genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  211  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62310259--62310315	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
62310770--62310799	14	2.1	14	93	0	51	46	16	0	36	1.47
62311542--62311587	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
62312240--62312315	38	2.0	38	100	0	152	47	18	5	28	1.70
62315561--62315588	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
62318508--62318545	20	2.0	20	89	5	60	44	0	2	52	1.14
62321809--62322047	126	1.9	126	92	0	406	39	15	14	30	1.87
62322153--62322202	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
62322913--62322948	18	2.0	18	88	0	54	19	0	55	25	1.43
62322931--62322993	29	2.2	29	88	5	92	15	1	50	31	1.54
62332670--62332739	30	2.3	31	78	7	81	42	7	4	45	1.51
62335780--62335810	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
62335830--62335863	17	1.9	18	88	5	52	67	2	2	26	1.19
62340039--62340107	34	2.0	34	100	0	138	56	17	0	26	1.41
62340755--62340780	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
62345764--62345795	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
62351183--62351223	17	2.4	17	84	11	57	39	0	0	60	0.96
62351183--62351223	18	2.4	18	88	8	59	39	0	0	60	0.96
62351807--62351849	9	5.2	8	78	15	52	37	0	0	62	0.95
62357672--62357760	14	5.6	14	67	27	54	2	32	19	46	1.62
62357670--62357765	33	2.9	33	90	3	158	2	33	18	45	1.61
62359860--62359908	20	2.5	20	84	12	59	38	0	6	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62362046--62362319	46	6.0	46	87	0	307	40	15	24	20	1.91
62362061--62362309	138	1.8	138	86	3	367	40	15	24	19	1.90
62366034--62366131	42	2.3	42	82	0	115	27	28	14	29	1.95
62366056--62366143	42	2.1	41	85	2	113	29	28	15	26	1.96
62366102--62366214	47	2.4	46	80	4	120	30	28	15	26	1.96
62366243--62366390	31	4.8	31	85	5	169	27	26	18	27	1.98
62366243--62366390	62	2.4	62	84	3	201	27	26	18	27	1.98
62372821--62372867	23	2.0	23	100	0	94	12	36	8	42	1.74
62387271--62387303	16	2.1	16	100	0	66	36	0	33	30	1.58
62389203--62389235	17	1.9	17	88	11	50	60	0	0	39	0.97
62390880--62390909	5	6.2	5	92	7	53	0	0	16	83	0.65
62400118--62400198	30	2.7	29	74	18	69	34	8	9	46	1.68
62401649--62401679	4	7.8	4	100	0	62	0	22	0	77	0.77
62409574--62409607	11	3.1	11	86	0	50	64	11	8	14	1.49
62411153--62411185	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
62411797--62411869	25	2.8	26	72	8	67	54	2	2	39	1.29
62414449--62414501	23	2.3	23	83	6	63	15	22	24	37	1.92
62415027--62415258	117	2.0	117	93	0	401	27	9	23	40	1.85
62415720--62415751	6	5.3	6	92	0	55	37	0	0	62	0.95
62418639--62418674	17	2.1	18	89	5	56	58	2	0	38	1.13
62418939--62418984	21	2.2	21	84	0	56	39	6	21	32	1.79
62421061--62421099	12	3.4	11	83	13	51	87	2	5	5	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62421637--62421683	24	2.0	24	82	0	58	57	2	6	34	1.36
62422001--62422042	16	2.5	17	80	3	50	66	2	0	30	1.04
62424913--62425085	93	1.9	93	92	2	294	27	28	21	21	1.99
62424906--62425081	46	3.8	46	78	14	191	28	28	21	21	1.98
62428538--62428590	26	2.0	26	100	0	106	35	22	7	33	1.83
62431088--62431152	21	3.1	21	75	0	67	24	23	18	33	1.96
62431445--62431494	24	2.1	24	100	0	100	54	16	12	18	1.72
62432482--62432529	25	1.9	25	100	0	96	37	20	4	37	1.72
62432805--62432848	15	2.9	15	75	0	52	65	2	0	31	1.05
62438732--62438767	15	2.3	16	90	4	56	58	2	2	36	1.27
62438766--62438805	20	1.9	22	85	10	57	42	10	7	40	1.67
62440902--62441136	118	2.0	118	96	0	436	42	9	11	37	1.73
62453616--62453674	26	2.3	25	82	11	66	37	0	1	61	1.07
62456073--62456175	52	2.0	52	98	0	197	29	10	7	52	1.64
62459433--62459481	25	2.0	25	95	0	89	10	16	6	67	1.39
62467694--62467743	24	2.1	24	100	0	100	64	20	4	12	1.43
