genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  6  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1598523--1598553	15	2.1	15	93	0	53	22	6	6	64	1.40
1607924--1607974	25	2.0	25	96	0	93	29	3	17	49	1.65
1609924--1610461	268	2.0	267	99	0	1067	36	17	11	34	1.86
1612960--1613021	31	2.0	31	100	0	124	38	16	16	29	1.90
1615283--1615365	36	2.3	36	76	0	94	34	27	10	26	1.90
1617113--1617141	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1619785--1619909	19	6.9	18	76	17	91	36	10	15	37	1.81
1619792--1619909	35	3.3	35	93	3	191	37	11	14	37	1.81
1619829--1619945	18	6.1	20	79	8	70	35	7	15	41	1.76
1621237--1621344	44	2.4	44	85	3	135	28	23	14	33	1.94
1622560--1622623	31	2.1	31	100	0	128	18	32	15	32	1.93
1623952--1624040	46	2.0	45	91	4	144	28	25	13	32	1.94
1631302--1631409	44	2.4	44	84	3	126	29	23	13	33	1.93
1638266--1638335	11	6.5	11	79	11	65	84	0	15	0	0.63
1638264--1638335	15	4.7	15	80	16	85	84	0	15	0	0.62
1638264--1638335	16	4.6	16	76	11	78	84	0	15	0	0.62
1639266--1639551	87	3.4	86	86	5	390	29	25	23	21	1.99
1639267--1639470	44	4.8	43	68	21	128	30	26	22	21	1.98
1640524--1640641	35	3.3	35	93	3	191	35	14	11	38	1.83
1640524--1640646	18	6.8	18	83	10	94	35	14	11	38	1.82
1647841--1647873	17	1.9	17	100	0	66	15	18	18	48	1.81
1652314--1652381	23	3.0	23	82	6	77	32	1	4	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1652450--1652488	21	1.9	21	89	5	62	41	15	2	41	1.61
1653202--1653253	17	2.9	18	86	13	65	7	3	3	84	0.85
1653202--1653255	18	3.0	17	84	15	65	7	3	5	83	0.91
1659334--1659448	58	2.0	60	82	3	144	36	15	14	33	1.89
1665439--1665467	9	3.2	9	100	0	58	58	0	0	41	0.98
1666957--1666990	16	2.1	17	88	5	52	64	5	2	26	1.30
1670893--1670991	47	2.1	48	84	1	128	20	18	22	39	1.92
1675066--1675475	206	2.0	204	86	0	568	25	19	19	35	1.95
1676556--1676604	5	9.8	5	95	0	89	38	2	20	38	1.64
1688304--1688392	24	3.8	24	74	16	87	43	23	17	14	1.86
1688300--1688392	47	2.0	48	82	6	118	43	23	19	13	1.87
1692031--1692068	19	2.0	20	84	5	51	21	5	13	60	1.52
1694121--1694151	16	1.9	16	93	0	53	29	12	22	35	1.91
1695388--1695412	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
1705313--1705416	27	3.9	27	83	0	127	15	20	39	25	1.91
1710464--1710609	43	3.4	43	75	6	136	24	16	25	33	1.96
1723336--1723412	24	3.1	24	76	10	75	64	14	1	19	1.35
1723323--1723399	26	3.0	25	79	9	84	64	16	1	16	1.35
1724661--1724818	27	5.9	27	86	6	191	34	22	24	18	1.96
1724661--1724818	81	2.0	79	86	7	221	34	22	24	18	1.96
1724661--1724821	54	3.0	54	92	3	256	34	22	24	18	1.96
1726407--1726513	26	4.2	26	91	2	180	36	24	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1726407--1726513	51	2.1	52	94	1	189	36	24	6	32	1.81
1731596--1731700	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
1733298--1733405	26	4.2	26	90	0	171	37	23	6	33	1.80
1740337--1740366	15	1.9	16	93	6	53	66	10	6	16	1.41
1742130--1742186	22	2.7	22	92	7	93	47	7	7	38	1.58
1746381--1746448	30	2.2	31	84	2	84	27	19	5	47	1.72
1750121--1750260	57	2.4	61	86	4	189	55	15	7	22	1.65
1750589--1750622	17	2.0	17	100	0	68	52	11	0	35	1.38
1765336--1765407	35	2.1	35	100	0	144	26	0	22	51	1.48
1765449--1765524	38	2.0	39	84	7	102	28	3	22	44	1.70
1766000--1766061	18	3.2	18	79	20	79	54	4	0	40	1.22
1766013--1766068	23	2.4	23	100	0	112	51	3	0	44	1.18
1767009--1767037	14	2.1	14	100	0	58	34	6	6	51	1.55
1769489--1769534	22	2.1	22	95	0	83	26	17	23	32	1.97
1774388--1774426	20	2.0	20	90	5	62	28	12	10	48	1.74
1774646--1774688	20	2.3	19	88	11	63	20	6	9	62	1.48
