genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  47  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13176657--13176683	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
13179737--13179842	50	2.1	50	84	3	142	37	16	23	21	1.93
13184114--13184152	7	5.3	7	82	11	51	33	2	38	25	1.70
13184661--13184730	24	2.9	24	80	4	88	21	27	35	15	1.94
13185148--13185262	58	2.0	59	91	1	187	24	17	21	36	1.94
13185493--13185577	26	3.3	26	100	0	170	29	15	30	24	1.95
13188555--13188626	35	2.1	35	89	0	108	37	11	25	26	1.89
13193720--13193791	35	2.1	35	86	0	99	37	11	23	27	1.89
13202203--13202303	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
13210154--13210254	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
13214132--13214337	85	2.4	84	77	10	202	21	33	28	16	1.95
13214132--13214826	43	16.4	42	77	6	401	19	32	29	18	1.95
13214180--13214967	85	9.3	84	75	8	460	20	32	29	18	1.96
13214210--13214759	42	13.0	43	78	6	444	19	32	30	18	1.95
13214210--13214641	127	3.4	128	79	7	432	18	30	32	19	1.95
13214644--13214901	43	6.0	43	72	8	152	22	33	25	18	1.96
13215633--13215754	58	2.1	59	87	1	174	24	16	24	34	1.95
13226967--13227035	26	2.7	26	97	0	129	31	14	30	23	1.94
13234433--13234571	43	3.3	42	76	7	127	21	37	24	16	1.93
13234512--13234865	43	8.3	42	78	8	146	20	33	30	15	1.94
13234581--13235543	212	4.5	212	77	6	833	20	30	30	18	1.96
13234512--13235543	85	12.2	85	74	5	725	20	31	30	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13234584--13235543	43	22.6	43	76	5	781	20	30	30	18	1.96
13234586--13235348	340	2.2	339	81	2	897	19	30	31	17	1.95
13235413--13235671	43	6.1	42	76	6	191	22	34	24	18	1.96
13235432--13235695	85	3.1	85	74	8	214	21	34	25	19	1.96
13235893--13236016	24	5.2	24	78	0	131	18	32	37	12	1.88
13236419--13236539	58	2.1	59	87	4	174	27	20	19	32	1.97
13240019--13240088	35	2.0	35	88	0	104	38	8	24	28	1.85
13245198--13245269	35	2.1	35	86	0	99	38	11	23	26	1.88
13245930--13245965	12	3.0	12	95	0	63	25	38	16	19	1.92
13255403--13255587	43	4.3	43	82	6	232	27	26	20	26	1.99
13255402--13255587	86	2.2	86	89	3	277	27	26	19	26	1.99
13255604--13255662	20	3.0	19	75	20	59	38	1	3	55	1.26
13261539--13261588	26	1.9	26	87	0	73	42	4	4	50	1.40
13261558--13261588	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
13261737--13261769	15	2.2	15	89	10	50	42	39	3	15	1.62
13262290--13262582	41	7.1	41	90	1	408	21	24	23	30	1.99
13262756--13262803	19	2.6	19	86	3	71	70	10	12	6	1.32
13263262--13263615	85	4.2	85	81	5	241	21	32	30	15	1.94
13263318--13264772	43	34.2	43	78	5	1198	19	32	30	17	1.95
13263323--13264582	170	7.4	170	80	5	1137	19	32	31	16	1.95
13264516--13264771	85	3.0	83	77	8	246	20	33	26	19	1.96
13264962--13265023	24	2.6	24	81	0	79	19	30	40	9	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13276122--13276243	58	2.1	59	87	1	174	23	17	23	35	1.95
13288391--13288435	24	1.9	23	81	4	54	20	31	26	22	1.98
13288472--13288587	58	2.0	58	93	0	196	33	21	18	25	1.97
13294216--13295100	85	10.4	85	83	5	927	16	32	32	18	1.93
13294262--13295100	297	2.8	294	83	3	1011	16	32	32	18	1.93
13294264--13295100	43	19.7	43	83	4	941	16	32	32	18	1.93
13296407--13296579	46	3.8	45	76	15	185	20	20	30	28	1.98
13309105--13309202	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
13313675--13313784	58	1.9	57	94	1	193	33	20	20	25	1.97
13314055--13314088	14	2.5	13	81	9	50	5	23	38	32	1.79
13328648--13328725	24	3.2	24	75	0	84	7	33	35	23	1.83
13329003--13329924	43	21.6	43	84	4	1068	16	32	32	18	1.93
13329003--13329924	85	10.8	85	83	6	1037	16	32	32	18	1.93
13329003--13329924	128	7.2	128	84	5	1100	16	32	32	18	1.93
13329806--13329983	43	4.2	43	76	9	157	14	26	38	19	1.91
13333715--13333784	28	2.5	28	88	4	97	28	28	15	27	1.96
