genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  257  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74286125--74286150	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
74287027--74287069	20	2.0	22	91	8	72	4	25	11	58	1.52
74287344--74287391	18	2.7	18	93	0	78	39	14	10	35	1.80
74288489--74288518	11	2.7	11	100	0	60	20	20	0	60	1.37
74291819--74291894	3	25.0	3	77	15	68	68	0	31	0	0.90
74291823--74291898	24	3.1	24	77	21	86	67	0	32	0	0.91
74291819--74291888	27	2.6	27	80	12	83	68	0	31	0	0.90
74291822--74291894	16	4.4	17	79	19	82	68	0	31	0	0.90
74291819--74291908	27	3.3	27	74	17	80	64	0	35	0	0.94
74292435--74292493	30	1.9	31	89	3	93	67	3	5	23	1.26
74292458--74292702	133	1.8	130	82	5	285	56	7	8	27	1.56
74292875--74292910	12	2.8	13	87	4	56	75	0	2	22	0.94
74292582--74293634	145	7.0	145	81	10	1144	56	6	7	29	1.54
74292873--74293634	155	5.1	144	82	10	871	56	6	7	28	1.52
74293175--74293238	15	4.4	14	70	18	51	68	1	4	25	1.17
74292582--74293627	305	3.5	292	84	8	1265	56	6	8	29	1.54
74295473--74295512	18	2.2	18	100	0	80	22	35	37	5	1.76
74295535--74295671	72	1.9	72	90	0	220	21	27	18	32	1.97
74299679--74299704	9	2.9	9	100	0	52	65	11	0	23	1.25
74299636--74299730	35	2.7	36	82	6	115	48	10	1	40	1.45
74299723--74299770	19	2.5	20	76	13	55	66	12	4	16	1.39
74299823--74299858	18	2.0	17	89	10	54	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74299826--74299871	19	2.3	20	82	14	60	0	36	0	63	0.95
74300028--74300071	20	2.2	20	83	0	52	9	11	11	68	1.40
74300027--74300065	20	2.0	20	89	0	60	7	12	10	69	1.37
74302551--74302588	14	2.7	14	91	0	58	57	10	0	31	1.32
74302965--74303010	24	1.9	24	91	8	76	19	6	4	69	1.28
74303199--74303270	18	3.9	18	70	21	60	43	2	0	54	1.15
74303217--74303279	16	4.1	15	73	25	51	41	3	0	55	1.16
74306627--74306709	30	2.8	30	79	1	78	32	24	21	21	1.98
74307137--74307212	30	2.5	30	80	4	82	39	0	2	57	1.12
74319704--74319757	21	2.7	20	83	11	74	57	5	27	9	1.52
74319708--74319747	21	1.9	21	100	0	80	55	5	30	10	1.54
74325213--74325248	17	2.1	17	90	10	56	50	0	0	50	1.00
74325375--74325401	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
74326758--74326796	17	2.2	18	86	4	53	28	2	5	64	1.28
74332210--74332309	51	2.0	51	80	11	116	42	1	15	42	1.53
74334653--74334719	17	3.8	17	84	7	80	40	11	11	35	1.79
74334648--74334719	19	3.9	19	83	10	105	40	11	12	36	1.79
74334648--74334719	18	3.9	18	83	7	92	40	11	12	36	1.79
74334698--74334742	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
74335009--74335043	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
74342787--74343329	286	1.9	285	88	2	831	33	18	22	26	1.96
74343165--74343457	155	1.9	155	87	2	437	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74343164--74343457	78	3.8	78	84	4	396	34	18	21	25	1.96
74343471--74343670	45	4.5	45	85	1	258	32	14	29	24	1.94
74343471--74343670	89	2.2	90	87	3	296	32	14	29	24	1.94
74344003--74344093	19	4.9	18	86	5	121	38	12	14	35	1.83
74344010--74344093	35	2.3	37	87	8	127	38	13	14	34	1.85
74344383--74344419	18	2.1	17	90	5	56	32	0	0	67	0.91
74346188--74346230	3	14.7	3	95	4	79	69	0	0	30	0.88
74346315--74346353	11	3.5	11	82	6	51	66	0	5	28	1.12
74346424--74346472	23	2.2	22	81	3	53	69	12	4	14	1.33
74348092--74348432	134	2.5	134	85	2	452	29	22	18	30	1.97
74347998--74348428	45	9.7	44	73	4	281	28	23	17	29	1.97
74356721--74356913	47	4.0	48	80	10	189	24	16	27	30	1.97
74356699--74356881	47	3.8	47	77	11	174	26	15	27	30	1.96
74357501--74357527	13	2.1	13	100	0	54	29	33	22	14	1.94
74364642--74365046	44	9.2	44	65	5	190	27	20	23	28	1.99
74364642--74365216	88	6.5	88	86	0	738	27	19	23	29	1.98
74365224--74365424	85	2.3	85	88	1	294	26	22	20	29	1.99