1791160--1791194	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
1794068--1794114	23	2.0	23	100	0	94	42	29	4	23	1.73
1798199--1798223	13	1.9	13	100	0	50	24	0	28	48	1.52
1807038--1807139	52	2.0	50	90	3	159	59	11	7	20	1.56
1811896--1811944	24	2.0	24	100	0	98	32	8	12	46	1.71
1811897--1811973	24	3.7	19	82	10	73	35	7	11	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1817489--1817542	27	2.0	27	100	0	108	29	29	7	33	1.85
1818542--1818682	27	5.2	27	82	11	173	35	24	22	17	1.95
1818566--1818682	54	2.2	54	98	0	225	35	24	23	16	1.95
1820289--1820396	26	4.2	26	95	0	189	35	25	7	31	1.84
1821998--1822029	6	5.5	6	92	7	57	84	0	15	0	0.63
1823783--1823818	18	2.1	17	94	5	63	38	16	22	22	1.93
1823701--1824491	400	2.0	395	89	3	1203	33	24	15	25	1.95
1824583--1824645	27	2.3	27	88	0	99	38	19	15	26	1.92
1829515--1829579	34	1.9	34	96	0	121	24	12	15	47	1.79
1834703--1834753	6	8.5	6	100	0	102	84	0	0	15	0.63
1843912--1843959	20	2.4	20	92	0	78	35	0	25	39	1.56
1843986--1844248	76	3.5	75	84	4	350	20	23	20	35	1.96
1844022--1844208	35	5.0	35	66	23	94	19	21	20	38	1.94
1850614--1850641	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
1851265--1851316	26	2.0	26	100	0	104	38	3	26	30	1.74
1851852--1851938	25	3.5	25	70	6	77	22	26	18	32	1.97
1851851--1851989	50	2.7	50	86	2	188	22	25	20	30	1.98
1851877--1851971	25	3.8	25	72	0	91	21	27	17	33	1.96
1853121--1853186	30	2.2	30	83	0	87	30	30	22	16	1.96
1859019--1859070	20	2.8	18	77	11	61	50	3	3	42	1.39
1860685--1860718	16	2.2	15	89	5	50	73	8	8	8	1.25
1865068--1865180	3	37.3	3	94	1	199	64	0	1	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1867330--1867595	46	6.0	47	83	11	319	21	23	15	39	1.92
1867504--1867582	38	2.1	39	97	2	151	24	24	17	34	1.96
1870012--1870079	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
1882417--1882457	13	3.2	13	76	16	50	36	17	31	14	1.90
1886163--1886225	30	2.1	30	94	5	110	26	3	12	57	1.51
1892371--1892422	21	2.4	21	72	15	52	7	11	25	55	1.61
1894768--1894836	31	2.2	31	89	5	104	27	13	23	36	1.92
1906396--1906435	20	2.0	20	85	0	53	37	15	7	40	1.75
1907221--1907295	31	2.4	30	82	8	96	53	5	0	41	1.24
1911470--1911567	51	1.9	51	100	0	196	44	6	11	37	1.65
1915298--1915439	66	2.2	66	98	0	275	16	25	12	45	1.83
1918033--1918059	12	2.2	12	100	0	54	7	14	44	33	1.73
1918107--1918150	12	3.7	12	96	0	79	6	22	43	27	1.78
1934747--1934819	36	2.0	36	100	0	146	47	8	21	21	1.76
1939394--1939498	42	2.5	42	80	0	111	42	16	22	18	1.88
1939424--1939519	42	2.3	42	79	0	102	45	14	19	19	1.85
1944751--1944847	49	2.0	49	97	0	185	22	20	11	45	1.83
1946416--1946456	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
1947634--1947667	16	2.1	15	89	10	50	70	5	2	20	1.21
1948157--1948284	7	18.1	7	75	24	85	65	1	0	32	1.07
1948158--1948274	19	6.7	19	72	23	105	65	1	0	31	1.08
1948163--1948285	33	3.6	33	87	10	162	65	1	0	32	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948272--1948310	21	2.0	21	85	10	55	46	2	2	48	1.29
1948317--1948373	29	2.0	29	89	6	89	64	1	0	33	1.04
1948531--1948589	30	2.0	30	86	0	82	59	6	15	18	1.58
1949765--1950581	45	18.0	45	67	14	186	27	25	14	31	1.95
1949764--1950238	90	5.2	90	85	5	637	27	25	13	32	1.94
1949902--1950552	90	7.2	90	81	7	469	27	25	14	31	1.95
1950002--1950462	225	2.0	225	91	0	744	28	25	14	31	1.95
1949781--1950327	180	3.0	180	80	7	577	27	25	14	31	1.95
1949902--1950581	135	5.0	133	73	10	443	28	25	14	31	1.95
1950224--1950581	90	4.0	90	89	0	554	27	25	15	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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