genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  122  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36675220--36675293	27	2.7	27	93	0	130	29	18	17	33	1.94
36678720--36678816	28	3.5	28	97	1	178	18	10	26	44	1.82
36680631--36680674	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
36687702--36687831	59	2.2	57	93	2	215	35	13	25	25	1.93
36687702--36687831	29	4.5	29	94	2	217	35	13	25	25	1.93
36695724--36695855	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
36695694--36695855	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
36695724--36695855	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
36703247--36703414	40	4.2	40	80	6	187	25	22	26	25	2.00
36709320--36709424	39	2.7	39	96	1	192	22	29	20	26	1.99
36720711--36720869	40	4.1	40	85	4	189	26	30	20	22	1.98
36720728--36720869	38	3.6	39	83	4	171	26	30	20	23	1.98
36720678--36720869	80	2.5	80	83	6	216	26	29	20	24	1.99
36727000--36727152	39	3.9	39	89	0	225	24	20	31	23	1.98
36727001--36727183	78	2.3	79	86	1	251	24	21	30	22	1.99
36727001--36727183	39	4.6	39	86	0	222	24	21	30	22	1.99
36727003--36727221	78	2.8	78	83	4	226	25	21	29	23	1.99
36730274--36730352	31	2.5	31	91	0	122	26	25	17	30	1.97
36730376--36730464	42	2.1	42	91	0	142	34	23	15	25	1.95
36730612--36730709	26	3.8	26	87	1	153	25	21	25	27	1.99
36730612--36730709	52	1.9	51	93	2	169	25	21	25	27	1.99
36731508--36731573	27	2.5	26	78	11	71	21	22	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36731623--36731719	27	3.6	26	77	13	88	32	10	17	39	1.84
36731608--36731788	54	3.3	52	78	6	157	32	9	17	39	1.83
36731705--36731808	27	3.9	27	78	7	122	30	7	22	39	1.82
36731712--36731835	27	4.6	27	75	13	94	29	8	20	41	1.83
36731840--36731958	27	4.4	27	91	0	193	42	9	21	26	1.82
36734187--36734265	31	2.5	31	95	0	140	27	26	16	29	1.97
36734289--36734380	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
36734520--36734616	25	3.8	25	90	4	151	26	23	22	26	2.00
36734520--36734616	50	1.9	51	93	6	171	26	23	22	26	2.00
36735412--36735476	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
36735534--36735663	27	4.7	27	74	11	102	30	9	19	41	1.82
36735618--36735719	27	3.8	27	81	5	125	29	8	21	40	1.83
36735591--36735716	54	2.3	54	86	2	164	29	8	21	40	1.83
36735747--36735892	27	5.4	27	84	0	184	43	8	20	28	1.80
36735747--36735892	54	2.7	54	85	0	220	43	8	20	28	1.80
36735747--36735917	54	3.2	54	83	0	207	40	8	21	29	1.83
36737648--36737687	21	2.0	21	95	5	73	22	30	20	27	1.98
36738002--36738066	27	2.4	27	76	5	69	21	21	18	38	1.93
36738124--36738253	27	4.8	28	74	14	101	30	7	20	42	1.80
36738117--36738307	54	3.5	54	78	7	158	30	9	19	40	1.83
36738207--36738339	27	5.0	26	77	7	140	28	10	21	39	1.86
36738349--36738484	27	5.0	27	90	1	193	41	8	21	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36738349--36738484	54	2.5	54	92	2	220	41	8	21	27	1.82
36738328--36738509	81	2.2	81	81	9	217	38	10	21	29	1.87
36743696--36743752	27	2.1	27	96	0	105	38	17	26	17	1.92
36746002--36746111	54	2.0	54	98	0	211	44	16	19	20	1.87
36747231--36747398	80	2.1	80	98	0	327	26	20	16	36	1.94
36748444--36748522	39	2.0	39	100	0	158	37	22	7	31	1.82
36748879--36748907	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
36756050--36756110	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36760325--36760439	55	2.1	56	80	8	128	35	22	23	18	1.95
36760358--36760439	27	3.0	27	80	7	94	31	23	25	19	1.98
36760545--36760637	28	3.3	28	93	0	150	30	8	27	33	1.87
36764148--36764238	15	6.3	14	70	16	69	69	1	24	5	1.16
36764196--36764237	13	3.0	14	86	10	59	71	0	21	7	1.09
36771435--36771745	49	6.4	49	95	1	509	28	9	33	28	1.87
36771435--36771745	97	3.2	97	95	0	541	28	9	33	28	1.87
36771435--36771750	146	2.2	146	92	1	544	28	8	33	29	1.87
36771435--36771793	146	2.5	145	87	3	463	29	8	32	29	1.88
36771847--36771968	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
36774025--36774188	29	5.7	29	98	0	310	26	16	32	24	1.96