74365268--74365425	42	3.7	42	74	8	158	27	21	21	29	1.99
74366098--74366157	30	2.0	30	90	6	95	60	11	1	26	1.41
74368112--74368138	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
74372514--74372553	3	13.7	3	94	5	73	70	0	0	30	0.88
74373317--74373359	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74374715--74374747	16	2.0	17	88	5	50	48	0	6	45	1.27
74375571--74375629	27	2.2	26	79	5	64	55	1	1	40	1.20
74376258--74376287	14	2.1	14	93	0	51	50	0	6	43	1.28
74377368--74377416	15	3.3	15	83	8	57	32	2	2	63	1.17
74384433--74384530	45	2.2	46	79	5	110	31	18	21	28	1.97
74384499--74384882	132	2.9	132	87	1	520	28	20	23	26	1.99
74385665--74385701	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
74386255--74386424	92	1.8	92	87	1	250	21	20	29	29	1.98
74392554--74392602	15	3.3	15	88	8	66	32	0	2	65	1.04
74392545--74392587	19	2.4	18	81	11	52	32	0	0	67	0.91
74392539--74392586	24	2.0	24	83	0	60	33	2	0	64	1.05
74395309--74395356	19	2.7	17	78	15	53	60	0	4	35	1.16
74395307--74395351	19	2.3	20	81	11	58	57	0	4	37	1.19
74395396--74395452	30	1.9	30	85	3	80	66	0	3	29	1.08
74395389--74395449	21	3.0	21	69	9	63	63	0	3	32	1.10
74395631--74395746	28	4.1	29	75	12	89	35	5	0	58	1.26
74395694--74395775	28	2.9	29	78	7	89	36	6	0	57	1.24
74396654--74396744	45	2.0	45	93	0	155	24	10	17	47	1.80
74400634--74400686	23	2.3	24	81	15	67	54	3	0	41	1.18
74400808--74400852	20	2.2	21	96	4	83	62	4	0	33	1.15
74402011--74402048	19	2.0	19	100	0	76	57	0	26	15	1.38
74405209--74405283	28	2.7	27	77	6	71	37	1	4	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74405277--74405321	17	2.6	17	78	0	63	51	0	0	48	1.00
74405402--74405435	18	1.9	18	94	5	61	50	0	2	47	1.16
74411614--74411640	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
74412993--74413029	18	2.1	18	90	5	58	35	8	5	51	1.55
74414561--74414591	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
74415681--74415752	23	3.2	23	92	2	110	8	5	54	31	1.54
74416741--74416767	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
74417611--74417637	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
74423492--74423535	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
74424111--74424145	3	12.0	3	87	6	54	65	0	0	34	0.93
74426948--74426998	25	2.1	25	85	7	70	56	9	0	33	1.32
74428442--74428479	20	1.9	20	88	0	58	42	10	2	44	1.52
74428441--74428484	20	2.2	20	80	4	54	40	11	2	45	1.53
74432227--74432261	17	1.9	19	88	11	56	65	11	2	20	1.37
74433522--74433641	50	2.3	49	81	12	132	60	11	0	26	1.36
74437011--74437074	30	2.0	31	85	8	85	40	18	4	35	1.72
74447809--74447862	24	2.2	25	96	3	101	50	22	7	20	1.73
74448828--74448889	24	2.7	23	85	12	83	64	0	0	35	0.94
74448825--74448874	22	2.4	21	90	9	84	68	0	0	32	0.90
74448895--74448999	37	3.2	32	73	21	99	44	0	1	53	1.11
74448956--74448997	15	2.8	15	78	10	50	50	0	0	50	1.00
74450646--74450708	30	2.1	30	88	5	92	26	4	11	57	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74450830--74450854	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
74453498--74453532	16	2.2	16	90	10	54	0	25	0	74	0.82
74455886--74455936	14	3.4	14	74	25	50	33	0	15	50	1.44
74456105--74456138	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
74456261--74456370	44	2.5	45	83	1	141	21	20	15	42	1.88
74456350--74456383	6	5.7	6	96	0	59	20	17	11	50	1.77
74456973--74457007	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
74457137--74457222	24	3.5	24	72	15	61	58	5	5	30	1.45
74457187--74457253	22	2.8	24	80	10	75	58	5	2	32	1.38
74457249--74457349	23	4.3	24	76	7	91	53	3	6	35	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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