66	21	18	17	42	1.90
18922906--18922973	27	2.6	27	76	2	66	23	19	27	29	1.98
18934232--18934342	43	2.6	42	76	12	109	24	18	21	35	1.96
18939623--18939749	39	3.2	39	89	1	191	25	32	19	22	1.98
18942977--18943059	43	1.9	43	92	0	139	34	26	10	27	1.90
18949587--18949768	78	2.3	81	85	6	248	25	27	21	24	2.00
18949585--18949768	40	4.7	40	84	8	243	26	27	21	24	1.99
18953545--18953653	34	3.2	34	86	1	157	24	21	24	29	1.99
18961323--18961423	34	3.0	34	91	1	150	27	21	23	26	1.99
18962634--18962669	15	2.4	15	90	0	54	22	11	16	50	1.77
18964813--18964971	86	1.9	85	80	11	191	32	26	17	23	1.97
18966563--18966772	40	5.3	40	82	2	203	26	26	23	23	2.00
18974087--18974163	29	2.7	29	85	2	102	27	16	32	23	1.96
18981933--18982010	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
18985603--18985747	40	3.6	40	86	1	193	27	27	20	24	1.99
18991787--18991943	43	3.7	43	73	10	142	25	17	27	29	1.98
18996397--18996473	29	2.7	29	91	0	118	28	31	15	24	1.96
18999673--18999895	54	4.2	54	74	4	191	39	17	22	19	1.92
19000093--19000195	51	2.0	51	98	0	197	33	23	23	20	1.97
19004715--19004871	43	3.7	43	72	10	124	26	17	24	30	1.97
19009718--19010025	38	8.1	38	88	2	440	18	20	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19014487--19014603	42	2.8	42	78	8	114	23	19	24	31	1.98
19022929--19023200	49	5.7	48	76	8	236	24	29	18	27	1.98
19022905--19023200	94	3.1	93	77	13	291	24	29	18	27	1.98
19026641--19026700	31	1.9	31	86	0	84	26	20	18	35	1.95
19026897--19027086	24	8.0	24	91	4	287	25	21	23	28	1.99
19026896--19027087	47	4.0	48	90	4	282	25	21	23	29	1.99
19026897--19027087	71	2.7	72	90	4	298	25	21	23	29	1.99
19027144--19027200	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
19027140--19027202	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
19027239--19027286	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
19028524--19028779	27	9.6	27	84	4	306	39	8	23	28	1.85
19028525--19028779	132	1.9	135	85	4	356	39	9	22	29	1.85
19031828--19032009	49	3.6	51	77	5	158	29	26	19	24	1.98
19034939--19035090	67	2.2	70	81	9	190	34	17	27	21	1.95
19036229--19036260	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19040340--19040478	50	2.8	50	87	3	183	30	27	15	26	1.96
19042904--19043147	49	4.9	50	82	2	258	28	18	24	29	1.98
19048859--19049048	50	3.8	49	78	8	188	27	17	24	29	1.98
19056163--19056248	40	2.2	40	100	0	172	20	20	30	27	1.98
19056163--19056275	40	2.8	40	90	4	149	23	22	29	25	1.99
19057521--19057703	27	6.8	27	85	0	69	32	23	8	35	1.84
19057505--19057634	54	2.4	54	82	5	138	30	24	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19057532--19057689	54	2.9	54	85	0	199	30	23	8	37	1.84
19057586--19057949	54	6.7	54	74	7	175	37	19	9	32	1.84
19057502--19057703	81	2.5	81	76	0	206	33	23	8	34	1.85
19057640--19057859	27	8.2	27	76	6	178	39	22	8	29	1.84
19057654--19057884	27	8.6	27	75	7	175	41	20	8	29	1.82
19057897--19057949	27	2.0	27	88	7	81	43	11	11	33	1.76
19057961--19058067	27	3.9	27	75	12	94	38	20	20	20	1.94
19058814--19058844	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
19058875--19058943	25	2.8	24	91	2	102	27	26	21	24	1.99
19058875--19058956	24	3.4	24	88	5	103	30	23	21	24	1.99
19059159--19059298	31	4.5	31	92	0	226	27	17	25	30	1.97
19059774--19059943	41	4.2	40	74	18	161	28	27	21	22	1.99
19068109--19068278	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
19071461--19071510	24	2.2	23	82	13	59	32	6	34	28	1.81
19073034--19073200	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
19081013--19081179	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
19083179--19083207	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
19084348--19084502	43	3.7	41	68	19	97	24	16	28	30	1.96
19090422--19090496	31	2.4	31	95	0	132	26	26	17	29	1.97
19090520--19090611	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
19090744--19090879	26	5.3	26	84	3	172	28	21	20	29	1.98
19090744--19090879	52	2.7	50	89	5	195	28	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19090929--19091015	20	4.3	20	89	2	131	29	18	11	40	1.86
19090929--19091004	11	7.5	11	66	16	56	28	18	11	40	1.86
19090946--19091022	9	7.8	10	69	16	54	31	18	10	40	1.84
19091727--19091799	27	2.7	26	72	16	67	23	19	19	38	1.93
19091928--19092031	27	3.9	27	81	8	115	41	10	19	28	1.84
19092010--19092233	27	8.3	27	77	9	134	34	8	20	37	1.82
19092092--19092239	54	2.7	54	79	0	161	37	6	20	35	1.80
19094441--19094584	31	4.7	31	83	4	161	27	23	17	31	1.97
19094608--19094699	42	2.2	42	88	3	132	35	20	13	30	1.91
19094832--19094967	26	5.3	26	85	3	172	27	22	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292