genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  246  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71560636--71560713	41	1.9	41	89	0	120	38	15	26	19	1.91
71560753--71560827	7	10.6	7	77	8	62	22	1	25	50	1.57
71560753--71560834	22	3.8	21	77	16	87	20	1	25	52	1.54
71563693--71563772	28	2.8	29	86	3	117	16	3	32	47	1.64
71563957--71564001	22	2.0	23	91	4	74	20	17	20	42	1.90
71568545--71568587	21	2.0	22	86	4	61	27	0	30	41	1.56
71568937--71568965	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
71569795--71569845	18	2.8	18	84	0	66	31	31	0	37	1.58
71570263--71570304	17	2.5	17	100	0	84	33	11	16	38	1.86
71572904--71572928	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
71572951--71573174	34	7.5	31	67	24	133	47	16	1	33	1.57
71572936--71573059	54	2.4	51	89	5	187	48	15	1	34	1.55
71572951--71573193	88	2.8	88	92	0	396	46	16	1	34	1.57
71572926--71573103	9	20.2	9	72	12	77	47	17	1	34	1.55
71574614--71574697	42	2.0	42	100	0	168	28	7	30	33	1.84
71577356--71577413	30	1.9	30	100	0	116	43	15	17	24	1.87
71579854--71579967	33	3.5	32	80	7	124	36	13	22	27	1.91
71579960--71580045	31	2.8	31	80	0	100	30	18	24	26	1.98
71580135--71580186	27	1.9	27	92	0	86	42	9	25	23	1.84
71583021--71583155	43	3.2	42	82	3	164	23	18	26	31	1.98
71583021--71583202	85	2.1	86	82	4	208	24	19	25	31	1.98
71583651--71583675	11	2.3	11	100	0	50	52	28	0	20	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71591533--71591560	14	2.0	14	100	0	56	35	0	7	57	1.26
71591743--71591803	26	2.3	27	80	5	70	29	8	1	60	1.35
71593214--71593255	18	2.3	18	87	0	57	30	9	7	52	1.61
71594313--71594338	13	2.0	13	100	0	52	30	38	15	15	1.88
71596990--71597019	15	2.1	14	93	6	51	76	23	0	0	0.78
71598526--71598589	19	3.6	18	77	6	67	56	0	4	39	1.20
71599124--71599170	22	2.1	23	88	7	71	59	0	6	34	1.23
71606111--71606237	40	3.2	40	78	12	136	24	26	24	24	2.00
71606127--71606277	40	3.8	40	80	5	126	23	26	23	25	2.00
71612305--71612332	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
71612647--71612697	23	2.2	21	80	13	57	25	3	1	68	1.17
71620040--71620101	30	2.1	30	84	3	81	25	3	16	54	1.56
71629230--71629283	25	2.2	25	100	0	108	37	11	12	38	1.79
71629887--71629999	42	2.7	42	72	14	97	25	22	25	26	2.00
71630448--71630479	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
71635678--71635720	21	2.0	21	95	0	77	23	4	25	46	1.71
71641158--71641202	22	2.0	22	100	0	90	44	4	4	46	1.43
71643284--71643593	155	2.0	155	96	0	575	41	9	16	32	1.80
71643696--71643722	6	4.5	6	100	0	54	29	0	51	18	1.46
71645010--71645045	3	11.7	3	94	5	63	33	2	0	63	1.08
71650711--71650740	15	2.0	15	100	0	60	40	6	20	33	1.78
71650738--71650816	38	2.1	39	97	2	151	34	10	17	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71650916--71650992	34	2.3	34	88	6	113	25	20	12	40	1.89
71655150--71655290	69	2.0	69	100	0	282	21	7	27	43	1.79
71667499--71667526	14	2.0	14	100	0	56	50	7	21	21	1.72
71668984--71669016	14	2.4	14	90	10	50	81	9	3	6	0.95
71673210--71673242	14	2.3	15	89	5	50	27	9	6	57	1.53
71673459--71673506	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
71674783--71674817	6	5.8	6	100	0	70	34	48	0	17	1.47
71676217--71676244	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71677586--71677618	12	2.6	13	90	4	50	27	3	0	69	1.03
71679589--71679651	31	2.0	31	100	0	126	52	12	19	15	1.74
71681364--71681395	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
71687677--71687715	14	2.8	14	84	0	51	46	0	0	53	1.00
71690395--71690778	128	3.0	127	87	2	585	37	17	15	29	1.90
71701520--71701552	6	5.8	6	89	10	52	0	12	0	87	0.53
71701520--71701552	11	2.9	12	86	13	52	0	12	0	87	0.53
71705654--71705696	13	3.1	13	81	18	59	39	0	0	60	0.97
