genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  82  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25287156--25287202	24	2.0	24	91	0	76	48	17	21	12	1.79
25287428--25287527	29	3.5	29	79	1	94	26	14	30	30	1.94
25291879--25291991	29	4.0	28	80	2	100	27	13	30	29	1.94
25293139--25293214	35	2.1	36	85	7	102	26	23	3	46	1.70
25296859--25296920	20	3.1	20	100	0	124	46	14	4	33	1.66
25300483--25300701	40	5.5	39	80	5	190	24	26	22	27	2.00
25300510--25300703	80	2.4	81	82	1	246	24	26	21	27	1.99
25300513--25300703	40	4.8	40	83	5	206	25	26	21	26	2.00
25308379--25308591	40	5.4	39	81	8	216	24	25	23	25	2.00
25308402--25308593	80	2.4	80	83	5	246	25	26	21	26	2.00
25310708--25310814	53	2.0	54	87	8	157	33	13	25	28	1.93
25310927--25311081	61	2.5	61	86	0	193	30	12	28	27	1.93
25317438--25317590	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
25324630--25324781	40	3.8	40	78	6	139	25	28	23	23	1.99
25340789--25340997	42	5.0	42	88	2	294	20	17	30	31	1.95
25341063--25341126	32	2.0	32	90	0	101	37	9	25	28	1.87
25343025--25343151	37	3.5	36	83	4	164	29	16	26	27	1.97
25343139--25343336	42	4.7	42	74	11	165	26	17	26	29	1.97
25347453--25347661	42	5.0	42	91	0	310	20	18	30	30	1.96
25347726--25347792	32	2.1	32	85	0	89	35	7	26	29	1.84
25353153--25353222	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
25355568--25355608	20	2.0	20	86	13	57	48	21	0	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25358534--25358574	21	2.0	21	85	9	57	36	21	7	34	1.82
25368549--25368667	46	2.6	46	90	2	177	22	19	26	31	1.98
25376096--25376183	45	2.0	45	86	4	124	39	25	10	25	1.87
25382561--25382602	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
25385557--25385598	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
25388555--25388601	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
25391561--25391608	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
25399802--25399877	29	2.6	29	97	0	143	21	25	23	30	1.99
25399861--25399939	31	2.5	31	82	8	106	25	22	20	31	1.98
25399963--25400054	42	2.2	42	94	0	157	34	22	14	28	1.93
25400185--25400293	51	2.2	48	91	8	173	25	22	22	28	1.99
25400197--25400293	25	3.8	26	90	4	162	25	22	24	26	2.00
25401086--25401176	27	3.4	27	87	6	123	18	24	20	36	1.95
25401090--25401172	26	3.2	26	87	5	114	18	22	21	37	1.94
25401205--25401442	27	8.8	27	79	2	199	31	10	19	38	1.86
25401435--25401616	27	6.8	27	89	0	215	40	6	22	30	1.79
25401354--25401483	54	2.4	54	80	2	127	36	7	19	36	1.80
25401623--25401709	26	3.3	27	82	7	90	34	9	14	41	1.78
25401641--25401724	26	3.2	26	77	11	66	35	8	14	41	1.76
25403921--25403998	30	2.5	31	91	4	131	25	25	17	30	1.97
25404022--25404113	42	2.2	42	90	0	139	33	22	14	29	1.93
25404258--25404404	25	5.8	26	89	5	230	26	23	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25404258--25404404	50	2.9	51	95	4	271	26	23	22	27	2.00
25405207--25405293	27	3.2	27	90	3	122	18	25	20	35	1.95
25405346--25405618	27	10.1	27	80	4	147	35	10	18	36	1.85
25405324--25405573	27	9.3	27	76	7	177	32	10	20	37	1.86
25405434--25405573	53	2.6	54	84	6	194	31	8	21	38	1.83
25405551--25405759	27	7.9	27	90	3	282	41	8	22	27	1.83
25405550--25405759	106	2.0	106	89	2	323	40	8	22	28	1.83
25405765--25405853	27	3.3	26	83	9	108	32	10	17	39	1.84
25405784--25405868	26	3.2	26	83	9	75	34	9	16	40	1.81
25408083--25408160	31	2.5	31	88	10	124	25	25	19	29	1.98
25408184--25408275	42	2.2	42	90	0	139	33	22	14	29	1.93
25408420--25408569	26	5.8	26	86	0	194	27	22	22	28	1.99
25408436--25408569	52	2.6	52	96	0	250	26	23	20	29	1.98
25409374--25409460	27	3.2	27	90	3	122	18	25	20	35	1.95
25409513--25409730	27	8.0	27	78	6	134	32	10	18	38	1.85
