genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  290  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83855890--83855951	31	2.0	30	84	12	81	51	4	4	38	1.45
83866418--83866467	21	2.4	21	75	0	55	34	4	16	46	1.65
83872806--83872888	41	2.0	41	97	0	157	36	13	9	40	1.77
83880497--83880553	30	1.9	30	92	0	96	28	24	14	33	1.94
83885582--83885756	46	3.8	46	77	13	196	29	29	20	21	1.98
83885590--83885760	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
83886704--83887343	320	2.0	320	99	0	1253	34	21	10	32	1.88
83887512--83887544	5	6.4	5	96	3	57	18	0	0	81	0.68
83902343--83902443	40	2.5	40	87	4	152	11	16	28	42	1.84
83905771--83905795	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
83906608--83906667	29	2.1	29	100	0	120	50	26	10	13	1.73
83906655--83907144	242	2.0	242	97	0	937	39	12	14	33	1.84
83911385--83911412	13	2.2	13	100	0	56	32	0	0	67	0.91
83926473--83926514	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
83927713--83927775	21	3.0	21	86	2	83	15	25	25	33	1.95
83928197--83928248	26	2.0	26	96	0	95	19	17	23	40	1.91
83930829--83930880	21	2.5	21	87	0	77	32	25	28	13	1.93
83930829--83930889	21	2.8	23	80	14	76	36	26	24	13	1.92
83930816--83930901	21	3.9	23	76	10	72	37	24	23	15	1.93
83931274--83931330	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
83932600--83932631	5	6.2	5	96	3	55	56	0	0	43	0.99
83932654--83932682	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83933342--83933424	7	11.0	7	70	23	53	46	1	1	50	1.16
83933384--83933423	5	8.0	5	88	0	53	52	0	0	47	1.00
83935408--83935519	27	4.2	26	84	7	134	36	23	24	16	1.94
83935408--83935519	54	2.1	54	86	3	154	36	23	24	16	1.94
83936851--83936921	24	3.0	24	100	0	142	28	38	0	33	1.57
83937415--83937472	22	2.6	22	83	8	82	13	24	18	43	1.87
83939503--83939632	65	2.0	65	90	0	206	32	17	18	31	1.94
83948497--83948580	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
83948501--83948594	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
83948804--83948855	21	2.5	21	77	0	68	13	28	28	28	1.94
83954269--83954303	16	2.2	16	90	10	54	0	22	0	77	0.78
83954348--83954396	16	2.9	17	81	6	64	34	0	4	61	1.15
83956984--83957019	7	5.1	7	100	0	72	13	58	0	27	1.36
83958871--83958904	18	1.9	18	88	5	52	0	8	11	79	0.94
83960792--83960827	17	2.1	18	89	5	56	30	5	2	61	1.33
83965099--83965162	31	2.0	33	85	11	89	45	1	0	53	1.10
83968491--83968550	14	4.2	14	86	2	75	45	3	8	43	1.50
83968761--83968796	18	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
83968976--83969102	22	5.6	22	72	15	98	43	22	6	28	1.77
83968952--83969040	46	1.9	46	88	0	133	46	19	5	29	1.72
83968951--83969099	68	2.2	68	89	2	219	44	20	6	29	1.75
83970052--83970112	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83970052--83970125	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
83972174--83972232	22	2.8	20	76	16	57	47	1	5	45	1.34
83974300--83974349	20	2.5	20	86	3	73	50	12	12	26	1.74
83974788--83974816	12	2.3	13	94	5	51	27	0	0	72	0.85
83975848--83975943	31	3.2	31	61	21	78	35	6	4	54	1.45
83975841--83975961	58	2.1	58	100	0	242	38	4	6	50	1.50
83976430--83976462	17	1.9	17	88	11	50	27	6	0	66	1.15
83982307--83982343	16	2.4	16	90	4	58	54	5	2	37	1.38
83989049--83989082	6	5.5	6	89	3	50	79	0	17	2	0.86
84000668--84000706	3	13.0	3	88	0	51	25	33	0	41	1.56
84000668--84000706	15	2.6	15	87	0	60	25	33	0	41	1.56
84000670--84000704	18	1.9	18	100	0	70	22	34	0	42	1.54
84009289--84009328	16	2.5	16	92	8	64	50	7	7	35	1.59
84029629--84029672	20	2.2	20	87	0	61	34	2	9	54	1.44
84033253--84033294	19	2.2	20	82	4	50	26	16	7	50	1.71
84041519--84041678	44	3.7	45	71	15	149	40	19	21	18	1.92
84041483--84041761	86	3.2	86	79	8	289	37	19	21	21	1.94
