genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  241  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69968002--69968136	51	2.6	52	94	1	236	36	24	5	34	1.78
69972262--69972314	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
69973795--69973927	26	5.2	26	90	5	209	36	24	5	33	1.78
69973794--69973927	49	2.6	51	93	4	227	35	25	5	33	1.78
69974806--69974918	25	4.7	26	70	15	89	42	27	1	28	1.66
69974832--69974941	46	2.4	46	93	0	193	44	25	1	28	1.64
69974837--69974944	21	4.8	21	71	13	72	44	25	1	27	1.64
69974859--69974956	14	6.7	14	70	9	61	45	25	1	27	1.60
69975114--69975332	41	5.4	41	89	0	341	17	22	23	36	1.95
69975125--69975363	123	1.9	123	85	4	329	18	23	21	36	1.95
69975388--69975413	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
69975564--69975607	20	2.2	20	88	8	63	36	2	9	52	1.46
69975555--69975602	22	2.1	23	84	3	62	33	2	8	56	1.41
69975646--69975699	16	3.1	16	79	12	54	42	0	3	53	1.18
69975655--69975700	2	24.5	2	78	12	53	43	0	2	54	1.12
69975887--69975922	9	4.1	9	85	7	56	41	0	0	58	0.98
69982421--69982540	3	39.7	3	77	1	114	62	0	8	29	1.24
69983253--69983287	12	3.0	12	87	4	54	2	17	0	80	0.84
69983254--69983291	12	3.2	12	81	7	51	2	18	0	78	0.86
69984590--69984625	9	4.0	9	88	0	54	88	0	11	0	0.50
69985339--69985372	11	3.3	11	88	12	54	44	8	0	47	1.34
69985341--69985370	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69994874--69994901	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
70000506--70000539	5	6.6	5	93	6	59	17	0	0	82	0.67
70001166--70001408	131	1.9	131	79	3	283	33	12	15	37	1.86
70001934--70001974	21	1.9	22	90	5	66	65	2	7	24	1.30
70006986--70007033	17	2.8	18	84	12	57	75	0	0	25	0.81
70006986--70007036	15	3.1	16	81	13	59	74	0	0	25	0.82
70007035--70007077	22	1.9	22	85	4	59	25	2	0	72	0.97
70007030--70007091	23	2.7	23	75	7	63	32	1	0	66	1.02
70010675--70010769	45	2.1	45	94	1	165	53	4	10	31	1.54
70010687--70010779	45	2.1	45	89	0	141	53	4	9	32	1.53
70017261--70017424	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70017261--70017458	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
70035325--70035354	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
70036414--70036464	23	2.2	23	85	3	66	31	0	1	66	1.03
70040830--70040881	15	3.5	14	79	10	50	42	1	0	55	1.10
70041876--70041921	24	1.9	24	86	8	67	39	21	23	15	1.92
70048304--70048332	7	4.1	7	100	0	58	13	44	13	27	1.82
70048589--70048627	19	1.9	19	90	10	60	56	0	0	43	0.99
70048587--70048639	27	2.0	27	85	7	72	56	0	0	43	0.99
70048588--70048641	21	2.6	21	80	17	67	55	0	0	44	0.99
70052058--70052164	12	8.8	12	78	4	88	31	9	1	57	1.41
70052017--70052144	3	42.7	3	77	3	114	29	7	3	59	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70053081--70053239	26	6.5	24	72	17	105	59	5	5	30	1.40
70053153--70053240	24	3.7	25	77	14	89	62	5	2	29	1.30
70053152--70053290	44	3.0	46	77	7	129	59	5	5	28	1.44
70053309--70053364	24	2.3	25	82	11	64	60	1	3	33	1.24
70053320--70053364	24	1.9	24	86	4	65	62	2	0	35	1.08
70053455--70053479	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
70053687--70053735	4	12.2	4	84	0	53	65	0	6	28	1.16
70055425--70055471	23	2.1	22	88	4	67	14	8	2	74	1.15
70057245--70057470	88	2.6	88	82	4	242	36	5	17	40	1.74
70061341--70061404	20	3.2	20	77	4	65	48	9	12	29	1.72
70061353--70061392	21	1.9	21	89	0	62	45	5	15	35	1.68
70084368--70084405	19	2.0	19	94	0	67	47	7	10	34	1.67
70085353--70085384	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
70086389--70086419	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
70086400--70086461	30	2.1	30	90	0	97	30	3	9	56	1.47
70086801--70086861	29	2.1	30	90	3	97	24	1	14	59	1.45
