genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  75  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22948043--22948120	28	2.8	29	80	9	90	26	16	28	28	1.97
22949244--22949277	18	1.9	18	94	5	61	44	11	14	29	1.81
22951034--22951063	15	2.1	14	93	6	51	50	6	10	33	1.62
22955865--22956032	40	4.2	40	83	4	187	25	27	21	25	1.99
22955865--22956032	80	2.1	80	84	2	212	25	27	21	25	1.99
22963954--22964116	40	4.1	40	81	5	170	25	28	21	25	1.99
22963954--22964116	80	2.1	79	82	3	193	25	28	21	25	1.99
22971836--22971996	39	4.2	37	79	8	146	26	22	27	23	1.99
22973668--22973875	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
22973668--22973874	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
22990623--22990672	25	2.0	25	100	0	100	28	16	16	40	1.89
22990627--22990680	25	2.2	25	93	0	90	25	16	16	40	1.89
22993280--22993313	17	1.9	17	88	5	50	14	23	44	17	1.86
22994039--22994076	6	6.3	6	82	11	51	15	0	0	84	0.63
23001027--23001065	19	2.1	19	90	0	60	46	20	10	23	1.81
23002913--23003125	108	2.0	108	98	0	408	30	26	16	26	1.97
23010339--23010368	14	2.1	14	100	0	60	20	6	23	50	1.71
23017374--23017557	40	4.6	40	95	2	318	22	23	27	26	2.00
23017370--23017557	79	2.4	80	93	2	326	23	22	27	26	2.00
23017370--23017589	79	2.8	79	88	5	311	25	22	26	25	2.00
23017815--23017858	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
23025363--23025546	40	4.6	40	93	1	298	22	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23025806--23025849	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
23036428--23036454	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
23037666--23037710	22	2.1	22	84	12	58	55	11	4	28	1.54
23040610--23040673	28	2.3	27	80	17	69	32	3	28	35	1.73
23040617--23040673	28	2.0	28	83	12	73	35	3	28	33	1.74
23046490--23046514	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
23052095--23052248	46	3.3	46	78	12	179	27	26	21	24	1.99
23055833--23055986	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
23064025--23064178	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
23066246--23066334	30	3.0	30	79	8	92	57	14	16	11	1.65
23066246--23066325	15	5.4	15	79	7	83	58	12	17	11	1.62
23066257--23066334	15	5.2	15	75	9	70	56	14	16	12	1.68
23068559--23068725	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
23072451--23072623	46	3.8	45	78	14	185	28	28	21	21	1.99
23072459--23072628	91	1.8	92	91	2	279	27	28	22	21	1.99
23072502--23072643	46	3.1	46	68	22	118	30	27	20	21	1.98
23075986--23076151	40	4.2	40	89	2	228	27	27	22	22	1.99
23096451--23096475	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23104235--23104312	29	2.7	30	82	5	90	25	16	33	24	1.96
23104373--23104411	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
23106268--23106315	25	1.9	25	83	8	62	35	18	10	35	1.85
23106358--23106410	21	2.5	20	79	11	63	39	13	13	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23106444--23106513	25	2.8	25	95	0	122	25	25	24	24	2.00
23106444--23106538	50	1.9	50	80	8	113	27	24	24	24	2.00
23106734--23106817	31	2.7	31	87	1	125	32	16	26	25	1.96
23114198--23114247	25	2.0	25	84	7	66	30	22	16	32	1.95
23114291--23114325	10	3.4	10	88	7	52	34	14	20	31	1.92
23114286--23114325	21	1.9	21	89	0	62	37	15	17	30	1.90
23114285--23114337	21	2.5	20	81	3	61	37	15	15	32	1.88
23114371--23114465	25	3.8	26	84	6	124	28	23	21	27	1.99
23114396--23114492	25	4.0	23	78	16	72	29	20	20	28	1.98
23114686--23114769	31	2.7	31	88	1	134	33	19	25	22	1.97
23125737--23125844	20	5.4	20	89	1	155	54	0	24	20	1.50
23126655--23126689	9	3.9	9	84	0	52	20	2	0	77	0.90
23128645--23128694	24	2.1	24	96	0	91	52	8	10	30	1.64
23128714--23128781	23	3.1	21	76	14	75	50	0	0	50	1.00
23132347--23132426	41	2.0	41	87	9	119	15	40	25	20	1.90
23133353--23133556	46	4.4	47	80	10	190	25	30	18	26	1.98
