genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  174  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51796099--51796125	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
51796910--51796978	25	2.8	25	79	0	84	21	24	13	40	1.89
51803826--51803876	26	2.0	25	84	7	66	41	21	21	15	1.90
51803861--51803956	27	3.6	27	82	0	111	35	21	22	19	1.96
51804214--51804426	27	7.9	27	78	5	162	31	11	16	39	1.84
51804213--51804407	81	2.4	82	76	5	207	33	10	15	39	1.83
51806286--51806405	60	2.0	60	90	3	188	30	18	26	24	1.98
51806519--51806649	67	2.0	67	86	3	183	25	18	29	25	1.98
51806772--51806811	20	1.9	22	90	10	66	57	10	10	22	1.61
51807843--51807900	29	2.0	29	100	0	116	24	24	31	20	1.98
51807871--51808037	46	3.6	46	75	13	137	25	19	29	25	1.98
51816580--51816751	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
51816572--51816747	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
51819131--51819219	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
51819131--51819210	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
51819142--51819219	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
51822161--51822332	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
51822153--51822328	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
51828079--51828280	47	4.3	47	88	0	287	35	11	27	24	1.91
51828079--51828314	94	2.5	93	82	6	262	34	12	28	24	1.91
51829958--51830027	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
51837852--51837921	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51845250--51845279	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
51845753--51845822	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
51853647--51853716	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
51861495--51861564	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
51863037--51863062	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
51866643--51866858	47	4.6	47	78	10	194	27	17	30	24	1.97
51866596--51866854	46	5.5	46	74	8	184	28	17	29	24	1.97
51866597--51866854	140	1.8	140	84	3	349	28	17	29	24	1.97
51867811--51867865	28	2.0	28	100	0	110	10	18	49	21	1.78
51867810--51867895	28	3.0	28	86	1	91	17	17	43	22	1.88
51871185--51871254	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
51873028--51873122	28	3.4	28	81	5	104	17	23	23	35	1.95
51873028--51873140	27	4.2	26	80	8	109	16	22	23	38	1.93
51873028--51873140	55	2.1	54	83	5	138	16	22	23	38	1.93
51876320--51876419	28	3.6	28	93	0	155	35	10	25	30	1.88
51878419--51878630	29	7.4	29	72	6	182	16	18	36	28	1.93
51878389--51878630	56	4.2	57	93	3	398	16	18	35	28	1.93
51883540--51883645	28	3.8	28	89	2	151	34	10	24	30	1.89
51890551--51890580	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
51890998--51891107	27	4.0	28	82	6	120	20	22	20	36	1.95
51890998--51891107	55	2.0	54	85	5	150	20	22	20	36	1.95
51892293--51892393	27	3.7	27	81	4	105	17	13	22	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51892321--51892431	27	4.1	27	76	9	84	25	15	19	39	1.91
51892385--51892485	27	3.7	27	93	0	175	35	16	15	31	1.91
51896488--51897338	425	2.0	425	90	0	1333	30	13	22	33	1.93
51898339--51898430	44	2.1	44	97	0	175	39	26	4	30	1.75
51899036--51899295	50	5.3	50	80	5	203	25	26	18	29	1.98
51899073--51899346	95	2.8	98	79	7	265	24	27	19	28	1.99
51899110--51899404	145	2.0	143	81	10	334	25	27	18	28	1.98
51899120--51899394	50	5.7	48	76	10	213	23	28	19	28	1.98
51903601--51903658	29	2.0	29	80	12	66	31	12	24	32	1.91
51903695--51903789	43	2.2	43	84	0	127	31	17	25	25	1.97
51910148--51910331	50	3.7	50	87	2	221	26	27	15	29	1.96
51913479--51913565	43	2.0	43	97	0	165	35	21	9	33	1.85
51917311--51917409	28	3.5	29	84	4	105	30	26	15	28	1.96
51919055--51919138	42	2.0	42	83	4	107	20	36	25	17	1.94
51931292--51931451	40	4.1	40	87	4	227	23	23	28	25	1.99
