genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  78  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23875732--23875860	51	2.8	46	80	14	149	20	17	31	30	1.96
23883769--23884032	131	2.0	131	99	0	519	25	13	23	37	1.92
23885136--23885299	40	4.1	40	79	6	179	24	21	28	25	1.99
23893229--23893392	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
23903473--23903636	40	4.1	40	78	6	170	24	21	28	25	1.99
23907247--23907371	43	2.9	43	84	3	146	20	19	32	28	1.96
23908819--23908843	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
23911460--23911610	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
23911497--23911626	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
23919430--23919580	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
23919467--23919596	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
23922931--23922973	16	2.6	17	82	14	54	76	2	6	13	1.08
23922926--23923014	22	4.0	21	75	12	61	71	1	7	19	1.16
23922927--23923020	6	15.3	6	73	12	57	73	1	6	19	1.11
23922938--23922993	27	2.1	27	86	6	78	73	1	7	17	1.15
23922977--23923018	3	13.7	3	85	5	57	71	0	2	26	0.98
23922976--23923018	19	2.3	18	92	4	68	72	0	2	25	0.97
23927789--23927849	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23931835--23931859	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
23934243--23934333	45	2.0	45	85	4	121	27	12	21	38	1.89
23940965--23941008	24	2.0	23	86	13	65	40	11	18	29	1.85
23941978--23942068	45	2.0	45	89	0	137	25	14	23	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23942565--23942642	39	2.0	39	100	0	156	51	0	12	35	1.40
23943251--23943297	25	1.9	24	86	4	67	31	4	6	57	1.43
23943347--23943392	22	2.3	21	79	17	53	26	2	2	69	1.11
23943323--23943395	26	2.8	26	72	17	69	21	2	2	72	1.10
23945424--23945472	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
23946294--23946460	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
23953432--23953480	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
23954302--23954468	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
23958966--23959029	27	2.3	28	75	5	67	45	17	15	21	1.85
23958979--23959040	27	2.3	27	86	5	81	38	17	11	32	1.85
23959158--23959191	18	1.9	18	88	5	52	23	44	20	11	1.84
23961317--23961347	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
23963015--23963190	46	3.8	46	79	12	198	21	19	28	30	1.97
23963012--23963181	93	1.8	93	92	0	286	22	19	28	30	1.98
23965415--23965444	15	2.0	15	93	0	51	56	0	3	40	1.16
23966470--23966509	17	2.3	18	91	4	64	82	7	10	0	0.84
23972181--23972364	40	4.6	41	82	9	222	23	22	28	25	1.99
23972181--23972362	79	2.3	80	83	6	219	24	22	28	25	2.00
23972234--23972397	79	2.1	78	84	5	206	25	20	28	25	1.99
23974942--23974977	16	2.1	18	90	10	58	80	5	13	0	0.88
23974948--23974985	20	1.9	20	88	0	58	81	2	15	0	0.80
23976214--23976320	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23976255--23976381	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
23983465--23983648	40	4.6	41	84	8	222	23	22	28	25	1.99
23983465--23983646	79	2.3	80	83	6	219	24	22	28	25	2.00
23983517--23983681	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
23985708--23985820	37	3.1	36	73	19	99	38	3	4	53	1.38
23989884--23989929	23	2.0	23	100	0	92	39	30	4	26	1.75
23990404--23990444	16	2.6	16	81	14	57	58	2	2	36	1.24
23992743--23992777	15	2.3	15	95	0	61	48	0	17	34	1.47
23994512--23994555	21	2.1	21	100	0	88	43	27	0	29	1.55
23999889--23999928	18	2.1	20	86	9	57	15	40	30	15	1.87
24001400--24001486	45	1.9	45	92	0	147	35	24	13	26	1.93
24001698--24001746	25	2.0	25	95	0	89	42	18	4	34	1.69
24003260--24003377	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
24003228--24003391	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
24008134--24008263	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