25409604--25409743	54	2.6	54	85	4	192	32	8	20	38	1.83
25409513--25409770	27	9.5	27	77	7	128	33	10	18	36	1.86
25409694--25409932	81	3.0	81	81	3	239	39	8	22	29	1.84
25409722--25409929	27	7.7	27	89	3	278	40	8	22	28	1.83
25409938--25410027	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
25409938--25410042	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
25413735--25413759	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25416176--25416212	14	2.7	14	87	4	58	48	13	2	35	1.57
25417327--25417602	41	6.8	40	89	2	392	33	21	25	19	1.97
25417660--25417695	16	2.2	16	95	0	63	44	41	0	13	1.44
25417667--25417716	17	3.0	16	83	13	57	54	32	0	14	1.40
25417683--25417716	17	1.9	18	94	5	61	58	29	0	11	1.33
25418322--25418359	19	2.0	20	94	5	69	65	2	5	26	1.27
25419285--25419341	8	7.6	7	88	5	69	68	3	3	24	1.21
25419285--25419341	15	3.8	14	86	11	69	68	3	3	24	1.21
25419284--25419343	23	2.6	22	87	7	77	66	3	3	26	1.23
25419480--25419608	41	3.2	40	82	4	152	40	10	20	27	1.86
25423845--25424071	39	5.7	40	84	5	266	25	27	21	24	1.99
25423829--25424069	79	3.0	79	82	8	267	26	26	21	25	1.99
25423835--25424079	40	6.2	40	82	7	180	26	26	22	25	2.00
25429153--25429209	19	3.0	20	76	7	55	22	1	3	71	1.10
25429282--25429338	9	6.1	9	77	4	51	26	1	1	70	1.07
25429346--25429477	43	3.0	43	85	1	183	22	18	31	28	1.97
25433598--25433622	7	3.6	7	100	0	50	40	16	12	32	1.84
25433684--25433810	9	14.1	9	71	17	77	33	1	18	45	1.59
25433701--25433799	38	2.5	40	85	11	139	34	1	17	47	1.54
25433747--25433850	51	2.1	47	82	7	118	34	0	20	44	1.58
25434166--25434233	29	2.5	26	76	15	66	45	0	1	52	1.09
25435061--25435126	31	2.2	30	84	10	82	39	1	3	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25435373--25435889	258	2.0	257	96	0	944	34	13	12	38	1.84
25436272--25436315	18	2.4	18	85	7	54	36	0	40	22	1.54
25437447--25437502	14	4.1	14	79	4	69	44	30	1	23	1.63
25437450--25437502	27	2.0	27	92	0	88	47	28	1	22	1.62
25437500--25437625	7	18.3	7	89	6	114	31	49	0	19	1.48
25437506--25437630	14	9.0	14	88	6	166	31	51	0	17	1.46
25437506--25437614	21	5.3	21	91	3	177	30	53	0	16	1.44
25437449--25437629	21	8.8	20	76	13	109	35	44	0	19	1.56
25437637--25437681	7	6.4	7	82	7	56	51	28	2	17	1.58
25437641--25437681	20	2.0	21	85	9	57	48	31	2	17	1.60
25438055--25438344	155	1.9	156	82	2	370	27	20	21	31	1.98
25438031--25438386	154	2.3	151	79	7	367	27	20	21	30	1.98
25438277--25438445	80	2.1	80	80	6	182	26	19	23	30	1.98
25438277--25438437	40	4.0	39	77	7	153	27	19	22	29	1.98
25446532--25446739	40	5.2	40	84	2	224	26	26	21	25	1.99
25449547--25449593	21	2.2	22	85	11	62	57	14	4	23	1.55
25449557--25449624	31	2.2	32	94	5	129	60	16	2	20	1.48
25449555--25449599	21	2.0	22	83	8	56	60	15	4	20	1.52
25450543--25450680	47	3.0	47	90	3	208	36	21	12	28	1.90
25450969--25451009	19	2.2	19	100	0	82	48	24	4	21	1.69
25451745--25451776	13	2.3	15	89	10	50	68	0	25	6	1.12
25453285--25453321	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25454382--25454439	24	2.4	24	91	0	89	50	3	15	31	1.61
25473562--25473586	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
25475048--25475367	48	6.7	48	95	0	541	33	8	26	30	1.86
25475412--25475534	37	3.3	37	98	0	237	25	19	31	23	1.98
25476976--25477050	37	2.0	37	92	0	123	22	33	20	24	1.97
25477171--25477397	47	4.8	47	95	1	391	27	31	9	31	1.88
25477171--25477397	95	2.4	94	94	1	391	27	31	9	31	1.88
25477368--25477425	28	2.1	28	100	0	116	29	34	6	29	1.83
25477321--25477472	75	2.0	75	97	0	286	28	30	8	31	1.87
25477396--25477492	47	2.1	47	96	0	176	29	28	8	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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