genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  283  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81586105--81586137	16	2.0	17	88	5	50	36	3	9	51	1.49
81588229--81588266	19	2.0	20	89	5	60	44	0	21	34	1.52
81588822--81588997	46	3.8	46	75	12	189	20	19	29	30	1.97
81588819--81588989	93	1.8	93	91	0	279	20	19	29	29	1.97
81594184--81594224	21	2.0	21	90	0	64	19	24	21	34	1.97
81598179--81598462	142	2.0	142	100	0	568	35	11	9	43	1.74
81604373--81604854	131	3.7	130	78	4	355	34	18	20	27	1.96
81604634--81604875	130	1.9	130	89	1	378	32	17	19	30	1.95
81605396--81605431	16	2.2	16	90	9	56	63	2	5	27	1.30
81605390--81605445	14	3.8	15	75	11	53	62	7	5	25	1.42
81607610--81608502	44	20.2	44	86	2	1180	25	30	15	29	1.96
81607827--81607902	25	3.0	25	96	0	134	19	28	11	39	1.87
81620008--81620489	131	3.7	129	77	5	362	34	18	19	27	1.95
81620151--81620510	130	2.8	130	80	3	348	34	18	18	28	1.94
81621031--81621066	16	2.2	16	90	9	56	63	2	5	27	1.30
81621025--81621080	14	3.8	15	75	11	53	62	7	5	25	1.42
81623244--81624080	44	18.9	44	86	2	1077	25	29	15	29	1.96
81623461--81623536	25	3.0	25	96	0	134	19	28	11	39	1.87
81624950--81625010	29	2.1	28	81	3	68	55	24	1	18	1.51
81625050--81625154	41	2.6	41	87	3	149	20	20	18	40	1.91
81626108--81626142	16	2.1	18	89	10	56	54	0	5	40	1.24
81626383--81626409	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81626539--81626601	30	2.1	30	91	5	101	61	9	3	25	1.41
81631626--81631698	36	2.0	36	97	0	137	13	21	23	41	1.89
81637614--81637644	16	1.9	16	100	0	62	19	6	19	54	1.65
81642003--81642087	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
81642001--81642075	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
81642458--81642515	15	3.8	15	86	2	80	51	10	0	37	1.36
81642461--81642519	30	2.0	28	93	6	100	55	10	0	33	1.33
81642694--81642735	2	21.5	2	85	4	59	47	0	0	52	1.00
81651407--81651432	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
81651456--81651558	40	2.5	40	82	1	125	40	19	21	18	1.91
81651565--81651682	41	2.9	41	87	3	175	28	22	25	22	1.99
81652104--81652189	35	2.5	34	83	7	93	18	1	34	45	1.57
81652159--81652202	21	2.1	21	82	0	52	18	2	34	45	1.62
81652619--81652783	87	1.9	86	93	1	285	34	16	24	24	1.95
81654100--81654128	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
81654504--81654551	21	2.3	21	96	0	87	20	20	58	0	1.40
81656293--81656335	21	2.0	21	86	0	59	32	0	4	62	1.15
81657924--81657972	19	2.7	18	74	20	57	59	0	4	36	1.17
81658444--81658480	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
81664662--81664712	22	2.2	22	82	10	57	52	1	0	45	1.12
81666002--81666104	28	3.6	29	74	18	81	35	3	1	58	1.28
81666203--81666257	29	1.9	28	85	10	76	70	3	3	21	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81668240--81668298	31	1.9	30	86	10	84	22	6	8	62	1.47
81670560--81670585	11	2.4	11	100	0	52	0	11	0	88	0.52
81671444--81671495	26	2.0	26	100	0	104	26	15	15	42	1.87
81672467--81672501	15	2.3	15	95	0	61	5	34	22	37	1.78
81672493--81672550	15	3.7	15	69	13	53	15	41	17	25	1.89
81672498--81672546	18	2.9	17	80	14	57	16	42	18	22	1.88
81672571--81672617	15	3.1	15	87	0	58	10	36	21	31	1.88
81676091--81676136	24	1.9	24	82	8	58	34	6	2	56	1.37
81684626--81684678	26	2.0	26	100	0	106	33	11	11	43	1.76
81686301--81686343	19	2.3	19	95	0	77	41	0	4	53	1.21
81686385--81686436	27	2.0	27	85	7	72	48	0	1	50	1.12
81686484--81686540	28	2.0	29	82	3	71	47	8	5	38	1.57
81686804--81686841	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
81689606--81689698	40	2.5	37	82	8	100	31	10	24	33	1.90
81693055--81693091	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
