genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  9  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508467--2508506	17	2.4	17	95	0	71	40	35	12	12	1.81
2514742--2514821	37	2.1	38	90	2	126	46	1	2	50	1.23
2517563--2517667	52	2.0	52	98	0	201	30	9	30	29	1.89
2518464--2518493	9	3.3	9	95	0	51	26	20	36	16	1.93
2517730--2520083	928	2.5	913	80	6	2477	39	12	25	22	1.89
2517767--2520100	931	2.5	920	80	6	2546	39	12	25	22	1.89
2520277--2520311	3	11.3	3	87	6	52	0	31	0	68	0.90
2520761--2520787	14	1.9	14	100	0	54	29	7	25	37	1.83
2538153--2538211	29	2.0	30	90	3	93	49	15	5	30	1.66
2538493--2538553	31	2.0	30	84	6	79	32	9	13	44	1.76
2539521--2539545	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2545349--2545458	55	2.0	57	87	3	161	19	10	13	56	1.66
2548217--2548250	16	2.1	17	94	5	61	23	0	23	52	1.47
2558965--2559019	24	2.3	24	93	6	94	29	9	16	45	1.78
2560185--2560226	21	2.0	22	90	4	68	52	0	0	47	1.00
2569998--2570028	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2570124--2570154	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2570563--2570670	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
2575032--2575153	46	2.7	46	88	2	174	18	23	14	43	1.87
2575122--2575194	38	1.9	38	94	0	128	23	24	16	35	1.95
2589489--2589535	21	2.1	22	84	7	60	14	34	27	23	1.94
2593616--2593690	39	1.9	39	86	0	105	28	5	22	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2595780--2595850	24	3.0	24	82	12	76	19	14	33	32	1.92
2595790--2595860	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
2603759--2603806	24	2.0	24	88	8	71	16	14	35	33	1.89
2603769--2603829	24	2.5	24	86	0	77	21	14	32	31	1.93
2609096--2609134	13	2.9	13	88	3	60	41	0	5	53	1.23
2610661--2610723	30	2.1	30	93	0	108	57	17	11	14	1.65
2611401--2611435	18	1.9	18	94	0	61	20	37	22	20	1.95
2618678--2618707	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
2620648--2620710	25	2.6	24	76	11	67	73	0	4	22	1.02
2624694--2624733	3	13.3	3	94	0	71	0	32	0	67	0.91
2627596--2627638	12	3.6	12	78	9	52	27	2	0	69	1.00
2631199--2632018	434	1.9	422	85	4	1106	39	12	8	39	1.74
2633615--2633768	77	2.0	77	91	2	247	38	14	21	25	1.91
2635872--2635897	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
2641035--2641281	27	9.2	27	82	1	291	40	19	9	30	1.83
2641035--2641293	53	4.8	53	84	2	322	40	20	9	30	1.83
2641035--2641268	80	2.9	79	82	3	272	40	20	8	29	1.83
2641029--2641364	107	3.1	105	81	4	359	38	20	9	30	1.85
2641035--2641352	54	5.9	53	80	6	268	39	20	9	30	1.85
2641035--2641401	27	13.7	27	77	6	212	38	21	9	30	1.85
2641385--2641579	27	7.3	27	85	2	250	34	19	21	24	1.96
2641720--2641750	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2642007--2642070	22	2.9	22	79	9	76	20	21	23	34	1.97
2642229--2642330	27	3.8	27	83	7	109	18	22	21	37	1.94
2642229--2642330	54	1.9	53	82	6	125	18	22	21	37	1.94
2642467--2642578	31	3.6	31	88	1	152	19	16	15	49	1.80
2642467--2642587	6	19.5	6	72	16	86	19	15	14	49	1.79
2647011--2647071	29	2.1	29	96	3	115	60	0	14	24	1.34
2652383--2652420	18	2.1	18	85	9	51	52	2	0	44	1.14
2654484--2654511	13	2.2	13	100	0	56	53	7	17	21	1.67
2656888--2656930	13	3.5	13	75	18	56	46	16	2	34	1.60
2657464--2657508	18	2.5	18	85	7	56	66	11	20	2	1.33
2666271--2666334	21	2.9	22	79	6	76	40	25	18	15	1.90
2666271--2666336	23	3.0	23	80	6	91	40	24	19	15	1.90
2671506--2671627	9	14.2	8	72	18	59	66	0	4	28	1.15
2671581--2671677	29	3.4	28	77	12	83	58	2	3	36	1.25
2671589--2671723	10	14.2	9	71	16	53	62	2	2	32	1.23
2671684--2671796	9	12.2	9	72	12	59	66	0	1	30	1.08
