genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59155426--59155457	16	1.9	17	93	6	57	75	3	3	18	1.08
59156776--59156838	6	10.3	6	83	10	74	22	3	0	74	0.96
59156781--59156850	26	2.8	25	80	6	79	22	4	0	72	1.01
59156776--59156841	32	2.1	31	83	8	80	22	3	0	74	0.96
59158425--59158494	34	2.1	34	100	0	140	37	28	11	22	1.89
59169764--59169809	21	2.2	21	100	0	92	30	26	15	28	1.96
59169764--59169809	7	6.6	7	79	0	56	30	26	15	28	1.96
59169764--59169815	21	2.5	21	93	0	77	32	23	13	30	1.93
59169849--59169936	34	2.6	34	80	3	97	17	1	32	48	1.54
59169899--59169938	21	2.0	19	90	9	62	17	0	32	50	1.47
59171507--59171580	20	3.7	19	70	18	60	12	1	37	48	1.49
59171483--59171580	41	2.4	41	84	0	124	14	1	34	50	1.50
59171677--59171719	21	2.0	21	86	0	59	25	4	27	41	1.75
59177142--59177179	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
59178359--59178390	7	4.6	7	100	0	64	87	0	0	12	0.54
59179446--59179471	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
59186164--59186193	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
59188062--59188161	26	4.2	26	76	19	126	31	7	26	36	1.83
59188086--59188121	18	2.0	18	94	0	63	30	5	30	33	1.81
59188062--59188147	44	2.0	44	97	0	163	30	5	27	36	1.80
59189766--59189867	27	3.8	26	82	8	114	17	25	20	36	1.94
59190987--59191046	10	6.0	10	88	7	95	68	1	8	21	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59191501--59191626	38	3.3	38	70	14	123	30	24	19	24	1.98
59191504--59191624	40	3.1	40	67	23	112	31	25	18	24	1.97
59193829--59193946	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
59193797--59193960	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
59201403--59201520	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
59201371--59201534	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
59204185--59204218	17	1.9	18	94	5	61	11	32	41	14	1.82
59204193--59204231	18	2.2	18	85	0	51	17	35	33	12	1.88
59206630--59206678	26	1.9	25	87	4	71	22	4	10	63	1.43
59206668--59206747	26	3.1	28	77	16	84	35	3	6	55	1.43
59206703--59206756	26	2.1	26	82	6	65	35	7	3	53	1.47
59208176--59208222	20	2.3	21	82	14	62	25	17	6	51	1.69
59209368--59209400	17	2.0	17	88	5	50	36	24	0	39	1.56
59219564--59219594	16	1.9	16	93	0	53	48	6	0	45	1.28
59219562--59219604	16	2.7	16	82	7	52	51	4	0	44	1.22
59219771--59219829	29	2.0	30	86	3	84	27	8	13	50	1.70
59222344--59222444	50	2.0	50	86	1	141	29	4	11	53	1.58
59222487--59222518	17	1.9	17	93	6	57	34	12	6	46	1.67
59224563--59224636	18	4.1	18	72	15	55	66	1	17	14	1.33
59224643--59224708	18	3.7	16	81	18	69	69	0	19	10	1.17
59226391--59226483	49	1.9	48	89	4	143	26	5	12	54	1.59
59230882--59230939	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59232559--59232685	27	4.7	27	87	1	173	18	24	22	33	1.97
59234762--59234801	20	2.0	20	90	4	64	70	0	27	2	1.01
59235158--59235196	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
59238874--59238932	30	2.0	30	93	0	100	33	13	25	27	1.93
59259517--59259542	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
59261008--59261095	38	2.3	38	92	0	140	29	13	21	35	1.92
59263912--59263969	30	1.9	30	82	0	71	29	36	22	12	1.90
59268568--59268700	28	5.2	27	62	27	76	24	15	29	30	1.96
59268520--59268744	49	4.5	49	86	5	283	24	16	28	30	1.97
59268513--59268744	99	2.3	100	85	3	308	24	17	28	29	1.97
59272226--59272266	22	1.9	21	85	5	55	26	14	2	56	1.51
59273706--59273784	6	12.5	6	85	11	97	15	1	1	82	0.80
59273706--59273784	29	2.8	26	79	12	68	15	1	1	82	0.80
59277081--59277129	24	2.0	24	100	0	98	24	0	20	55	1.44
59277753--59277945	96	2.0	96	98	0	377	36	12	17	32	1.88
59280469--59280529	30	2.0	30	81	12	72	60	0	19	19	1.36
59281607--59281673	27	2.6	26	78	4	73	22	17	16	43	1.88