81695250--81695661	46	9.0	46	91	0	581	38	15	24	21	1.92
81698159--81698459	57	5.2	57	92	2	453	28	34	18	18	1.95
81698208--81698429	29	7.8	29	73	4	200	28	35	18	16	1.93
81701541--81701573	13	2.6	13	90	4	50	42	0	0	57	0.98
81706078--81706185	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
81707807--81707946	27	5.2	26	84	8	183	17	24	24	34	1.96
81707807--81707946	54	2.6	53	93	3	228	17	24	24	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81709154--81709215	26	2.4	25	89	2	97	50	0	8	41	1.32
81709282--81709332	25	2.0	25	85	7	68	45	0	7	47	1.32
81709282--81709311	2	14.5	2	93	6	51	46	0	3	50	1.18
81724939--81725109	75	2.4	75	86	5	228	31	11	23	32	1.91
81724943--81725107	35	4.6	35	81	11	172	31	12	23	32	1.91
81741037--81741100	33	1.9	33	93	0	110	15	9	40	34	1.80
81747471--81747511	21	2.0	21	85	4	57	51	7	4	36	1.51
81747590--81747631	20	2.1	20	86	8	59	28	2	0	69	1.01
81747590--81747705	30	3.8	30	70	13	85	35	5	0	58	1.26
81747603--81747730	10	13.0	9	65	18	51	35	4	0	58	1.24
81747619--81747715	40	2.5	38	76	20	101	38	6	1	54	1.32
81770159--81770219	29	2.1	29	96	0	113	36	22	0	40	1.55
81770335--81770384	23	2.0	25	81	11	59	36	6	4	54	1.44
81771228--81771269	21	2.0	21	90	9	68	69	0	0	30	0.89
81780205--81780265	30	2.1	29	90	9	97	29	3	8	59	1.43
81782168--81782212	22	2.0	22	100	0	90	42	17	4	35	1.70
81784930--81784954	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
81794342--81794476	39	3.4	39	75	6	121	23	20	27	28	1.99
81797677--81797848	79	2.3	76	81	12	187	37	18	1	41	1.61
81797677--81797840	80	2.0	80	80	6	181	38	19	1	40	1.60
81802707--81802731	7	3.6	7	100	0	50	28	44	28	0	1.55
81809568--81809741	58	2.9	59	80	7	185	21	13	9	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81815284--81815330	25	2.0	23	83	8	58	48	10	0	40	1.38
81816207--81816236	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
81816850--81816889	17	2.3	18	91	4	64	70	12	0	17	1.18
81819211--81819236	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
81820080--81820106	12	2.2	12	100	0	54	48	0	0	51	1.00
81820162--81820214	20	2.7	20	82	8	65	33	1	3	60	1.26
81820164--81820223	29	2.1	29	81	12	70	36	1	1	60	1.17
81832508--81832595	41	2.1	42	97	2	169	26	15	15	42	1.88
81838849--81838908	25	2.3	25	80	11	68	61	10	10	18	1.54
81839333--81839382	25	2.0	27	84	11	70	38	2	0	60	1.09
81840878--81840911	16	2.2	16	89	5	52	35	0	0	64	0.94
81842489--81842537	21	2.3	21	86	10	64	59	0	0	40	0.98
81853447--81853476	7	4.3	7	100	0	60	13	0	0	86	0.57
81857503--81857563	31	2.0	31	87	6	88	32	9	14	42	1.79
81859062--81859171	58	1.9	58	85	12	158	40	4	10	44	1.58
81860217--81860257	18	2.1	21	82	13	52	36	9	0	53	1.34
81868208--81868291	24	3.5	24	79	9	91	28	0	20	51	1.48
81868208--81868272	6	10.5	6	85	6	85	30	0	16	52	1.45
81881437--81881474	17	2.3	17	90	4	60	36	2	0	60	1.11
81882497--81882554	29	2.0	29	93	0	98	41	3	20	34	1.69
81884502--81884563	22	2.9	22	80	4	63	50	0	3	46	1.17
81885435--81885463	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81889401--81889435	14	2.4	15	85	9	54	31	0	0	68	0.90
81889403--81889453	21	2.6	19	80	17	59	29	1	0	68	1.00
81890240--81890277	18	2.1	18	100	0	76	15	7	26	50	1.72
81906695--81906755	2	30.5	2	100	0	122	50	49	0	0	1.00
81915305--81915332	14	2.0	14	100	0	56	35	7	35	21	1.81
81945220--81945256	17	2.1	18	90	5	58	40	0	5	54	1.24
81945481--81945546	29	2.2	30	79	15	75	39	3	4	53	1.37
81945722--81945774	23	2.3	23	86	3	70	45	13	3	37	1.61
81950377--81950435	31	1.9	31	89	0	91	38	15	11	33	1.84
81954807--81954831	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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