84041920--84042084	44	3.6	44	72	14	129	30	18	21	29	1.97
84044364--84044407	20	2.2	20	87	0	61	34	2	9	54	1.44
84063335--84063384	17	2.9	17	75	3	55	50	2	0	48	1.12
84064517--84064598	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
84081314--84081346	12	3.0	11	91	8	50	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84084124--84084168	19	2.4	18	85	10	56	20	17	13	48	1.80
84088932--84089076	37	3.9	37	92	2	238	24	30	19	25	1.98
84089223--84089513	48	6.0	48	94	2	503	31	26	6	36	1.81
84092189--84092321	66	2.0	66	92	0	221	30	18	12	38	1.88
84092370--84092453	43	1.9	44	92	2	143	33	26	19	21	1.97
84092817--84093020	86	2.4	85	84	4	275	35	21	23	20	1.96
84092865--84093054	42	4.5	41	68	12	114	34	22	19	23	1.97
84092865--84093149	128	2.2	128	94	1	498	33	22	21	22	1.97
84092998--84093200	87	2.3	87	83	4	250	33	23	23	19	1.97
84092739--84093150	43	9.6	43	64	11	153	35	22	21	21	1.96
84092822--84093190	44	8.6	42	68	13	157	34	21	23	20	1.97
84094521--84094671	53	2.8	53	88	4	214	29	27	15	26	1.96
84098741--84098778	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
84098803--84098831	14	2.1	14	100	0	58	20	6	13	58	1.58
84104369--84104411	22	1.9	22	85	4	59	60	0	39	0	0.97
84116119--84116144	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
84119924--84120099	47	3.8	46	80	12	198	29	27	19	23	1.98
84119931--84120101	94	1.8	93	89	1	270	28	27	20	23	1.99
84120520--84120579	30	2.0	30	83	6	77	31	25	6	36	1.82
84130151--84130201	21	2.5	21	83	3	68	39	19	3	37	1.70
84133075--84133117	19	2.3	19	100	0	86	23	11	18	46	1.82
84133623--84133666	22	2.0	22	100	0	88	45	18	0	36	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84134817--84134848	16	2.1	16	88	11	50	0	21	0	78	0.76
84142477--84142522	20	2.3	20	80	0	56	71	6	2	19	1.18
84143617--84143663	15	3.2	15	78	3	51	34	0	2	63	1.06
84145055--84145091	3	12.3	3	94	0	65	29	0	0	70	0.88
84146461--84146497	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
84146793--84146817	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
84151502--84151546	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
84151829--84151892	29	2.2	29	83	8	76	43	1	9	45	1.45
84152821--84152845	10	2.5	10	100	0	50	76	8	0	16	1.02
84164939--84164997	32	1.9	31	86	6	84	61	6	3	28	1.38
84165177--84165241	29	2.2	29	83	2	85	43	10	6	40	1.65
84166397--84166442	21	2.2	21	100	0	92	8	28	13	50	1.70
84180668--84180844	92	1.9	92	90	2	284	23	18	22	36	1.95
84182485--84182510	10	2.6	10	100	0	52	11	0	0	88	0.52
84197356--84197401	11	4.5	11	78	13	53	52	0	0	47	1.00
84205575--84205685	53	2.1	53	82	0	132	36	7	8	47	1.61
84206512--84206539	8	3.5	8	100	0	56	78	0	10	10	0.96
84207227--84207261	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
84209607--84209659	23	2.3	23	78	12	56	50	5	7	35	1.54
84216094--84216691	132	4.5	131	77	5	499	34	18	19	27	1.95
84217033--84217083	21	2.4	23	75	18	56	54	13	11	19	1.69
84219496--84219531	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84219585--84219642	23	2.5	23	100	0	116	46	43	3	6	1.47
84219900--84219940	10	4.3	10	81	12	50	31	24	0	43	1.54
84220149--84220195	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
84220884--84220912	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
84221150--84221206	21	2.6	22	73	15	64	66	5	0	28	1.13
84226166--84226438	46	5.9	46	92	0	413	39	14	24	21	1.91
84231439--84231605	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
84231434--84231605	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
84238929--84239095	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
84238924--84239095	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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