59281648--59281766	25	4.9	25	67	20	74	21	21	19	37	1.94
59296496--59296533	20	2.0	19	85	10	51	42	13	21	23	1.88
59298313--59298342	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
59298383--59298416	16	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
59298407--59298553	13	11.4	13	66	20	51	35	4	4	55	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59298441--59298513	24	3.0	24	78	6	76	35	5	4	54	1.42
59298456--59298524	24	2.9	24	70	23	56	37	4	4	53	1.41
59298368--59298597	129	1.8	126	85	8	315	34	6	3	55	1.43
59298701--59298752	26	2.0	26	84	0	68	28	7	1	61	1.34
59298895--59298978	3	28.7	3	70	17	52	32	4	3	59	1.35
59312734--59312787	27	2.0	27	100	0	108	29	14	11	44	1.80
59316450--59316499	22	2.3	23	79	10	59	16	0	10	74	1.08
59317401--59317492	18	5.1	18	82	5	105	34	16	15	33	1.90
59318866--59318900	3	12.0	3	87	6	54	68	2	0	28	1.04
59320283--59320315	16	2.1	16	88	11	50	3	15	0	81	0.80
59320303--59323898	719	5.0	719	99	0	7068	29	16	19	33	1.95
59326118--59326153	18	2.0	18	89	10	56	55	5	0	38	1.23
59326159--59326211	19	2.7	21	75	16	60	64	5	0	30	1.17
59327163--59327226	34	1.9	34	84	12	89	40	6	1	51	1.36
59332362--59332411	18	2.7	19	84	12	68	64	0	2	34	1.05
59332361--59332411	9	5.6	9	75	11	50	64	0	1	33	1.05
59337730--59337773	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
59344620--59344676	18	3.1	18	73	12	53	63	1	0	35	1.05
59344617--59344689	38	1.9	38	83	5	94	61	2	2	32	1.24
59347496--59347534	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
59349462--59349579	42	2.8	43	77	3	132	26	21	25	27	1.99
59351364--59351407	23	1.9	23	90	0	70	34	22	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59354418--59354460	20	2.2	20	83	8	52	27	2	6	62	1.33
59359443--59359794	73	4.8	73	80	6	331	27	15	23	34	1.94
59359794--59359990	72	2.7	71	81	7	243	25	13	23	37	1.92
59359938--59360049	54	2.0	55	83	6	138	28	15	16	39	1.89
59359938--59360269	149	2.3	140	78	10	328	30	14	15	39	1.88
59361816--59361865	3	16.7	3	78	0	55	36	4	2	58	1.29
59362278--59362368	44	2.0	44	81	6	103	27	7	6	58	1.51
59366711--59366773	29	2.2	29	82	5	74	61	9	4	23	1.45
59368748--59368810	30	2.1	30	90	0	99	58	12	3	25	1.49
59374158--59374188	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59378152--59378252	51	2.0	51	98	0	193	42	5	27	23	1.77
59379290--59379322	15	2.1	16	88	5	50	15	0	21	63	1.30
59382377--59382500	62	2.0	62	100	0	248	22	11	14	51	1.74
59390676--59391088	43	9.8	43	77	9	449	23	20	30	24	1.98
59390759--59391088	129	2.6	129	92	0	554	22	21	31	24	1.98
59391163--59391242	31	2.5	31	79	2	79	61	17	3	17	1.49
59391488--59391533	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
59397176--59397401	9	24.6	9	75	9	143	38	0	12	47	1.48
59397176--59397401	18	12.3	18	76	9	161	38	0	12	47	1.48
59397229--59397401	27	6.2	27	77	10	159	38	1	13	46	1.50
59397152--59397373	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
59397506--59397561	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59397667--59398577	370	2.5	373	97	0	1711	38	10	14	35	1.81
59401353--59401383	10	3.1	10	100	0	62	41	9	9	38	1.71
59402369--59402408	14	2.9	14	88	3	55	35	7	0	57	1.27
59402833--59402883	18	2.8	18	84	3	66	50	1	3	43	1.31
59403188--59403451	41	6.4	41	83	4	345	28	29	18	24	1.98
59403188--59403451	124	2.1	123	86	4	372	28	29	18	24	1.98
59403446--59403518	37	2.0	37	88	0	110	23	27	19	30	1.98
59409445--59409478	10	3.5	10	84	8	52	35	0	2	61	1.11
59409540--59409572	10	3.4	10	83	8	50	63	3	0	33	1.10
59409535--59409593	19	3.1	19	74	13	59	67	1	0	30	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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