genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  234  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68111633--68111741	53	2.1	51	81	6	121	23	10	1	64	1.34
68111936--68111978	12	3.5	13	87	9	54	25	6	0	67	1.15
68115628--68115659	17	1.9	17	93	6	57	50	12	6	31	1.65
68115808--68116357	189	2.9	186	78	7	445	31	17	21	30	1.96
68116326--68116535	89	2.4	89	78	1	242	30	14	21	33	1.93
68116238--68116528	44	6.6	44	75	4	199	30	15	20	32	1.94
68116235--68116545	133	2.3	131	79	5	340	32	15	19	32	1.93
68117937--68118061	4	30.8	4	69	8	65	23	9	2	64	1.35
68118273--68118301	13	2.3	13	94	5	51	27	6	0	65	1.18
68118805--68119263	38	12.4	39	77	13	213	35	16	23	24	1.94
68118810--68119370	73	7.6	73	80	4	513	36	15	22	24	1.93
68118808--68119263	220	2.1	222	83	6	561	35	16	23	24	1.95
68118832--68119369	146	3.7	145	82	4	587	37	15	22	25	1.93
68127973--68128056	26	3.2	26	93	0	141	33	3	25	38	1.73
68134556--68134650	37	2.6	37	86	6	131	49	33	0	16	1.46
68134620--68134676	29	2.0	28	82	3	69	50	29	0	19	1.47
68134921--68135654	132	5.4	134	87	4	915	32	25	16	25	1.96
68135187--68135654	141	3.3	141	89	1	681	32	25	16	26	1.96
68139716--68139771	18	3.5	15	81	18	60	39	8	16	35	1.80
68139723--68139785	18	3.5	18	93	4	101	38	11	14	36	1.81
68139714--68139793	35	2.2	37	82	12	114	40	8	16	35	1.79
68139714--68139785	19	3.9	19	87	10	114	38	9	15	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68139746--68139808	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
68140077--68140112	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
68141926--68142119	43	4.5	42	83	3	219	29	15	25	28	1.96
68141926--68142102	85	2.1	85	83	3	221	31	15	24	28	1.96
68141959--68142143	86	2.2	85	81	5	212	28	16	25	29	1.97
68142195--68142277	31	2.6	31	84	3	94	60	22	2	14	1.46
68142963--68142991	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
68143869--68143932	20	3.2	20	93	0	110	32	21	12	32	1.91
68143869--68143922	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
68143970--68144017	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
68150945--68151045	9	11.0	9	70	12	71	35	3	15	44	1.66
68150944--68151124	18	9.8	18	66	15	93	37	3	14	44	1.62
68150907--68151138	47	4.8	48	69	16	174	37	3	14	45	1.60
68150902--68151123	74	3.0	74	91	2	365	36	3	13	45	1.62
68150954--68151073	27	4.7	27	69	14	92	35	4	15	45	1.65
68151323--68151354	14	2.4	14	94	5	57	62	0	0	37	0.95
68151269--68151581	91	3.2	95	89	8	472	53	4	6	36	1.45
68151337--68151486	48	3.2	48	67	12	150	55	3	4	36	1.37
68153025--68153075	27	1.9	26	92	4	84	43	9	13	33	1.77
68154859--68154888	14	2.1	15	93	6	53	36	0	13	50	1.42
68155269--68155397	68	1.9	68	98	0	249	42	23	20	13	1.87
68156011--68156069	28	2.2	28	81	6	68	38	0	3	57	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68156099--68156152	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
68156262--68156380	52	2.3	51	77	11	125	36	39	2	21	1.67
68156368--68156415	22	2.2	23	77	11	55	31	33	6	29	1.82
68156536--68156598	22	2.9	22	74	9	56	46	26	0	26	1.54
68156585--68156632	25	1.9	25	86	0	69	47	22	0	29	1.51
68156925--68157066	41	3.5	40	83	8	171	29	19	24	26	1.98
68158473--68158606	3	45.3	3	78	10	134	64	0	5	30	1.16
68158485--68158553	19	3.6	19	69	26	56	63	0	5	30	1.17
68158473--68158603	22	5.8	22	77	11	115	64	0	5	30	1.16
68158476--68158645	9	20.0	8	68	21	57	64	0	5	29	1.17
68158608--68158642	15	2.4	15	90	4	54	68	0	5	25	1.11
68158473--68158650	90	2.0	90	81	12	215	64	0	6	29	1.18
68160198--68160974	143	5.4	143	84	1	975	27	22	18	30	1.97
68164742--68164773	5	6.8	5	96	3	50	0	12	0	87	0.54
68167775--68167826	19	2.7	20	88	5	72	42	7	21	28	1.80
68170463--68170624	3	54.7	3	80	7	161	64	0	5	29	1.16
68171190--68171299	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