24013964--24014095	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
24021897--24022028	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
24027326--24027455	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
24034089--24034286	71	2.8	70	90	3	285	34	17	27	20	1.95
24034123--24034286	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
24036548--24036607	29	2.1	29	84	6	77	33	25	0	41	1.55
24042642--24042715	29	2.5	30	72	10	71	51	0	18	29	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24051227--24051393	51	3.3	51	90	0	271	34	14	22	28	1.94
24055351--24055377	12	2.2	12	100	0	54	11	22	0	66	1.22
24060701--24060868	40	4.2	40	78	8	162	26	20	27	25	1.99
24064289--24064353	30	2.2	30	88	5	96	47	7	7	36	1.61
24064414--24064475	31	2.0	31	87	0	88	56	1	0	41	1.09
24064435--24064493	14	4.0	14	75	12	55	52	3	0	44	1.17
24064426--24064487	31	2.0	31	87	0	88	53	4	0	41	1.22
24067726--24067782	30	1.9	30	82	13	73	43	3	1	50	1.29
24067951--24068023	35	2.1	35	92	0	119	38	12	6	42	1.69
24067954--24068030	13	6.2	13	73	11	63	36	14	7	41	1.75
24069444--24069502	31	2.0	30	86	6	84	32	10	15	42	1.80
24073090--24073136	14	3.3	14	79	5	58	36	0	2	61	1.08
24073081--24073138	15	3.8	15	79	9	64	36	1	1	60	1.17
24075733--24075903	40	4.3	40	77	5	175	25	21	27	26	1.99
24079443--24079473	13	2.4	13	94	0	53	48	16	25	9	1.76
24084156--24084209	13	3.4	17	71	23	53	16	27	40	14	1.88
24086829--24086867	19	2.0	20	85	5	53	38	7	12	41	1.72
24087066--24087103	19	2.1	19	90	5	60	34	0	2	63	1.09
24087066--24087120	18	3.0	18	84	7	58	38	0	3	58	1.16
24087072--24087120	19	2.6	18	83	9	53	36	0	4	59	1.17
24088486--24088601	62	1.9	61	82	8	146	41	7	1	49	1.42
24090317--24090341	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24092070--24092130	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
24095288--24095459	49	3.5	49	75	10	147	27	19	27	26	1.99
24096934--24097002	27	2.5	28	90	2	104	28	28	14	27	1.95
24098338--24098375	20	2.1	18	85	14	51	10	15	0	73	1.09
24104923--24104991	27	2.5	28	90	2	104	28	28	14	27	1.95
24106326--24106363	20	2.1	18	85	14	51	10	15	0	73	1.09
24112340--24112396	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
24114858--24114929	37	1.9	37	94	0	126	41	6	25	26	1.80
24117152--24117444	156	1.9	156	96	0	543	24	10	18	46	1.80
24118531--24118562	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
24123249--24123322	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
24131045--24131118	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
24133302--24133358	11	5.0	11	83	10	62	21	5	0	73	1.02
24133305--24133360	23	2.5	22	80	16	69	21	3	0	75	0.96
24133304--24133353	6	8.3	6	81	16	50	20	4	0	76	0.95
24140475--24140538	32	2.0	32	100	0	128	31	12	18	37	1.88
24145310--24145396	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
24145310--24145416	24	4.6	22	90	6	119	23	17	24	34	1.96
24153154--24153238	24	3.5	24	96	0	161	21	17	24	36	1.94
24156523--24156600	41	1.9	41	91	0	129	44	15	15	24	1.85
24164434--24164602	27	6.3	27	76	13	161	31	10	20	38	1.85
24164429--24164602	54	3.2	53	80	8	217	31	10	20	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24164429--24164602	80	2.2	81	85	5	237	31	10	20	38	1.86
24168739--24168844	43	2.5	43	84	4	144	31	25	17	25	1.97
24181382--24181519	40	3.5	40	93	3	226	23	27	24	23	2.00
24189307--24189442	40	3.4	40	87	3	177	27	29	19	24	1.98
24202258--24202437	40	4.6	40	83	5	206	25	24	26	23	2.00
24210282--24210426	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
24216259--24216298	20	2.0	20	95	0	71	27	7	15	50	1.70
24220830--24220959	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
24222586--24222681	24	4.0	24	87	4	131	27	22	21	28	1.99
24222731--24222791	20	3.0	20	90	0	95	32	21	9	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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