Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  273  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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0
0
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0
0
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30
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0
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1.9
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3
5
57
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
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1.94
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33
14
25
26
1.94
78410707--78410795
46
2.0
45
91
4
144
32
13
25
28
1.94
78410708--78410833
44
2.8
45
81
7
139
33
14
25
26
1.94
78414777--78414948
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1.8
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96
0
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1.98
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20
1.98
78419467--78419581
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21
21
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1.70
78445582--78445730
78
1.9
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205
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29
1.70
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2.0
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1.42
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2.4
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3
3
72
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37
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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56
100
0
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0
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1.81
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0
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2.4
12
94
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30
0
6
63
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78591107--78591234
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17
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0
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0
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1
274
28
22
25
24
1.99
78639676--78639729
27
2.0
27
100
0
108
25
14
37
22
1.93
78639731--78639958
46
5.0
46
89
3
316
39
14
23
22
1.90
78641956--78642058
53
1.9
53
100
0
206
25
5
17
51
1.67
78642894--78642947
20
2.6
21
82
11
67
35
0
7
57
1.27
78642937--78642975
11
3.5
11
85
0
60
25
2
2
69
1.14
78645116--78645294
46
3.9
46
85
2
216
41
13
22
21
1.89
78647017--78647053
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
78650329--78650387
26
2.4
25
81
10
68
66
5
0
28
1.13
78654979--78655029
13
3.9
13
76
19
61
37
25
5
31
1.80
78661612--78661662
25
2.0
25
100
0
102
27
19
11
41
1.86
78665454--78665506
18
2.9
19
69
20
51
52
0
1
45
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78666089--78666137
22
2.2
22
92
0
80
14
0
32
53
1.41
78666110--78666149
17
2.4
17
83
8
55
17
0
32
50
1.47
78666149--78666216
26
2.6
26
97
0
127
45
0
13
41
1.43
78666343--78666706
125
2.9
125
83
5
364
36
14
17
30
1.90
78666406--78666725
125
2.5
125
86
3
419
35
16
19
28
1.94
78669817--78669905
29
3.1
29
67
23
89
51
5
4
38
1.46
78669824--78669921
27
3.6
27
70
22
87
57
5
4
33
1.40
78669807--78669939
56
2.4
56
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2
214
51
5
3
39
1.43
78670358--78670392
18
1.9
18
88
0
52
42
2
25
28
1.69
78671011--78671070
7
8.6
7
94
0
102
58
11
1
28
1.43
78672000--78672065
23
2.8
23
73
13
62
59
0
6
34
1.22
78672225--78672290
10
6.4
10
74
6
51
39
0
25
34
1.56
78672228--78672287
22
2.8
22
73
14
63
43
0
26
30
1.55
78680728--78680790
30
2.1
30
93
0
108
23
4
12
58
1.53
78681457--78681512
29
2.0
29
89
3
87
35
1
14
48
1.54
78681611--78681881
135
2.0
135
90
2
429
43
9
3
43
1.54
78687263--78687331
9
7.7
9
75
15
54
44
15
8
30
1.77
78687263--78687332
18
3.9
18
77
7
88
44
15
8
31
1.77
78687263--78687332
27
2.6
27
81
0
86
44
15
8
31
1.77
78687347--78687399
13
4.1
13
75
7
54
15
0
11
73
1.09
78692781--78692820
20
2.0
20
90
5
62
72
0
2
25
0.97
78694254--78694309
18
3.1
18
77
7
60
30
3
3
62
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78695807--78695868
27
2.3
27
97
2
115
33
3
4
58
1.36
78695807--78695881
27
2.7
27
91
6
105
33
2
5
58
1.34
78696135--78696263
66
2.0
66
92
0
213
27
6
17
48
1.71
78696464--78696499
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
78700738--78700798
30
2.0
30
84
6
79
36
3
6
54
1.43
78702448--78702620
93
1.9
93
95
0
310
27
30
21
20
1.98
78702441--78702616
46
3.8
46
80
10
205
28
30
21
20
1.98
78702449--78702635
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4.0
46
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15
145
28
29
20
20
1.98
78704051--78704122
19
3.7
19
70
14
58
44
4
0
51
1.20
78704762--78704837
30
2.5
31
74
8
75
47
5
1
46
1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292