68174465--68174507	12	3.6	12	100	0	86	9	25	51	13	1.71
68179374--68179482	26	4.2	26	92	1	175	33	5	23	36	1.78
68182186--68182215	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
68184257--68184286	13	2.4	12	94	5	51	60	3	6	30	1.39
68184833--68184919	36	2.4	36	77	9	88	58	6	2	32	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68186838--68186888	10	4.9	10	80	15	50	27	0	3	68	1.07
68186833--68186893	14	4.8	14	72	25	55	29	0	3	67	1.07
68186818--68186896	35	2.2	35	80	10	90	30	1	3	64	1.19
68186833--68186893	23	2.6	23	86	5	77	29	0	3	67	1.07
68191995--68192026	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
68193469--68193552	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
68197560--68197591	14	2.3	14	100	0	64	21	18	21	37	1.94
68199218--68199301	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
68202748--68202787	16	2.5	17	84	12	57	35	0	2	62	1.09
68202756--68202796	21	2.0	21	90	0	64	34	0	2	63	1.08
68202724--68202800	18	4.4	17	73	16	52	31	1	1	66	1.08
68202714--68202839	13	9.9	13	69	16	52	30	3	2	63	1.23
68203074--68203124	21	2.4	21	80	6	59	33	5	3	56	1.42
68203251--68203292	19	2.2	20	91	4	68	38	7	0	54	1.28
68204900--68204937	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
68205022--68205055	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
68207107--68207156	24	2.0	25	85	11	68	44	10	8	38	1.68
68207549--68207720	93	1.9	92	90	1	272	22	22	29	26	1.99
68207554--68207727	46	3.8	46	76	13	169	21	21	28	27	1.99
68213654--68213682	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
68214493--68214518	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
68215086--68215115	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68216068--68216097	12	2.5	12	88	0	51	16	6	6	70	1.31
68216519--68216557	20	2.0	20	90	10	62	15	0	10	74	1.07
68216825--68217647	133	6.2	133	91	1	1207	27	25	18	28	1.98
68217063--68217645	45	13.1	44	64	11	186	26	25	19	28	1.99
68223146--68223399	131	1.9	131	81	3	305	36	20	16	26	1.94
68224183--68224216	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
68229889--68229943	27	2.0	27	96	0	101	20	18	12	49	1.79
68231201--68231241	22	1.9	22	85	5	57	36	0	0	63	0.95
68231213--68231237	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
68242839--68243384	286	1.9	286	96	0	1013	45	16	13	24	1.83
68251305--68251509	53	3.8	52	78	9	218	35	17	24	22	1.95
68251748--68251778	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
68254742--68254795	26	2.1	25	82	3	63	38	1	3	55	1.28
68256040--68256081	15	2.9	15	92	3	68	38	0	11	50	1.40
68261724--68261888	35	4.6	35	82	10	181	31	10	24	33	1.90
68261728--68261893	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
68269205--68269369	35	4.6	35	82	10	181	31	10	24	33	1.90
68269209--68269374	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
68270947--68270992	23	2.0	23	84	12	60	47	10	6	34	1.64
68270954--68270998	23	2.0	23	82	8	56	42	13	8	35	1.75
68274513--68274549	14	2.6	14	82	0	56	81	2	0	16	0.81
68274586--68274628	18	2.4	18	80	0	50	27	6	16	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68274569--68274627	27	2.2	27	87	0	82	28	6	16	47	1.72
68278542--68278611	30	2.3	29	75	20	72	50	2	2	44	1.31
68278987--68279037	12	4.1	13	87	12	72	49	0	49	1	1.12
68278997--68279042	6	7.7	6	90	9	76	52	0	47	0	1.00
68278997--68279035	19	2.1	19	100	0	78	53	0	46	0	1.00
68278972--68279037	25	2.6	25	88	7	89	48	0	46	4	1.22
68278997--68279042	25	1.9	23	91	8	74	52	0	47	0	1.00
68287085--68287156	36	2.0	37	83	8	94	30	6	20	41	1.79
68287729--68287800	36	2.0	36	100	0	144	38	2	16	41	1.63
68293733--68293788	25	2.3	23	80	17	60	69	1	8	19	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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