13337992--13338060	26	2.7	26	97	0	129	21	28	15	33	1.95
13338923--13338973	25	2.0	25	100	0	102	11	49	11	27	1.74
13339119--13339852	85	8.7	84	80	7	640	16	32	32	18	1.93
13339166--13339773	43	14.4	43	84	5	735	16	34	31	17	1.92
13339166--13339773	84	7.2	84	83	5	714	16	34	31	17	1.92
13344611--13344731	58	2.1	59	92	1	199	33	23	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13345233--13345281	25	2.0	25	100	0	98	8	51	16	24	1.71
13345483--13346233	43	17.6	42	83	6	770	16	33	32	17	1.93
13345484--13346233	85	8.8	86	83	5	814	16	33	32	17	1.93
13345484--13346233	169	4.4	171	83	4	842	16	33	32	17	1.93
13346360--13346431	35	2.1	35	92	5	119	37	12	23	26	1.90
13350765--13350836	35	2.1	35	92	5	119	37	12	23	26	1.90
13360473--13360498	10	2.6	10	100	0	52	7	11	19	61	1.53
13365596--13365654	24	2.5	24	77	0	73	8	28	37	25	1.85
13372210--13372240	13	2.4	13	94	0	53	6	29	41	22	1.78
13386222--13386260	20	2.0	20	100	0	78	35	7	35	20	1.81
13393513--13393566	24	2.2	24	87	6	74	11	40	31	16	1.84
13393588--13393745	75	2.1	75	86	1	217	29	27	16	25	1.97
13394005--13394057	24	2.2	25	93	3	90	15	26	33	24	1.95
13408215--13408650	85	5.1	85	76	9	363	20	29	30	18	1.97
13408227--13408633	43	9.6	43	74	7	310	20	30	30	19	1.97
13408224--13408633	128	3.2	127	83	1	491	20	30	30	19	1.97
13408664--13408755	42	2.2	42	82	2	103	22	30	28	18	1.97
13426456--13426688	42	5.5	42	73	7	121	22	31	29	16	1.96
13426454--13426791	43	8.0	42	69	12	181	22	30	29	17	1.96
13428997--13429087	38	2.4	38	88	3	130	19	21	25	32	1.97
13429957--13430061	43	2.4	43	85	0	147	20	35	25	19	1.95
13430306--13430352	24	2.0	24	91	0	76	27	34	29	8	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13434472--13434616	40	3.7	40	82	8	172	26	27	22	24	1.99
13435848--13435878	9	3.4	9	100	0	62	0	12	0	87	0.55
13440361--13440741	188	2.0	188	87	5	547	31	25	21	21	1.98
13450228--13450343	59	2.0	59	94	0	205	34	15	21	28	1.94
13458525--13458676	40	3.8	40	80	7	150	25	29	22	23	1.99
13461417--13461500	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
13463111--13463250	27	5.2	27	82	5	149	18	23	22	35	1.96
13463312--13463351	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
13465806--13465849	18	2.4	18	96	0	79	34	11	20	34	1.88
13467661--13468252	125	4.8	125	97	0	1064	29	11	26	32	1.92
13468217--13468424	40	5.2	40	80	5	215	25	22	25	25	2.00
13468218--13468424	80	2.6	80	83	6	249	25	22	26	25	2.00
13475300--13475766	125	3.8	125	96	1	805	29	11	25	32	1.91
13475731--13475938	40	5.2	40	79	9	192	25	22	26	25	2.00
13475773--13475938	80	2.1	80	88	4	246	24	23	28	24	2.00
13479263--13479287	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
13480423--13480526	55	1.9	55	84	4	138	18	33	25	23	1.96
13482982--13483300	47	6.8	45	74	13	238	28	20	30	20	1.98
13482980--13483300	94	3.4	93	80	10	370	28	20	29	20	1.98
13489811--13489835	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
13490554--13491046	47	10.5	47	70	13	243	29	19	27	22	1.98
13490554--13490910	94	3.8	93	84	5	438	29	20	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13490554--13490913	188	1.9	187	86	6	514	29	20	28	21	1.98
13492717--13492827	35	3.2	35	71	5	98	27	9	20	41	1.84
13500439--13500544	35	3.0	35	73	5	106	27	8	19	44	1.80
13515570--13515640	34	2.1	34	97	0	133	39	23	1	35	1.64
13522443--13522659	46	4.7	45	79	11	199	27	18	30	23	1.98
13522440--13522706	94	2.9	94	79	10	298	27	18	30	23	1.98
13523962--13524118	42	3.7	43	76	12	144	24	22	26	26	2.00
13523959--13524118	86	1.9	86	86	3	234	24	22	26	26	2.00
13530068--13530224	38	4.0	38	83	5	163	21	21	25	31	1.98
13530068--13530224	78	2.0	80	81	7	189	21	21	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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