71705660--71705694	8	4.4	8	92	0	61	40	0	0	60	0.97
71705654--71705697	16	3.0	15	87	12	65	40	0	0	59	0.98
71713387--71713560	47	3.7	47	82	6	203	32	27	20	20	1.97
71720836--71720974	46	3.0	46	83	4	181	33	25	18	22	1.97
71737844--71737881	18	2.1	18	90	0	58	10	7	5	76	1.15
71741539--71741649	47	2.4	47	84	6	154	25	14	24	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71748421--71748458	18	2.1	18	90	0	58	7	10	2	78	1.04
71751187--71751219	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
71754281--71754499	109	2.0	108	89	2	332	28	21	16	33	1.95
71756909--71757029	46	2.6	46	86	2	163	32	19	26	22	1.97
71757660--71757726	33	2.0	33	100	0	134	20	11	20	46	1.82
71758325--71758354	12	2.5	12	100	0	60	26	6	40	26	1.81
71759060--71759294	27	8.7	27	83	2	294	40	21	6	31	1.79
71759060--71759294	81	2.9	81	85	0	326	40	21	6	31	1.79
71759060--71759294	54	4.4	54	89	2	355	40	21	6	31	1.79
71759060--71759346	81	3.5	81	80	3	240	39	20	9	29	1.85
71759220--71759364	27	5.4	27	83	4	123	37	19	15	28	1.92
71759891--71760083	6	31.3	6	69	16	101	18	18	14	49	1.80
71759891--71759970	25	3.2	25	82	5	92	18	18	15	47	1.83
71759900--71759989	37	2.4	37	87	5	119	18	20	15	45	1.85
71759892--71760054	62	2.6	62	92	0	263	17	19	15	47	1.82
71759956--71760014	25	2.4	25	88	0	82	20	22	13	44	1.86
71759982--71760062	37	2.2	37	86	0	117	16	17	16	50	1.78
71765128--71765678	183	3.0	183	93	0	906	25	24	21	29	1.99
71774916--71774986	29	2.4	29	79	6	72	42	18	8	30	1.80
71777021--71777053	12	2.8	12	90	0	57	15	39	3	42	1.62
71779907--71780215	46	6.7	47	90	3	461	18	22	15	43	1.88
71786268--71786324	27	2.1	27	83	6	71	1	17	8	71	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71786364--71786398	8	4.4	8	85	0	52	54	0	5	40	1.24
71787179--71787235	17	3.4	17	92	0	96	22	22	36	17	1.94
71787783--71787875	40	2.3	40	88	0	141	23	24	6	45	1.76
71791188--71791282	40	2.4	40	92	0	163	35	17	20	26	1.95
71795583--71795709	40	3.3	37	71	15	98	29	19	23	26	1.98
71795582--71795732	75	2.0	75	83	2	187	28	21	24	25	1.99
71799131--71799157	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
71803694--71803727	6	5.7	6	85	0	50	17	38	0	44	1.49
71803695--71803727	12	2.8	12	100	0	66	18	39	0	42	1.50
71811584--71811798	106	2.0	106	98	0	412	41	20	13	24	1.88
71821156--71821242	37	2.3	36	92	5	138	26	32	20	20	1.97
71821291--71821429	51	2.8	51	90	2	210	30	28	8	33	1.87
71825999--71826036	16	2.4	16	86	8	51	26	7	15	50	1.72
71826462--71826499	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
71827880--71827930	24	2.1	24	96	0	93	31	13	7	47	1.72
71831399--71831520	60	2.0	60	98	0	235	43	20	18	18	1.88
71837114--71837140	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
71847789--71847836	21	2.3	21	92	0	78	29	39	8	22	1.83
71857763--71857790	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
71858889--71858952	17	3.9	16	86	13	87	71	1	0	26	0.94
71858889--71858951	33	1.9	33	87	12	94	71	1	0	26	0.95
71858982--71859044	5	12.2	5	80	15	67	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71862252--71862296	22	2.0	22	86	0	63	68	4	6	20	1.29
71879313--71879357	21	2.2	20	84	11	56	31	11	15	42	1.82
71881575--71881636	18	3.5	18	68	12	56	53	0	8	38	1.31
71881666--71881813	74	2.0	73	96	2	271	54	8	8	29	1.59
71881858--71881891	17	1.9	17	88	5	50	47	2	0	50	1.16
71884515--71884556	19	2.2	19	83	8	50	47	0	4	47	1.23
71886508--71886550	15	2.9	15	82	3	52	46	0	2	51	1.13
71888586--71888623	15	2.4	16	82	4	51	28	2	0	68	1.03
71889203--71889257	10	5.8	10	75	18	55	67	0	1	30	1.01
71889201--71889260	18	3.3	18	79	4	68	66	0	1	31	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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