62480752--62480811	23	2.6	23	97	0	111	50	31	3	15	1.60
62480967--62481016	24	2.1	23	82	14	57	28	26	0	46	1.53
62481822--62481854	16	2.1	16	94	0	57	0	15	9	75	1.03
62485026--62485189	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
62485026--62485223	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
62492067--62492229	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62492067--62492263	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
62493899--62493928	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
62499207--62499250	18	2.5	17	82	10	52	45	0	0	54	0.99
62499219--62499283	20	3.3	20	91	4	98	36	0	4	58	1.19
62504335--62504467	46	2.9	47	87	3	180	21	24	15	39	1.92
62509168--62509286	29	4.2	29	74	6	109	26	30	13	29	1.94
62513414--62513578	89	1.9	89	88	0	249	29	20	15	33	1.94
62513518--62513696	99	1.8	99	92	4	308	26	15	18	39	1.91
62513522--62513732	99	2.2	97	87	5	291	28	15	16	39	1.89
62515015--62515065	25	2.0	27	84	7	70	62	9	9	17	1.52
62518423--62518512	29	3.1	28	76	10	83	46	5	3	44	1.43
62519298--62519333	18	2.0	18	89	10	56	44	0	0	55	0.99
62520501--62520543	22	1.9	23	90	4	70	25	32	18	23	1.97
62520617--62520647	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
62524606--62524665	17	3.0	20	72	18	54	33	1	0	65	1.03
62528256--62528289	16	2.0	18	88	11	54	38	0	0	61	0.96
62535023--62535052	16	1.9	16	93	6	53	26	0	6	66	1.16
62555328--62555399	32	2.3	32	80	4	94	30	1	2	65	1.15
62559447--62559525	28	2.8	28	86	7	115	32	11	26	29	1.91
62561096--62561132	5	7.6	5	85	14	51	18	0	0	81	0.70
62562297--62562334	12	3.2	12	100	0	76	76	0	0	23	0.79
62564427--62564475	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62566476--62566588	27	4.3	26	85	5	138	36	23	23	16	1.94
62566476--62566588	54	2.1	53	88	3	165	36	23	23	16	1.94
62568222--62568366	26	5.6	25	93	4	236	36	25	5	32	1.79
62568222--62568366	51	2.8	51	96	1	263	36	25	5	32	1.79
62568222--62568366	77	1.9	77	94	2	256	36	25	5	32	1.79
62571202--62571231	11	2.9	10	90	9	51	56	10	10	23	1.62
62572302--62572416	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
62572302--62572416	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
62574025--62574134	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
62578075--62578167	27	3.5	26	85	7	123	38	21	23	16	1.92
62578075--62578189	27	4.3	27	82	7	110	37	21	22	18	1.94
62578075--62578189	54	2.1	54	83	3	142	37	21	22	18	1.94
62579790--62579977	26	7.2	26	95	0	313	36	23	5	34	1.78
62585336--62585372	16	2.3	16	95	0	65	29	29	8	32	1.86
62598558--62598644	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
62601791--62602054	71	3.7	69	83	6	323	25	14	22	37	1.92
62601933--62602179	122	2.0	124	89	3	383	24	13	22	39	1.90
62601624--62602216	263	2.3	257	94	2	1033	25	14	22	36	1.93
62602054--62602494	72	6.1	71	68	11	290	25	16	21	36	1.94
62602284--62602495	74	2.9	74	80	7	236	27	17	23	32	1.97
62602520--62602662	74	1.9	75	89	2	225	30	19	23	27	1.98
62602355--62602998	165	3.9	167	90	2	919	28	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62602683--62602827	74	1.9	76	87	5	215	30	18	22	28	1.97
62602353--62602998	332	2.0	327	87	3	927	28	18	20	32	1.96
62602854--62603361	72	6.5	76	77	10	411	30	16	18	34	1.93
62603343--62603404	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
62602994--62603533	254	2.2	244	83	6	658	29	16	18	35	1.93
62604202--62604237	16	2.3	16	90	4	56	88	2	8	0	0.59
62604228--62604268	14	2.5	17	81	18	52	70	21	2	4	1.18
62604233--62604267	16	2.3	16	90	9	56	68	25	0	5	1.11
62604859--62604887	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
62604795--62604869	39	1.9	39	83	5	98	33	6	5	54	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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