Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  199  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59409524--59409676
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26
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28
2.5
28
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6
101
26
26
16
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1.97
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1.9
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0
0
36
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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176
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0
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5
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84
0
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1
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1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2018
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28
27
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1.8
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2.0
20
100
0
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9
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1.83
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2.1
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2.9
28
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2
0
46
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59602599--59602645
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2.0
24
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0
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1.00
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14
27
1.60
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69
1.9
69
91
0
217
32
14
27
25
1.94
59634377--59634454
26
3.0
26
98
0
147
30
20
15
33
1.94
59637556--59637620
34
1.9
34
96
0
121
32
20
13
33
1.91
59640758--59640818
32
1.9
32
100
0
122
37
21
6
34
1.79
59643791--59643924
42
3.2
41
85
5
135
37
17
20
24
1.94
59645196--59645328
41
3.2
41
87
3
187
21
21
24
32
1.98
59646770--59646911
42
3.4
42
79
1
151
43
14
15
26
1.85
59647956--59648013
18
3.2
18
90
0
89
50
0
0
50
1.00
59648053--59648281
114
2.0
114
99
0
449
37
11
14
36
1.83
59650469--59650521
22
2.4
22
84
9
63
45
3
1
49
1.31
59651571--59651637
18
3.6
18
75
17
57
28
2
1
67
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59659768--59659980
105
2.0
105
97
0
399
36
13
29
21
1.91
59666552--59666583
13
2.5
13
94
0
55
46
6
25
21
1.74
59669723--59669918
38
5.2
38
87
0
275
44
27
14
13
1.83
59670853--59670897
24
1.9
23
81
4
54
33
17
0
48
1.48
59679983--59680022
19
2.2
19
90
4
64
57
7
0
35
1.27
59684021--59684177
51
3.1
50
90
1
242
32
15
22
29
1.95
59686922--59686972
22
2.3
22
80
10
59
31
1
0
66
1.03
59686938--59686979
22
2.0
22
85
4
59
23
4
0
71
1.05
59687380--59687437
30
1.9
30
82
6
73
55
10
12
22
1.66
59694349--59694381
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
59695414--59695459
25
1.9
23
83
16
58
45
10
10
32
1.74
59697467--59697520
23
2.5
22
76
8
56
46
33
3
16
1.65
59698443--59698569
12
10.2
13
75
13
92
31
1
4
62
1.25
59698474--59698569
3
30.7
3
83
10
113
32
0
5
62
1.17
59698442--59698569
15
8.8
15
77
17
78
32
1
4
61
1.26
59698679--59698726
22
2.2
22
85
14
64
35
2
4
58
1.29
59698851--59698917
22
3.0
22
77
18
68
32
0
7
59
1.25
59698937--59699015
26
3.2
24
74
13
63
36
7
2
53
1.43
59698959--59699013
24
2.3
24
84
6
67
40
7
1
50
1.40
59702927--59702971
22
2.0
22
95
0
81
28
20
4
46
1.69
59710418--59710573
44
3.5
44
86
6
208
48
15
20
15
1.81
59711351--59711550
75
2.7
75
86
5
257
31
14
19
35
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59711517--59711646
64
2.0
64
86
0
179
23
16
23
35
1.95
59711736--59711769
16
2.1
16
100
0
68
11
5
5
76
1.14
59711923--59712070
56
2.7
56
90
5
237
29
16
19
34
1.94
59712267--59712309
19
2.3
19
100
0
86
27
18
30
23
1.98
59713770--59713869
3
32.7
3
69
18
55
30
3
6
61
1.35
59713978--59714026
22
2.1
24
85
14
68
36
2
4
57
1.30
59714154--59714219
22
3.0
22
77
18
66
33
0
7
59
1.26
59714166--59714318
25
6.2
25
71
13
77
33
7
5
54
1.50
59714261--59714325
25
2.4
27
82
12
80
40
6
1
52
1.36
59714288--59714380
42
2.2
42
83
7
118
36
6
1
55
1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292