36774672--36774770	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
36777493--36777801	49	6.4	49	96	1	527	28	9	33	29	1.88
36777493--36777857	146	2.5	144	85	4	432	29	8	32	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36777903--36778023	37	3.3	37	95	2	217	25	19	33	21	1.96
36780506--36780837	29	11.7	29	96	3	613	24	31	16	26	1.96
36782925--36783044	37	3.3	37	94	3	208	20	33	20	25	1.97
36786298--36786612	29	10.7	29	88	10	478	23	32	16	27	1.96
36787371--36787403	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
36788464--36788528	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
36788633--36788722	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
36788643--36788733	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
36788633--36788747	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
36789186--36789224	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
36789810--36789843	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
36795986--36796017	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
36796268--36796329	28	2.2	28	91	0	97	32	30	8	29	1.86
36796435--36796524	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
36796445--36796535	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
36796435--36796549	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
36798811--36798953	40	3.5	39	82	6	144	34	21	16	26	1.95
36798849--36798952	42	2.5	41	87	6	149	36	20	16	26	1.93
36804757--36804785	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
36813430--36813462	16	2.1	16	100	0	66	42	21	24	12	1.86
36813659--36813741	29	2.9	29	85	1	114	26	14	31	27	1.95
36820790--36820853	31	2.1	31	87	0	92	25	21	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36821061--36821213	24	6.4	24	96	2	254	26	21	22	29	1.99
36821068--36821212	47	3.1	47	94	2	254	27	20	22	28	1.99
36821263--36821329	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
36822390--36822431	17	2.5	17	96	0	75	11	19	21	47	1.81
36826552--36826608	11	4.6	12	82	12	71	75	7	3	14	1.14
36826574--36826613	15	2.7	15	88	3	64	72	5	5	17	1.21
36827471--36827527	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
36827471--36827527	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
36827471--36827527	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
36827575--36827606	12	2.7	12	100	0	64	46	12	15	25	1.81
36833574--36833634	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
36837079--36837224	40	3.7	40	82	7	172	26	26	21	25	2.00
36842010--36842071	28	2.3	26	89	8	97	19	9	29	41	1.83
36842010--36842077	27	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
36846276--36846337	28	2.3	26	89	8	97	19	9	29	41	1.83
36846276--36846343	27	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
36853714--36853777	30	2.2	29	91	2	101	26	15	23	34	1.95
36856099--36856265	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
36864102--36864268	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
36868146--36868214	34	2.0	34	100	0	138	47	8	28	14	1.74
36878910--36878971	28	2.3	26	89	8	97	19	9	29	41	1.83
36878910--36878977	27	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36880772--36880815	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
36883992--36884026	18	1.9	18	94	0	61	22	31	28	17	1.96
36888935--36888977	21	2.0	22	81	4	52	39	18	11	30	1.86
36894112--36894243	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
36894082--36894243	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
36894112--36894243	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
36897228--36897301	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
36897285--36897360	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
36897228--36897360	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
36905105--36905178	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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