genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  184  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54816496--54816536	17	2.4	17	95	0	73	51	0	9	39	1.35
54816837--54817239	91	4.4	91	85	7	533	30	9	10	49	1.70
54816850--54817205	190	1.9	190	92	1	608	31	10	10	48	1.71
54824204--54824305	42	2.4	43	83	6	127	29	24	18	27	1.98
54824615--54824658	22	2.0	22	82	8	54	36	22	2	38	1.67
54832461--54832714	47	5.3	47	92	1	382	31	8	31	29	1.86
54832461--54832714	96	2.7	94	90	3	382	31	8	31	29	1.86
54835018--54835119	42	2.4	43	82	9	120	30	22	17	29	1.97
54838693--54838790	49	2.0	49	100	0	196	34	12	22	30	1.91
54840851--54840911	15	3.7	15	70	29	52	29	3	11	55	1.51
54840855--54840930	36	2.1	36	97	0	143	28	3	14	52	1.59
54846082--54846107	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
54847473--54847668	99	2.0	99	95	0	356	8	29	21	39	1.83
54848378--54848427	13	3.2	16	70	18	52	48	0	0	52	1.00
54848370--54848427	29	2.0	30	83	10	75	44	1	1	51	1.21
54848509--54848565	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
54849009--54849047	14	2.8	13	88	7	51	33	12	10	43	1.77
54853373--54853410	19	2.0	20	85	14	55	13	15	18	52	1.74
54865434--54865525	27	3.4	28	80	5	91	19	7	14	58	1.59
54872794--54872827	4	8.5	4	93	0	59	23	2	0	73	0.97
54876427--54876451	12	2.1	12	100	0	50	68	8	8	16	1.38
54890749--54890788	21	1.9	21	84	0	53	30	5	5	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54893860--54893893	10	3.5	10	84	8	52	35	0	2	61	1.11
54893918--54893960	22	1.9	23	85	4	61	23	0	4	72	1.04
54893879--54893958	14	6.1	14	70	21	50	25	1	6	67	1.21
54893946--54893977	10	3.3	10	91	8	57	37	0	0	62	0.95
54893909--54893967	23	2.6	23	76	10	59	27	0	5	67	1.11
54893840--54893996	84	1.9	83	90	4	253	28	1	4	64	1.23
54901322--54901372	23	2.3	22	90	6	77	78	5	1	13	1.02
54901322--54901372	11	4.6	11	80	7	59	78	5	1	13	1.02
54904031--54904101	19	3.6	18	71	22	52	19	1	21	57	1.48
54904558--54904593	15	2.4	15	100	0	72	50	5	22	22	1.70
54917101--54917135	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
54919631--54919671	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
54924848--54924899	22	2.4	22	78	12	54	57	3	5	32	1.40
54925717--54925897	78	2.3	78	89	1	274	29	12	17	40	1.86
54926162--54926205	21	2.2	20	84	12	54	61	0	31	6	1.22
54945239--54945275	12	3.1	12	92	0	65	10	27	37	24	1.88
54950026--54950107	41	2.0	41	90	0	128	24	24	17	34	1.96
54952119--54952240	64	1.9	65	84	5	167	26	27	22	22	1.99
54952119--54952259	64	2.2	63	82	8	160	25	26	24	24	2.00
54956298--54956432	23	5.8	22	76	9	108	45	34	4	16	1.67
54956300--54956431	48	2.8	46	79	7	140	45	33	4	16	1.68
54957296--54957403	54	2.0	54	96	0	198	46	21	5	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54957306--54957391	26	3.1	29	68	19	92	47	19	4	27	1.69
54967482--54967538	28	2.0	28	93	0	96	38	8	19	33	1.82
54971619--54971651	14	2.5	13	86	13	50	30	0	0	69	0.88
54976696--54976770	3	25.0	3	97	0	141	34	0	0	65	0.93
54985037--54985137	43	2.4	42	83	8	132	35	17	20	25	1.95
54992717--54992921	45	4.7	45	74	11	160	24	16	27	31	1.96
55001726--55001919	47	4.1	47	88	0	271	33	11	28	26	1.91
55001800--55001875	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
55001890--55002073	98	1.9	96	92	4	307	35	7	26	30	1.84
55001889--55002073	48	3.8	48	90	5	300	35	7	25	30	1.84
55002219--55002363	74	2.0	74	90	0	227	24	20	31	24	1.98
55002219--55002342	37	3.4	37	97	0	230	23	21	32	22	1.98
55004780--55004905	44	2.9	44	84	2	164	26	17	23	32	1.97
55005755--55005799	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
55007071--55007194	43	2.9	42	79	4	124	25	13	25	34	1.93
55012644--55012676	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
55012957--55013281	46	7.1	47	92	1	457	20	24	13	41	1.89
55015121--55015168	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