70086945--70086984	18	2.1	18	86	9	53	25	0	10	65	1.24
70095409--70095481	36	2.0	36	100	0	146	21	13	23	41	1.89
70104217--70104252	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
70104667--70104707	17	2.7	16	82	17	52	29	0	0	70	0.87
70104772--70104800	12	2.4	12	100	0	58	31	0	0	68	0.89
70104764--70104843	21	3.7	20	69	25	56	31	0	1	67	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70104783--70104846	26	2.6	24	79	11	76	34	0	1	64	1.03
70110616--70110653	17	2.2	18	81	13	53	50	10	5	34	1.59
70111525--70111567	22	2.0	22	85	0	59	55	9	11	23	1.64
70112773--70112806	16	2.1	17	88	5	52	58	0	2	38	1.13
70114392--70114440	21	2.3	20	79	6	53	48	2	2	46	1.25
70116592--70116649	22	2.7	20	72	15	53	10	17	8	63	1.49
70122360--70122398	16	2.5	16	87	4	53	71	0	23	5	1.05
70123391--70123445	24	2.3	24	84	3	67	29	5	5	60	1.42
70130999--70131058	29	2.1	29	84	6	77	36	21	6	35	1.80
70132044--70132149	43	2.5	43	83	6	126	36	25	12	25	1.91
70134778--70134816	20	2.0	20	84	0	51	38	10	5	46	1.60
70135248--70135276	14	2.0	15	93	6	51	65	6	0	27	1.18
70152465--70152510	20	2.3	19	82	10	56	30	13	10	45	1.77
70155436--70155468	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
70162979--70163007	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
70163030--70163065	5	7.4	5	93	6	65	41	0	0	58	0.98
70164330--70164386	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
70165880--70165993	44	2.5	45	84	2	140	35	14	22	26	1.93
70172966--70172998	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
70173279--70173552	46	6.0	46	89	1	354	21	23	14	40	1.89
70177631--70177913	18	15.3	18	70	11	151	36	15	12	35	1.85
70177712--70177913	72	2.8	71	81	5	228	37	15	12	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70179494--70179521	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
70188620--70188661	21	2.1	19	91	8	66	0	28	0	71	0.86
70188625--70188670	21	2.2	20	84	3	56	0	32	2	65	1.05
70190418--70190453	12	2.9	12	91	4	54	75	2	16	5	1.12
70191864--70192009	53	2.7	53	90	4	213	26	15	28	29	1.96
70193381--70193414	16	2.1	17	88	5	52	32	0	32	35	1.58
70203051--70203078	7	4.0	7	100	0	56	14	14	28	42	1.84
70205509--70205557	26	1.9	26	83	4	64	40	0	2	57	1.10
70207157--70207326	91	1.9	91	91	0	277	40	9	15	35	1.79
70208265--70208293	14	2.1	14	100	0	58	44	20	20	13	1.85
70211034--70211175	27	5.3	26	87	4	158	35	23	23	17	1.95
70211034--70211173	54	2.6	55	87	2	185	35	22	24	17	1.96
70216310--70216365	28	2.0	28	96	0	103	28	8	25	37	1.86
70223772--70223884	47	2.4	47	95	0	199	23	19	28	28	1.98
70226375--70226405	14	2.2	14	94	0	53	48	12	3	35	1.58
70232654--70232738	40	2.2	40	84	2	109	17	20	31	30	1.95
70233385--70233409	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
70234639--70234772	45	3.0	44	87	9	177	24	28	20	26	1.99
70234933--70235177	43	5.7	43	93	1	366	34	20	13	30	1.92
70240180--70240416	108	2.2	108	96	3	435	35	3	17	43	1.67
70249128--70249172	21	2.1	21	91	0	72	31	17	20	31	1.96
70250443--70250469	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70251345--70251389	18	2.4	20	89	10	69	0	35	0	64	0.94
70255037--70255271	39	6.0	39	90	2	296	30	29	21	18	1.97
70255054--70255271	117	1.8	119	89	3	343	29	28	22	19	1.98
70274965--70275001	18	2.0	20	89	10	60	32	0	0	67	0.91
70275500--70275538	11	3.5	11	85	0	51	71	0	0	28	0.86
70275662--70275709	22	2.2	22	84	0	60	41	4	0	54	1.20
70285507--70285606	39	2.6	39	77	4	105	54	4	6	36	1.44
70286084--70286147	29	2.3	29	79	20	82	4	3	31	60	1.32
70286970--70287030	30	2.0	30	90	6	97	42	27	9	19	1.83
70287054--70287215	88	1.8	87	84	5	218	37	19	16	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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