2671731--2671808	28	2.8	28	75	12	81	64	1	0	34	1.02
2672913--2672952	19	2.2	18	86	4	53	57	0	2	40	1.12
2672912--2672955	22	2.0	22	82	8	54	56	0	2	40	1.11
2677883--2678232	97	3.5	101	77	10	297	32	17	21	28	1.96
2682890--2682926	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
2684162--2684417	89	3.0	84	80	9	231	35	14	9	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2684263--2684586	79	4.1	79	80	6	291	33	15	11	39	1.84
2689089--2689353	49	5.5	49	72	11	163	28	18	27	24	1.98
2689188--2689408	98	2.3	93	83	6	257	28	17	29	24	1.97
2689678--2689792	55	2.1	55	98	0	221	19	25	7	47	1.75
2699121--2699146	11	2.4	11	100	0	52	26	19	0	53	1.45
2699860--2699900	19	2.0	20	90	9	66	29	0	14	56	1.39
2700927--2700972	21	2.2	21	88	7	67	86	0	8	4	0.68
2700939--2700972	10	3.3	10	91	4	50	88	0	11	0	0.52
2700939--2700972	11	3.2	11	87	8	52	88	0	11	0	0.52
2700933--2700972	17	2.4	16	87	8	53	87	0	10	2	0.63
2701697--2701759	30	2.1	30	91	5	101	22	3	14	60	1.48
2705291--2705385	34	2.8	34	88	3	120	36	33	13	15	1.87
2708808--2708863	28	2.0	28	92	0	94	32	10	26	30	1.90
2720579--2720633	2	26.5	2	85	14	76	47	5	0	47	1.25
2720713--2720770	16	3.3	17	75	15	55	56	0	1	41	1.09
2721469--2721527	31	1.9	31	86	6	84	52	1	5	40	1.33
2725167--2725241	21	3.4	23	80	12	86	38	26	20	14	1.91
2725167--2725253	21	4.0	23	79	10	83	37	25	20	16	1.93
2726681--2726716	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
2727488--2727539	3	17.3	3	83	0	68	0	57	0	42	0.98
2727488--2727549	12	5.2	12	84	0	70	1	54	0	43	1.09
2727477--2727549	15	4.8	15	85	9	78	1	52	0	46	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2740667--2740691	11	2.3	11	100	0	50	24	8	32	36	1.84
2742869--2742899	15	2.1	15	93	0	53	29	9	19	41	1.83
2744438--2744470	6	5.5	6	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2744419--2744491	19	3.9	18	82	10	78	42	1	0	56	1.08
2744412--2744489	37	2.1	37	84	13	99	44	1	0	53	1.08
2744405--2744458	25	2.3	23	81	15	65	46	0	0	53	1.00
2744754--2744805	21	2.5	21	93	6	88	42	5	1	50	1.37
2745012--2745070	19	3.0	19	72	16	57	30	3	3	62	1.28
2745006--2745082	5	15.0	5	71	15	50	35	2	2	59	1.25
2745104--2745180	9	8.2	9	70	22	52	46	1	1	50	1.17
2746671--2746778	51	2.1	51	87	0	153	36	13	5	44	1.68
2748701--2748775	9	8.1	9	71	25	50	45	1	0	53	1.08
2748675--2748794	57	2.1	58	80	7	129	45	1	0	51	1.16
2749374--2749406	17	2.0	17	88	5	50	63	0	9	27	1.24
2757752--2758051	87	3.5	85	80	7	309	40	12	14	33	1.84
2760889--2760931	17	2.4	18	85	11	54	32	0	2	65	1.06
2770829--2770864	19	1.9	18	94	5	63	22	0	0	77	0.76
2770829--2770859	10	3.2	10	90	9	55	22	0	0	77	0.77
2770832--2770864	9	3.7	9	88	11	50	21	0	0	78	0.75
2772717--2772741	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2772768--2772793	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
2772990--2773024	15	2.3	15	90	0	52	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2773834--2773881	24	2.0	25	88	8	73	31	0	0	68	0.90
2785900--2785990	41	2.2	41	79	11	98	36	35	1	27	1.64
2790765--2790850	42	2.0	42	84	4	111	39	3	9	47	1.53
2790759--2790967	101	2.1	102	91	4	345	42	5	6	45	1.53
2790940--2790998	31	1.9	31	96	0	109	45	11	0	42	1.41
2791055--2791116	32	2.0	31	87	3	88	37	12	0	50	1.41
2791302--2791367	21	3.2	21	82	4	80	40	31	1	25	1.65
2791302--2791394	41	2.3	41	81	7	100	39	31	3	25	1.72
2791471--2791515	7	6.4	7	92	0	63	37	20	2	40	1.65
2791453--2791512	21	2.9	21	82	0	66	40	20	5	35	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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