55020470--55020635	46	3.6	46	78	11	187	27	29	22	20	1.98
55020469--55020640	93	1.9	92	92	1	290	27	30	22	20	1.98
55023005--55023082	15	5.2	15	72	9	61	53	15	19	11	1.71
55025984--55026155	93	1.8	93	94	0	308	27	30	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55025976--55026151	46	3.8	46	81	10	223	28	30	21	19	1.98
55029257--55029427	92	1.8	93	94	1	308	27	30	22	19	1.98
55029249--55029423	46	3.8	46	81	11	223	28	29	21	20	1.98
55029254--55029442	46	4.1	45	73	13	143	28	29	21	20	1.98
55031785--55031872	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
55031785--55031863	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
55031796--55031872	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
55034771--55034942	46	3.8	46	78	15	205	28	29	21	20	1.98
55034779--55034947	90	1.8	92	93	3	297	27	30	21	20	1.98
55037310--55037397	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
55037310--55037388	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
55037321--55037397	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
55039297--55039472	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
55039294--55039465	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
55041827--55041879	27	2.1	26	86	10	74	41	24	3	30	1.72
55043090--55043262	93	1.9	93	93	0	301	27	30	21	20	1.98
55043083--55043258	46	3.8	46	79	10	205	28	30	21	19	1.98
55043134--55043277	46	3.1	45	73	11	130	29	29	20	20	1.98
55047115--55047153	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
55051306--55051499	27	7.2	27	89	2	259	20	17	21	41	1.91
55058334--55058484	43	3.5	43	70	12	121	30	17	21	31	1.96
55062349--55062628	48	5.9	47	73	10	212	28	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55062359--55062628	96	2.8	96	79	8	275	28	20	27	23	1.99
55062595--55062671	38	2.0	38	100	0	154	35	20	20	23	1.96
55069450--55069484	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
55073453--55073514	31	1.9	33	83	6	83	46	1	1	50	1.20
55074278--55074312	14	2.4	15	90	4	54	88	8	0	2	0.61
55075178--55075242	19	3.3	18	75	21	60	47	0	0	52	1.00
55075178--55075242	9	6.7	9	76	15	58	47	0	0	52	1.00
55075584--55075684	46	2.2	46	100	0	202	38	13	13	33	1.85
55078881--55078994	48	2.4	47	77	4	131	38	21	10	28	1.87
55079041--55079075	18	1.9	18	94	0	61	37	20	0	42	1.52
55083313--55083359	24	2.0	25	83	8	62	25	17	17	40	1.90
55084847--55084902	26	2.2	26	96	0	103	35	28	7	28	1.84
55092553--55092717	56	2.9	56	88	3	226	32	24	14	27	1.94
55094450--55094506	30	1.9	30	88	0	87	50	1	17	29	1.56
55096514--55096563	22	2.3	22	96	0	91	38	34	12	16	1.85
55102717--55102834	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55102685--55102848	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
55110294--55110411	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55110262--55110425	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
55118309--55118472	71	2.3	71	97	0	310	36	17	27	18	1.93
55127074--55127122	21	2.3	21	93	6	82	16	18	38	26	1.91
55131130--55131190	3	21.7	3	75	18	60	62	3	0	34	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55131117--55131189	13	5.5	13	72	19	62	58	2	1	36	1.21
55131122--55131190	8	8.0	8	75	24	61	60	2	1	34	1.20
55139864--55139922	20	3.0	19	73	14	57	40	10	10	38	1.73
55153466--55153653	49	3.8	49	82	6	227	29	25	18	26	1.98
55153466--55153654	100	1.9	100	92	2	317	29	25	18	26	1.98
55161545--55161591	16	2.8	17	78	18	53	27	4	2	65	1.22
55161611--55161662	2	26.5	2	78	3	52	40	1	5	51	1.37
55161584--55161664	18	4.2	20	70	17	66	37	1	6	55	1.33
55161589--55161662	37	1.9	37	86	10	105	37	1	6	54	1.36
55161706--55161768	24	2.6	24	80	11	67	39	4	4	50	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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