23133908--23133965	30	2.0	29	89	3	89	32	29	12	25	1.92
23139752--23139959	40	5.2	40	83	2	229	25	25	22	25	2.00
23144368--23144484	46	2.5	46	82	6	130	23	27	18	30	1.98
23147067--23147230	42	3.9	41	80	6	193	31	24	14	29	1.95
23148915--23149071	42	3.8	42	82	4	176	36	24	17	21	1.94
23154216--23154281	32	2.1	32	97	0	123	36	12	4	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23154651--23154715	34	1.9	34	84	6	87	26	21	24	27	1.99
23166985--23167016	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
23167821--23167851	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
23169303--23169383	27	3.0	27	81	5	101	39	12	9	38	1.76
23169312--23169400	27	3.3	28	81	6	103	40	12	10	37	1.77
23169396--23169456	27	2.3	27	85	0	77	32	27	8	31	1.86
23169407--23169590	81	2.3	81	86	1	244	27	22	9	40	1.85
23169413--23169590	27	6.6	26	90	2	221	28	20	10	41	1.85
23169583--23169821	27	8.8	27	77	3	201	38	20	10	30	1.86
23169843--23169917	27	2.8	27	81	0	87	37	24	20	18	1.94
23170933--23171024	42	2.2	42	88	0	139	29	13	21	35	1.91
23176029--23176064	19	1.9	19	88	5	56	19	0	2	77	0.88
23179699--23179734	18	2.0	18	100	0	72	44	5	5	44	1.50
23185244--23185344	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
23193199--23193299	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
23197903--23197932	15	2.0	15	100	0	60	40	20	26	13	1.89
23207456--23207693	27	8.9	27	83	3	160	21	17	19	41	1.90
23207452--23207667	54	4.0	54	81	3	211	22	18	18	41	1.90
23207455--23207666	81	2.6	81	81	4	232	22	17	18	41	1.91
23207482--23207700	27	8.1	27	84	1	215	21	17	19	41	1.90
23208565--23208932	27	13.7	27	87	1	515	25	13	20	40	1.89
23209287--23209346	18	3.3	18	80	0	75	25	20	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23211429--23211604	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
23211425--23211596	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
23214516--23214584	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
23214507--23214594	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
23216956--23217131	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
23216952--23217123	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
23224653--23224820	40	4.2	40	82	0	194	25	22	26	25	2.00
23224653--23224820	80	2.1	80	84	3	214	25	22	26	25	2.00
23227701--23227872	93	1.8	93	92	2	292	28	29	19	22	1.98
23227697--23227867	46	3.7	45	78	10	193	29	28	19	22	1.98
23227698--23227887	46	4.1	44	70	21	113	29	28	19	22	1.98
23232280--23232348	21	3.2	21	64	28	54	34	14	0	50	1.43
23232283--23232356	26	3.2	26	60	28	65	33	16	0	50	1.45
23232276--23232367	44	2.1	44	97	0	175	34	15	0	50	1.44
23244533--23244601	19	3.8	18	73	9	68	47	0	4	47	1.21
23245638--23245677	7	5.7	7	90	0	62	30	35	0	35	1.58
23245634--23245684	21	2.4	21	80	0	66	29	29	0	41	1.57
23245637--23245684	14	3.4	14	77	11	53	29	31	0	39	1.57
23245707--23245745	20	2.0	20	85	10	53	17	12	2	66	1.35
23248403--23248457	27	2.0	27	100	0	110	29	23	18	29	1.98
23256609--23256710	30	3.5	30	80	10	120	29	25	13	31	1.94
23265271--23265415	40	3.6	40	85	4	193	26	25	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23298487--23298662	46	3.8	46	79	4	201	21	21	28	28	1.98
23298483--23298654	93	1.8	93	92	0	290	21	21	29	27	1.99
23298769--23298812	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
23301875--23302057	40	4.6	39	79	5	145	24	24	27	23	2.00
23301875--23302059	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
23301875--23302092	79	2.7	79	78	6	174	24	22	27	24	2.00
23303530--23303569	13	3.1	13	92	0	62	15	32	32	20	1.93
23310282--23310314	16	2.1	16	100	0	66	18	36	18	27	1.94
23314758--23314934	40	4.4	40	81	1	185	18	27	17	36	1.93
23314873--23314938	20	3.3	20	70	8	62	16	36	16	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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