51931292--51931451	79	2.0	79	88	7	236	23	23	28	25	1.99
51931292--51931472	79	2.3	79	84	7	208	24	21	28	25	1.99
51934557--51934622	27	2.4	27	100	0	132	13	37	21	27	1.91
51942337--51942409	27	2.8	24	75	20	67	16	27	23	32	1.96
51944565--51944604	21	1.9	21	89	0	62	25	25	32	17	1.97
51944572--51944612	21	2.0	21	85	9	57	24	24	31	19	1.98
51951843--51951946	51	2.0	51	96	0	190	15	36	10	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51952616--51952650	16	2.3	15	90	5	52	62	11	17	8	1.52
51954666--51954794	37	3.4	37	93	1	204	27	32	17	23	1.96
51954834--51954985	48	3.2	48	87	0	232	31	27	5	34	1.81
51954977--51955220	51	4.9	50	97	1	447	31	28	8	31	1.86
51954977--51955220	100	2.4	100	95	2	447	31	28	8	31	1.86
51961588--51961620	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
51961667--51961725	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
51961696--51961744	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
51963162--51963251	20	4.5	20	92	2	146	21	25	1	52	1.54
51964462--51964511	24	2.1	24	100	0	100	46	16	4	34	1.65
51967140--51967179	18	2.3	18	86	4	55	27	10	5	57	1.52
51972061--51972102	22	2.0	21	85	4	57	71	4	21	2	1.16
51973838--51973893	28	2.0	28	100	0	112	39	10	17	32	1.84
51976763--51976789	14	1.9	14	100	0	54	44	7	14	33	1.73
51982155--51982189	15	2.3	15	100	0	70	25	5	17	51	1.67
51984409--51984678	68	4.0	68	80	4	267	24	20	17	37	1.93
51984416--51984669	136	1.9	135	81	2	312	24	20	17	38	1.93
51992320--51992386	36	2.0	35	82	11	86	40	17	13	28	1.88
51993972--51994130	35	4.5	35	75	0	156	30	9	18	41	1.82
51995862--51996046	79	2.3	82	80	9	204	25	24	26	23	2.00
51995862--51996046	40	4.7	40	75	6	162	25	24	26	23	2.00
52005936--52005971	16	2.2	17	90	5	56	11	5	30	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52010414--52010563	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
52010438--52010621	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
52012424--52012527	29	3.7	29	83	7	115	27	29	16	25	1.97
52019445--52019622	78	2.3	80	85	7	240	25	21	27	25	2.00
52019445--52019624	40	4.6	40	85	8	237	25	21	27	25	1.99
52019445--52019657	78	2.7	78	82	9	222	26	21	27	25	1.99
52019449--52019657	39	5.4	37	80	12	147	26	21	26	25	1.99
52035796--52035979	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
52035838--52036024	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
52041146--52041278	43	3.1	43	75	9	119	33	24	15	27	1.95
52041141--52041263	43	2.9	42	77	6	140	33	24	15	26	1.95
52041146--52041312	43	3.9	43	73	7	115	32	25	15	26	1.95
52043651--52043715	33	2.0	33	87	0	94	24	21	27	26	1.99
52046162--52046342	79	2.3	81	80	9	194	23	27	23	24	2.00
52046154--52046290	40	3.5	40	80	5	136	23	28	23	24	2.00
52050136--52050166	13	2.4	13	100	0	62	0	38	0	61	0.96
52072033--52072177	44	3.4	43	75	12	145	33	25	15	26	1.95
52072021--52072186	43	3.9	44	73	12	139	33	26	14	25	1.94
52075096--52075290	27	7.3	27	78	9	175	25	17	18	38	1.92
52078487--52078544	26	2.2	25	82	8	71	29	15	18	36	1.92
52078497--52078705	27	7.8	27	81	7	221	21	17	19	41	1.90
52078501--52078705	106	1.9	108	84	7	276	21	17	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52082491--52082562	6	11.8	6	77	14	76	48	16	18	16	1.81
52082679--52082744	27	2.5	26	82	7	78	37	21	22	18	1.94
52082698--52082752	27	2.0	27	86	6	76	36	20	25	18	1.94
52082703--52082760	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
52082917--52082975	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
52083063--52083145	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
52083344--52083540	27	7.3	27	84	2	234	25	19	18	36	1.95
52083549--52083980	27	16.0	27	83	3	521	40	10	22	26	1.86
52087156--52087258	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
52092148--52092207	30	2.0	30	87	3	86	40	5	25	30	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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